Трагедия внутри осажденной крепости в своем развитии губительно сказывалась на нижних чинах. Рядовые участники осады страдали не только вследствие борьбы сухопутного и морского ведомств. Сестра милосердия в своем дневнике от 9 мая писала: «В то время как идет война между нами и японцами, то в самом Порт-Артуре возникла война между военным ведомством и Красным Крестом». Красный Крест имел, по мнению мемуаристки, большие запасы перевязочных средств и медикаментов; военное ведомство имело, напротив, недостаток во всем и требовало того, в чем нуждалось, от Красного Креста. Последний помогал, насколько он находил возможным. Что касается морского ведомства, то, по мнению сестры милосердия, оно имело прекрасные запасы и оборудование, но все оставляло исключительно для своих собственных нужд. В итоге сложилась парадоксальная ситуация, когда «Военные госпитали решили принимать исключительно военных, морской госпиталь исключительно моряков; Красный Крест и военных, и моряков, и вольных». Конечно, такая система была оправдана практикой мирного времени, когда каждое ведомство должно было самостоятельно выделять деньги на содержание своих лечебных учреждений. Но вести раненых с позиций не в ближайший госпиталь, а в ведомственный, или не в тот, где были медикаменты, а куда позволит начальство на основании ведомственной принадлежности — более чем странно. Учитывая, что каждый метр для раненого вызывал боль в потревоженных ранах и отнимал силы, остается только догадываться, скольких не донесли до своего «родного» госпиталя. Не говоря уже про то, что военно-полевая хирургия в силу своей специфики требовала экстренной помощи, ведь японские осколки и шрапнели при выборе новой жертвы не учитывали сложных отношений в русском лагере.

Порой ведомственный конфликт приобретал форму взаимных оскорблений не только между офицерами, но и между рядовыми стрелками и матросами. Показательна следующая сцена: «Унтер-офицер разносил матроса за не отдание ему чести: не видя меня (генерал М.И. Костенко. — А.Г.), он вошел в азарт: “Вы, моряки, не только пр… ваш флот, но даже воинской дисциплины не знаете”». Порой дело доходило до рукопашных схваток между офицерами эскадры и их сухопутными коллегами: так, в порт-артурском мемуарном комплексе упоминается различными авторами эпизод с нападением на подполковника А.И. Вершинина. Суть инцидента состояла в том, лейтенант М.В. Иванов с двумя сообщниками напали на подполковника Вершинина ночью в спальне его собственной квартиры. Не ожидавшего нападения полусонного офицера спасли вбежавшие на шум доктор Ястребов и уполномоченный Красного Креста С.В. Александровский, случайно заночевавшие на квартире Вершинина. Более того, совершались нападения и на моряков.

Ведомственный конфликт имел продолжение и в лагерях для военнопленных, и по пути в Россию после окончания боевых действий. Зауряд-прапорщик Ф.И. Шикуц, находясь в японском плену в г. Фукуяме, где совместно содержались матросы и сухопутные нижние чины, описывал частые конфликтные ситуации. В качестве причины драк в дневнике Ф.И. Шикуца называлось нетерпимое отношение сухопутных нижних чинов, которые ставили в вину морякам то, что «флот чуть не без бою покорился японцам». Благодаря необоснованно щедрому материальному обеспечению матросы обладали неплохими личными деньгами, это в свою очередь позволяло сухопутным предполагать, что моряки после затопления судов Порт-Артурской эскадры «набили карманы казенным добром». Зачастую по вине зачинщиков беспорядков из числа матросов 1-й Тихоокеанской эскадры русским военнопленным ужесточали условия содержания, что только прибавляло негативные краски к образу военного моряка. При этом флотские офицеры упрекали сухопутных в том, что они не могли «драться на суше и отдавали позицию за позицией». Если верить дневниковым записям зауряд-прапорщика Ф.И. Шикуца, то «баталия с установлением фонарей под глазами и прочими атрибутами» случались раз в несколько суток. И после двух месяцев плена «мы (сухопутные офицеры. — А. Г.) привыкли к подобным происшествиям». Совместное возвращение из плена не привело к улучшению взаимоотношений между двумя основными родами войск, а только способствовало укреплению в сознании сухопутных офицеров и нижних чинов негативного образа военного моряка. Поручик запаса князь В.В. Оболенский, не кадровый сухопутный офицер, имел возможность составить непосредственное представление о моряках, уже возвращаясь с войны. Вопреки графику движения матросы требовали пропустить их эшелон вне очереди. Начальник сухопутного эшелона посчитал справедливым строго придерживаться графика движения. Матросы попытались убить офицера, за которого заступились солдаты его роты. Так как морские офицеры, «ни разу не выглянувшие на творившиеся безобразия», самоустранились и не предприняли мер по удержанию матросов, дело обернулось побоищем. Матросы «взломали контрольный аппарат и, имея на паровозе собственных механиков, укатили дальше». Записки поручика В.В. Оболенского заканчивались описанием пути следования эшелонов по Сибири, где на каждой крупной станции походный дневник поручика пополнялся сведениями о бесчинствах возвращавшихся матросов.

