В ноябре 1988 года, после ухода советской бригады, оппозиционеры в сговоре с должностными лицами второго армейского корпуса афганской армии попытались захватить власть в Кандагаре. Переворот удалось предотвратить. Но обстановка от этого не разрядилась, она продолжала накаляться и здесь, и в других провинциях — по мере того, как все меньше оставалось в ДРА советских воинских частей.

К 15 февраля 1989 года советская 40-я армия покинула территорию Афганистана. Прогнозы Запада о том, что кабульский режим сразу после прекращения советского военного присутствия падет по причине своей полной нежизнеспособности, а коалиционное правительство группировок моджахедов приведет страну к миру после изгнания «коммунистической чумы», оказались несостоятельными. Вывод советских войск не вызвал начала процесса умиротворения в Афганистане, а, наоборот, побудил оппозицию к активизации военных действий. Непосредственно за этим событием последовали крупнейшие наступательные операции моджахедов под Джелалабадом, Хостом, Кандагаром, Кабулом, Салангом.

Однако правительственные войска успешно отразили эти наступления и в ряде районов перешли в контрнаступление, в результате чего восстановили свое оперативное положение и смогли его удерживать еще три года. Оппозиция была ослаблена, и в этом сыграли роль несколько факторов: во-первых, с уходом подразделений советских войск она была лишена своей идеологической базы, побуждавшей афганцев к борьбе против «неверных»; во-вторых, агрессивные тенденции Пакистана вызвали некоторые патриотические настроения и оттолкнули часть повстанцев от борьбы с правительством; в-третьих, законное правительство Афганистана получило за время присутствия контингента советских войск определенную опору внутри страны.

Однако советские лидеры последовательно «сдавали» своих афганских сторонников, и в 1990 году министр иностранных дел СССР Эдуард Шеварднадзе подал предложение о ликвидации работы Комиссии Политбюро по Афганистану, которое было вскоре одобрено. А после развала СССР президент «новой России» Борис Ельцин не только подтвердил отказ правительства уже Российской Федерации от какой-либо помощи правительству Афганистана, но и фактически отдал его на расправу афганской оппозиции. С другой стороны, продолжение поставок моджахедам оружия, боеприпасов и пр. со стороны США, активная поддержка последними оппозиционеров на идеологическом, пропагандистском и даже дипломатическом уровнях — предопределили падение правительства Наджибуллы.

18 марта 1992 года Наджибулла предложил передать власть переходному правительству и 16 апреля оставил свой пост. Незадолго до захвата Кабула моджахедами Наджибулла успел с доверенными лицами переправить супругу Файтану Гайлани с тремя дочерьми и сестру Лейли в Дели последним самолетом, сам же укрылся на территории индийского посольства, а затем — в здании представительства ООН в Кабуле. Вместе с ним остались его брат, начальник управления охраны МГБ Шапур Ахмадзай, начальник канцелярии Исхак Тухи и начальник личной охраны Джафсар.

Сменявшие друг друга в ходе гражданской войны правительства страны требовали от ООН выдачи Наджибуллы. В 1995–1996 гг. вопрос о предоставлении политического убежища Наджибулле поднимался при поддержке ООН даже Госдепартаментом США. Но это предложение не было поддержано Россией: Наджибулла, как и многие другие члены НДПА, был шокирован высказыванием, прозвучавшим в интервью тогдашнего российского министра иностранных дел Андрея Козырева, о «нежелании Москвы иметь дело с осколками прошлого афганского режима».

* * *

26 сентября 1996 после захвата Кабула силами исламского ополчения «Талибан» Наджибулла, его брат и трое других бывших членов правительства были вывезены боевиками из своего убежища. Утром 27 сентября 1996 жители Кабула проснулись от звуков барабана (в Средневековье так доводили до сведения народа решения и указы правителей), которым приглашали народ посмотреть на грядущее повешение Наджибуллы.

На его теле было заметно множество ранений и следов пыток, что косвенно подтверждает слова очевидцев о том, что сначала с Наджибуллой «встретились» представители пакистанских спецслужб и сам глава внешней разведки страны. Утверждается, что ему предлагалось подписать документы, официально признающие «линию Дюранда» (острый двусторонний спор об установлении четкой афгано-пакистанской границы), от чего экс-пре-зидент отказался. Его пытали и зверски избивали.

Привязав истерзанного бывшего президента к машине, талибы протащили его до перекрестка Ариана, находящегося возле президентского дворца Apr, где и повесили вместе с братом — генералом Шапуром Ахмадзаем — на автокране. Издеваясь над телами убитых, они вставляли между их пальцами купюры афгани и сигареты.

Последние дни Мухаммеда Наджибуллы и по сей день вызывают множество вопросов. По некоторым сведениям, перед падением Кабула Наджибулла встречался с некими лицами, которые уговаривали его не покидать город. Эмиссары Талибана встречались с его женой, говоря ей, что «Талибан» собирается не просто взять Кабул, а восстановить Наджибуллу у власти. Согласно книге Ахмеда Рашида «Тень Талибов», Наджибулла попал в руки талибов между 1 и 2 часами ночи; он также пишет, что бывший президент был повешен не на веревке, а на электропроводе. Ходит легенда, что перед смертью Мухаммед Наджибулла выхватил автомат (по другой версии пистолет) у конвоировавшего его пуштуна и завязал бой, в котором погиб, а повешен он был уже мертвым.

В своей книге Ахмед Рашид описывает последние минуты жизни доктора Наджиба следующим образом:

«Талибы ворвались к нему в комнату и подвергли его вместе с братом жестокому избиению, и когда те потеряли сознание, бросили их в кузов небольшого грузовика, который отвез пленных в президентский дворец в темноте по ночным улицам. Там Наджибулла был кастрирован, и его тащили, привязанного к джипу, по улицам города, и, наконец, пустили ему пулю в голову. Те же пытки пришлось выдержать его брату, но вместо пули он получил петлю на шею. Оба трупа повесили на бетонном столбе возле президентского дворца, невдалеке от здания ООН в Кабуле. У обоих в руках были зажаты сигареты, а карманы были набиты афганскими деньгами — что должно было по мнению талибов со всей наглядностью продемонстрировать, что обвиняемые были казнены за продажность и разнузданную жизнь».

Эту версию подтверждают пакистанские СМИ, писавшие в те дни, что Наджиба, по-видимому, протащили за джипом, а затем убили выстрелом в голову. А известный российский ученый-востоковед В. Пластун, долгое время проработавший в Афганистане и часто встречавшийся с Наджибуллой и его противниками, так описывает эти события:

«Наджибуллу предавали много раз. Но в самый страшный свой час он нашел силы не предать ни Афганистан, ни свой народ, ни себя. Благодаря недюжинной силе, из-за которой за ним еще с юности закрепилась кличка «Бык», он сумел разметать охрану, отнять у одного из офицеров пистолет и убить (либо тяжело ранить) брата Аслам Бека. Последующее было кошмаром. Наджибулла перенес страшные пытки, но сломлен не был. Жуткая казнь, потрясшая даже его врагов, возмутившая всех афганцев, по какую бы сторону баррикад они ни были, подвела черту под его жизнью…»