Органы безопасности охотились за «Михайло» более пяти лет, пока «Наталка» не сообщила о его местонахождении своим кураторам. Место, где он скрывался, находилось в двух километрах восточнее деревни Жукив Бережанского района Тернопольской области. Охраняло генерала СБ спецподразделение — так называемая «двадцатка». Ночью воинское подразделение окружило бункер. Находящимся внутри бандеровцам было предложено сдаться, но охрана ответила пулеметным огнем. Оказавшись в безвыходном положении, «Михайло», его жена «Вера» и связная «Наталка» стали жечь документы. Затем «Михайло» убил жену и связную выстрелами из пистолета и застрелился. Последний живой спецназовец из охраны подорвал себя гранатой. Жена «Михайло» «Вера» была руководителем женского отряда в Львовской городской команде ОУН, а «Наталка», на момент гибели, — офицером связи центрального штаба ОУН, связной главнокомандующего УПА Романа Шухевича.

«Михайло» не удалось уничтожить все находящиеся в бункере документы. После операции в убежище было найдено два планшета с документами. Наиболее ценным из них было письмо на восьми страницах, которое «Михайло» за неделю до гибели написал Роману Шухевичу. В письме «Михайло» объективно оценивал положение украинского повстанческого движения. Главную угрозу он видел в советской агентуре: «Тайные осведомители — наиболее многочисленные и опасные из доносчиков. Эти “москиты” разлагают здоровые ряды нашей организации. От этой формы агентуры мы понесли самые большие потери». Руководитель грозной СБ был уверен в том, что тайные информаторы были повсюду среди повстанцев: «Если допустить, что в каждой деревне имеется не меньше пяти таких осведомителей, то станет понятно все их значение».

В секретной инструкции для руководителей СБ, представляющей учебное руководство по охоте на советских осведомителей, «Агентура НКВД-НКГБ в действии», сказано: «Только после создания такой (агентурной. — В. И.) сетки в каждом населенном пункте, органы НКВД-НКГБ начинают свою деятельность. При помощи этой сетки они имеют возможность контролировать внутреннюю жизнь каждого населенного пункта, выявлять и “разрабатывать” объекты, которые для них будут представлять определенный оперативный интерес».

Массовая вербовка агентов, получаемая от них информация и тактика нанесения точечных ударов по подполью приводили к уничтожению действующих руководителей ОУН. В начале ноября 1948 года по наводке осведомителей были уничтожены «Федир» и еще трое повстанцев, возглавлявших самые активные из оставшихся группировок ОУН-УПА в Львовской, Дрогобычской и в некоторых районах Станиславовской и Тернопольской областей. Еще больший удар по подпольно был нанесен 10 ноября 1948 года, когда был ликвидирован «Мирон» — печально известный руководитель СБ в регионе. По данным МГБ, «Мирон» «отличался крайней жестокостью и деспотизмом, он без колебаний использовал самые отвратительные методы пыток и убийств…». Именно «Мирон» был автором руководства «Агентура НКВД-НКГБ в действии». Он разработал множество различных приемов для контрразведки повстанцев, которые успешно применялись по всей Западной Украине. С их помощью повстанцы проникали в карательные структуры и ликвидировали советских агентов. Убийство «Мирона» последовало после агентурного донесения, что секретарь Гриневского сельсовета Бобркского района Львовской области — местный крестьянин по фамилии Тишишин — связан с повстанцами. Применив «особые агентурно-оперативные меры» (вероятнее всего, пытки), следователи МВД заставили Тишишина выдать укрытие-бункер, где прятались пятеро его односельчан. В ходе спецоперации 10 ноября 1948 года все находившиеся в бункере, в том числе и сын Тишишина, были убиты. Среди убитых оказался и «Мирон». Позднее было установлено, что под этим псевдонимом скрывался уроженец села Девятники Дрогобычского района Ярослав Дьякон, работавший при немцах бургомистром, а затем начальником полиции в Бобрках Львовской области. Возглавляя полицию, в апреле 1943 года он руководил уничтожением местного еврейского населения силами немецких солдат и украинских националистов.

