Когда береговая артиллерия прекратила огонь, египтяне вновь бросились в атаку. Понимая, что иного выхода в сложившейся ситуации нет, капитан Дов Бар решился на отчаянный шаг, приняв решение перейти от обороны в контратаку на египетские укрепленные точки, которые по первоначальному замыслу отводились на долю «Сайерет Маткаль». Старшина Хаим Штурман и сержант Йоав Шахар выскочили из укрытия и бросились по крыше вдоль искусственной бухты к самой крайней укрепленной точке. Захват ее мог в корне изменить ход боя еще до прибытия второй волны десанта «Сайерет Маткаль» и резервной группы «Шайетет-13». Необходимо было только миновать крышу здания и соскочить на землю, чтобы оказаться в непростреливаемой зоне, а затем вплотную приблизиться к укрепленной точке и попытаться закидать ее оставшимися гранатами. Когда уже оставались считаные метры до мертвой зоны, неожиданно блеснула ослепительная вспышка и раздался оглушительный взрыв. По всей видимости, один из египетских солдат метнул на крышу здания связку ручных гранат или другое взрывное устройство. Старшина Хаим Штурман и сержант Йоав Шахар погибли на месте. Один из бойцов «Шайетет-13» спрыгнул во двор и автоматной очередью скосил египетского солдата.

Тем временем израильтянам удалось прорваться к трупам своих товарищей и оттащить их к месту высадки второй волны десанта.

Их лодки находились в 600 метрах от острова Грин и по расчетам должны были достигнуть объект за считаные минуты. Но высадка произошла только в 02:00. Несмотря на то что каждая минута для находившихся на острове была критической, второй волне десанта понадобилось более 20 минут, прежде чем начать высадку. Как выяснилось, расстояние от места ожидания до крепости оказалось намного больше, чем предполагали в штабе операции. К тому же у некоторых лодок неожиданно возникли неполадки с моторами.

Отряд «Сайерет Маткаль», входивший в состав второй волны, состоял из трех групп, одной из которых командовал сам подполковник Менахем Дигли, двумя другими — капитан Эхуд Рам и капитан Амитай Нахмани. Причалив резиновые лодки к северному плацдарму, находившемуся под контролем морских коммандос, спецназовцы Генштаба стали выгружать ящики с боеприпасами. После этого поднялись на крышу, влившись в группу капитана Амнона Софера.

Бой на крыше был в самом разгаре. К этому времени морские коммандос успели потерять двух человек убитыми, шестеро бойцов были ранены. Несмотря на несколько неудачных попыток штурма укрепленной точки, капитан Дов Бар дал приказ продолжать атаку, поскольку орудие, размещенное на ней, могло поставить под угрозу отход всего десанта. Любой ценой его необходимо было уничтожить. Один из бойцов «Шайетет-13», обогнув три укрепленные точки, захваченные ранее, выстрелил из РПГ, однако взрыва не последовало. Он отбросил РПГ в море и стал расстреливать укрепленную точку из личного оружия. В этот момент возле него разорвалась граната. Силой взрывной волны его откинуло на несколько метров и практически полностью сорвало экипировку. Лишь по счастливому стечению обстоятельств ему удалось отделаться только контузией.

Тем временем бойцы «Сайерет Маткаль» смогли подобраться к укрепленной точке и забросать ее ручными гранатами. Впереди продолжали действовать еще три укрепленные точки противника, приблизиться к которым вообще не представлялось возможным, эта часть крыши простреливалась со всех сторон. Оставался единственный реальный шанс пробиться к египетским орудиям — через внутренний двор. Вместо этого подполковник Менахем Дигли приказал идти в лобовую атаку. На крыше царил сущий ад. Крики раненых, казалось, заглушали шум боя. Вокруг распространялся запах сожженной человеческой плоти и свежей крови. Даже опытные бойцы пребывали в состоянии, близком к психическому шоку. Никто не решался поднять голову. Командир «Сайерет Маткаль» вновь выкрикнул приказ, на этот раз обращаясь лично к капитану Эхуду Раму. Казалось, Эхуд прекрасно осознавал свою обреченность, но он бросился вперед, стараясь поднять за собой остальных бойцов своей группы. Пуля попала ему прямо в голову. От удара его тело отбросило с крыши на прибрежные камни.