Участник Русско-японской войны капитан 2 ранга В. Семенов считал, что в формировании негативного образа военного моряка и даже откровенно враждебных настроений были виноваты высшие начальники, так как «упорно внушали сухопутным мысль, что в промахах флота виноваты не высшие начальники, а негодный материал (команда и офицеры), бывший в их распоряжении!» Генерал-майор М.И. Костенко также указывал на высшее начальство, но в ином ракурсе: «моряков он (наместник Е.И. Алексеев. — А. Г.) стремился поставить на первом плане и дать им преимущественное положение перед армией…» В письме жене от 14 декабря из осажденного Порт-Артура капитан 2 ранга Н.О. Эссен писал, предвидя дальнейшую реакцию сухопутных участников событий Русско-японской войны: «К тому же нас всех, моряков, вероятно, будут все бранить, не разбирая, что каждому из нас пришлось вынести за эту войну, в которой мы, благодаря высшим начальникам, были поставлены в самое неблагоприятное и даже безвыходное положение». Офицеры флота, такие как А.П. Штер и Н. Максимов, перекладывали ответственность на командиров 1-й Тихоокеанской эскадры, чьи более чем осторожные действия подавали повод к обвинениям моряков в бездействии. Лейтенант А.П. Штер, вахтенный начальник крейсера 2-го ранга «Новик», был, на наш взгляд, достаточно объективен в оценках своих действий и вклада коллег в обороноспособность крепости. Он указывал в своих воспоминаниях на то, что деятельность флота сводилась к сторожевой службе миноносцев да отражению атак японских брандеров. Лейтенант А.П. Штер считал, что виноваты в пассивном характере действий 1-й Тихоокеанской эскадры были не офицеры и нижние чины флота, а командование эскадры. По его мнению, начальство ни разу не решилось на серьезное дело. Согласно воспоминаниям А.П. Штер, выступало «желание сохранить как можно больше кораблей и людей и свою собственную жизнь в придачу».

Основываясь на анализе как многочисленных источников личного происхождения, так и материалов военного делопроизводства, можно с уверенностью утверждать, что в глазах представителей сухопутного гарнизона Порт-Артура сформировался достаточно негативный образ офицера флота и военного моряка. Но на фоне обобщенного образа в тех же офицерских воспоминаниях фигурировали в виде исключений конкретные личности офицеров флота, о которых авторы отзывались достаточно положительно. В воспоминаниях генерала А.М. Стесселя — С.О. Макаров, генерала М.И. Костенко — командиры кораблей Н.О. Эссен и М.Ф. Шульц, командовавшего батальоном А.Н. Голицынского — лейтенант Н.Л. Подгурский. Наличие в источниках личного происхождения на фоне общего явно негативного образа военного моряка конкретных офицеров флота, которых авторы мемуаров аттестовали исключительно положительно, свидетельствует о возможности сглаживания разногласий и преодоления ведомственных конфликтов.