Кроме «классических» агентов и осведомителей, органами НКВД и НКГБ для борьбы с националистическим подпольем в 1944—1947 годах широко применялись агенты-боевики. В качестве таких агентов использовались бывшие участники националистического подполья, захваченные в ходе войсковых операций. Завербованные оперативными работниками боевики выдавали известных им участников подполья и места укрытий. Из боевиков создавались агентурно-боевые группы («спецгруппы»), которые подчинялись Главному управлению по борьбе с бандитизмом (ГУББ) в составе НКВД. Обычно такие группы возглавляли офицеры НКВД, НКГБ или Смерш.

Эти «спецгруппы» под видом подразделений СБ ОУН и УПА выявляли командиров и участников националистического подполья в селах и захватывали или уничтожали их. «Спецгруппы» действовали во всех областях Западной Украины. По состоянию на 1 июля 1945 года действовало 156 таких «спецгрупп» численностью 1783 человека. Больше всего их было на Ровенщине, где «чистки» проводились особенно интенсивно. Так, в январе—феврале 1945 года в Ровенской области совершила несколько рейдов спецгруппа из бывших членов УПА и легализованных оуновцев численностью 50 человек. Ее возглавлял бывший командир сотни УПА «Хмара». Для проведения агентурной работы в группу был включен работник НКВД. Этой спецгруппой было убито 30 и захвачено живыми 24 участника ОУН-УПА. В ночь на 5 марта 1945 года специальной группой УНКВД Волынской области, возглавляемой бывшим куренным УПА «Максимом-Вороном», был убит начальник штаба УПА Карпович.

Описывая действия организованного из захваченных головорезов СБ спецотряда «Быстрый», майор госбезопасности Соколов сообщал руководству: «Я посоветовался с командирами спецгруппы, что, не лучше ли будет нам изменить работу — не ходить по селам под видом банд, ища бандитов, а воровать из сел людей, стоящих на учете РО НКВД, как имеющих связь с бандитами, и их допрашивать под видом “СБ”, обвиняя в сексотстве. Командиры это одобрили и сказали, что так работа пойдет и такая методика хороша еще тем, что бандиты никак не смогут уловить наших действий, им, чтобы отрафировать (так в тексте) нашу работу по этому направлению».

Реакцией на жестокие, а порой просто бандитские действия «спецгрупп» и оперативных работников стало принятое политбюро ЦК КП (б) У 21 марта 1945 года постановление «О фактах грубых нарушений советской законности в западных областях Украины».

Однако и после выхода этого постановления жестокие действия «спецгрупп» продолжались. 15 февраля 1949 года военный прокурор войск МВД украинского округа полковник юстиции Кошарский обратился к Секретарю Центрального Комитета КП (б) Н.С. Хрущеву с совершенно секретной докладной запиской № 4/001345 «О фактах грубого нарушения советской законности в деятельности т. н. спецгрупп МГБ». Военный юрист пишет (стиль и орфография сохранены): «Министерством Госбезопасности Украинской ССР и его Управлениями в Западных областях Украины, в целях выявления вражеского, украинско-националистического подполья, широко применяются т. н. спецгруппы, действующие под видом бандитов “УПА”. Этот весьма острый метод оперативной работы, если бы он применялся умно, по-настоящему конспиративно и чекистски подготовленными людьми, несомненно, способствовал бы скорейшему выкорчевыванию остатков бандитского подполья. Однако, как показывают факты, грубопровокационная и неумная работа ряда спецгрупп и допускаемые их участниками произвол и насилия над местным населением, не только не облегчает борьбу с бандитизмом, но наоборот, усложняет ее, подрывает авторитет советской законности и бесспорно наносят вред делу социалистического строительства в Западных областях Украины». Далее Кошарский приводит многочисленные примеры «работы» спецгрупп.