Во внутреннем дворе крепости бой был в самом разгаре, в любую секунду готовый перейти в рукопашную схватку. Расстояние между египтянами и израильтянами составляло считаные метры. Оценив ситуацию, командир «Сайерет Маткаль» приказал двум группам спуститься во двор и помочь бойцам «Шайетет-13» подавить сопротивление египетского гарнизона. Поскольку на тесном участке действовало два подразделения, никогда прежде не участвовавших в совместных операциях, на поле боя царила полная неразбериха. В ночном бою было сложно отличить своих солдат от противника. Во время спуска во внутренний двор две группы «Сайерет Маткаль» попали под огонь «Шайетет-13», в результате чего смертельное ранение получил 19-летний рядовой Юваль Мерон.

Египетская береговая артиллерия вновь возобновила обстрел острова. БÓльшую часть десантных лодок отбросило в море, многие из них получили пробоины и наполовину погрузились в воду. Не было никакой возможности эвакуировать раненых и убитых. Никто не ожидал такого развития событий. Недооценка противника, как правило, чревата губительными последствиями. Складывалось впечатление, что израильтяне недостаточно объективно взвесили свои возможности и, ввязавшись в драку, теперь не знали, как из нее выйти, не понеся еще больших потерь.

Мотор десантной лодки командира «Шайетет-13» с самого начала «глотал воду», поэтому подполковник Зеэв Альмог высадился на острове с большим опозданием, когда бой уже практически подходил к своей завершающей фазе. Со своей группой он поднялся на крышу и установил полевой штаб на одной из «зачищенных» укрепленных точек противника. Капитан Дов Бар, командовавший высадкой первой волны, вкратце доложил обстановку. Более двух третей острова находилось под контролем «Сайерет Маткаль» и «Шайетет-13». Сопротивление египетского гарнизона было фактически сломлено, во всяком случае, противник уже не пытался перейти в контратаку, но и силы израильского десанта были почти полностью истощены. Практически не было ни одного бойца, не получившего ранения. Полевой госпиталь, расположившийся в одном из помещений в северной части крепости, уже не справлялся с потоком раненых, многие из которых пребывали в крайне тяжелом состоянии и требовали срочной эвакуации.

В 02:15 подполковник Зеэв Альмог связался по рации со штабом операции. Оценив ситуацию, начальник Генерального штаба генерал-лейтенант Хаим Бар-Лев отдал приказ к подготовке отхода и минированию крепости. В целом десант выполнил поставленную задачу, гарнизон крепости был раздавлен, египтяне деморализованы, и сейчас в первую очередь было необходимо спасти уцелевших спецназовцев.

Тем временем командир «Сайерет Маткаль» подполковник Менахем Дигли через мегафон призывал египетских солдат на арабском языке прекратить сопротивление. Не могло идти и речи, чтобы начать отход, оставляя у себя за спиной противника. В то время как морские коммандос и «Сайерет Маткаль» зачищали внутренний двор и помещения, все взрывные устройства были снесены в большой зал, расположенный в северной части крепости, недалеко от радарной башни. Первоначальный план подразумевал закладку взрывчатки в нескольких местах, однако развитие событий внесло свои коррективы. Бригадный генерал Рафаэль Эйтан решил ограничиться одним мощным взрывом, который следовало произвести уже после того, как лодки с десантом выйдут в залив. Во-первых, чтобы не погибли свои же бойцы, во-вторых, на некоторое время этот мощный взрыв мог бы послужить прикрытием, что позволило бы как можно дальше отойти от крепостных стен.