Снабжением войск и крепостей инженерным, автомобильным, телеграфным и воздухоплавательным имуществом занималось Главное инженерное управление, которому непосредственно подчинялись окружные и крепостные инженерные управления и которое в описываемый период возглавлял генерал-инспектор по инженерной части великий князь Петр Николаевич. В функции управления входили также строительство казарм, крепостей, укрепленных районов, организация научно-исследовательской работы в области транспорта и т. д. В управлении хранились генеральные планы и описания всех крепостей и укреплений империи. В его ведении находились Николаевская инженерная академия и кондукторский класс.

Руководство снабжением войск продовольствием, фуражом и амуницией осуществляло Главное интендантское управление. Ему непосредственно подчинялись окружные интендантские управлении, которые занимались заготовками вещевых и продовольственных запасов для войск. В период Русско-японской войны пост главного интенданта Военного министерства и начальника Главного интендантского управления занимал генерал-лейтенант Ф.Я. Ростовский.

Делопроизводство по делам Главного военного суда и распорядительная часть военно-судного ведомства находились в ведении Главного военно-судного управления. В период Русско-японской войны Главным военным прокурором и начальником ГВСУ был генерал-лейтенант Н.Н. Маслов. В конце войны Маслова заменили генерал-лейтенантом В.П. Павловым[9].

Управление состояло из канцелярии и 5 делопроизводств, которые занимались военно-судным законодательством, делопроизводством и судопроизводством, пересмотром приговоров военных судов, политическими и уголовными делами в военном ведомстве, рассмотрением жалоб и ходатайств военной и гражданской администрации, а также частных лиц. В ведении управления находилась Александровская военно-юридическая академия и военно-юридическое училище[10].

Вопросами медицинского обслуживания армии, укомплектованием штатов военно-врачебных заведений и снабжением войск медикаментами занималось Главное военно-медицинское управление, возглавляемое главным военно-медицинским инспектором, лейб-медиком двора Е.И. В., тайным советником Н.В. Сперанским. При управлении находилась Военно-медицинская академия, готовившая кадры армейских врачей. Ему непосредственно подчинялись: Завод военно-врачебных заготовлений и окружные медицинские инспекторы со своим штатом.