В годы Гражданской войны и иностранной интервенции ФСЛО понесла большие потери, многие корабли были угнаны за границу. 1 марта 1920 года была сформирована Беломорская флотилия, преобразованная 25 апреля в Морские силы Северного моря.

Основное ядро молодого Северного флота составили два миноносца — «Капитан Юрасовский» и «Лейтенант Сергеев», а также отряд катеров-истребителей, двенадцать тральщиков, посыльное судно «Ярославна», буксиры и вспомогательные суда. В состав этого морского соединения вошли также корабли Северо-Двинской речной флотилии и Управления по обеспечению безопасности кораблевождения на Севере (Убеко-Север). В фундаментальной монографии «Северный флот России» отмечается, что «главной базой стал Архангельск. Начальником Морских сил был назначен активный участник Гражданской войны В. Н. Варваци, начальником политотдела — Э. И. Бацис». Военные корабли успешно выполняли боевые задачи, совершали многодневные походы, охраняя территориальные воды, побережья и рыбные промыслы. Военморы осуществляли также траление мин, подъем затонувших судов, обеспечивали безопасность кораблевождения в Арктике, проводили гидрографические исследования. Все моряки носили бескозырки с надписью «Северный флот».

В Архангельске зародилась и печать североморцев. С 19 февраля 1921 года начала выходить газета «Красный Северный флот». Первым редактором ее стал С. П. Лукашевич, военкорами были Ф. С. Иванов (Ф. С. Октябрьский; впоследствии — командующий Черноморским флотом), военморы П. Г. Князев, Я. В. Настусевич и многие другие военные моряки. В Государственном архиве Архангельской области сохранился первый номер научно-популярного и литературного журнала Морских сил Северного моря «Красный полюс». Передовая статья журнала призывала северян к революционному переустройству общественного уклада: «Красные моряки и все сознательные труженики угрюмого Севера должны нарушить вековой покой царства льдов и внести растопляющую струю революционной жизни, творчества и созидания…»

К сожалению, сохранить первый военный флот на Севере страны не удалось. Невероятно трудное экономическое положение России вынудило правительство в мае 1922 года принять решение о расформировании Морских сил Северного моря. Часть кораблей перешла в сохраненную Северную морскую пограничную флотилию, Управление обеспечения безопасности кораблевождения в Белом и Баренцевом морях, Северный гидрографический отряд, а посыльное судно «Ярославна», переименованное в «Боровский», в 1924 году совершило переход по четырем морям на Дальний Восток и вошло в состав Амурской военной флотилии.

Первая мировая и Гражданская войны привели страну к жестокому продовольственному кризису. Одним из способов его преодоления было восстановление беломорских рыбных промыслов, и в 20-е годы прошлого столетия Архангельск стал родиной советского тралового флота. 19 марта 1920 года Архангельский губисполком и ревком на основании декрета СНК от 26 февраля 1920 года приняли решение о национализации 13 устаревших военных тральщиков и передаче их Беломорскому управлению рыбных и морских звериных промыслов (Областьрыба). Это событие ознаменовало рождение тралового флота Советской России. Беломорско-Мурманское управление возглавили энергичные организаторы М. К. Державин и В. Д. Некрасов. 29 июня 1920 года из Архангельска вышел на промысел первый траулер РТ-30, впоследствии получивший название «Лучинский» (в честь погибшего под Кронштадтом члена Архангельского губкома РКП(б) Ф. С. Чумбарова-Лучинского), а на другой день за ним последовал РТ-39. Затем один за другим ушли в Баренцево море РТ-37 и РТ-28. Архангельские суда выловили тогда 60 тысяч пудов морской рыбы.

В Архангельске делалось все, чтобы траулеры своевременно вышли на промысел в следующую навигацию. Пятый губернский съезд Советов приравнял траловый флот к ударным предприятиям, которые снабжались всем необходимым в первую очередь. На Архангельской канатно-прядильной фабрике «Канат» изготовили прядено из русской пеньки, которое не уступало иностранной — манильской. Северяне-рыбаки научились вязать и сшивать тралы. Первым советским тралмейстером по праву считается Ф. Г. Шамалуев, который подготовил и воспитал не одно поколение специалистов тралового флота.

За три летних месяца 1921 года суда тралового флота совершили 40 (!) рейсов и добыли свыше 126 тысяч пудов морской рыбы. Среди тех, с чьими именами связано становление тралового лова на Севере, — поморы-капитаны Ф. М. Михов, С. П. Леонтьев, А. П. Новожилов, И. Н. Демидов, А. А. Егоров, механики Н. П. Петров, М. А. Плотицын, П. А. Попов и другие. Перед навигацией 1923 года руководство тралового флота собрало всех капитанов и специалистов, и на основе сделанных ими записей и наблюдений была составлена первая советская промысловая карта.

С каждым годом Архангельский траловый флот заметно набирал темпы роста. В 1924 году траулеры сделали 88 рейсов, в родной порт в среднем за рейс доставлялось до 5–6 тысяч пудов (80–90 тонн) улова. За 1925 год суда тралфлота добыли уже свыше 12 тысяч тонн рыбы. Это было не так уж плохо для флота, который только начинал писать свою славную историю.

Впоследствии траловый флот был разделен, и большая часть траулеров была перебазирована в незамерзающий порт Мурманск.

Большую помощь архангельским рыбакам оказывали ученые. В сентябре 1920 года вернулся из своего первого научного похода траулер «Дельфин» Северной научно-промысловой экспедиции. Помимо промысловых работ «Дельфин» выполнил ряд ценных наблюдений за качественным составом косяков рыбы, возрастом промысловых видов, питанием и пр. На «Дельфине» в широких размерах производились опыты вяления рыбы — трески, ерша, палтуса и пикши. Опыты дали хорошие результаты.

С Архангельском связана и постройка первого советского научно-экспедиционного судна «Персей». — В 1915 году богатый архангельский купец Епимах Могучий решил строить двухмачтовую зверобойную шхуну. Роль подрядчика взял на себя С. Г. Кучин, почетный гражданин города Онеги, отец прославленного полярного мореплавателя А. С. Кучина. Нам удалось выяснить имена северных корабелов, строивших корпус «Персея»: бригадир М. И. Бечин, мастера А. И. Афонин, М. Н. Чукин, И. С. Максаков, Е. Н. Гурьев, Е. Ф. Чучин, П. С. Жданов, А. Г. Котлов, И. Я. Антонов. Различные кованые детали (болты, скобы и т. д.) изготовляли местные кузнецы-умельцы А. В. Беляков, М. А. Лебедев, И. А. Ушинский. Общее руководство работами было поручено замечательному специалисту по деревянному судостроению Василию Федоровичу Гостеву.

Корпус «Персея» доставили в Архангельск для установки машины и дальнейшего оборудования. Однако окончание Гражданской войны и интервенции на Севере внесло свои изменения в судьбу судна.

Один из организаторов Плавучего морского научного института (Плавморнин) профессор И. И. Месяцев добился принятия Советом труда и обороны решения о передаче институту корпуса этой недостроенной шхуны. Начались большие работы: достройка корпуса, установка механизмов и приборов, создание кают и лабораторий. Паровую машину и котел установили с затонувшего буксира, много механизмов институт получил с военных и торговых судов Архангельска. Каждая крупная военная и хозяйственная организация внесла свою лепту в оборудование судна. На «Персее» был даже установлен радиотелеграф, что по тем временам было редкостью на гражданских судах Севера.