В обоих случаях армия спасла Парламент от поражения. В августе 1647 г. войска вошли в Лондон, вышвырнули главных «подстрекателей» из Палаты общин и нагнали на остальных страху, чтобы те проголосовали за выплату жалованья и других материальных благ, которые, как они верили, им полагались. Тем самым они отвергли предложение радикальной группировки, основанной в Лондоне и известной как «левеллеры», распустить Долгий парламент, объявить, что все находившиеся у власти не оправдали доверия народа и не могут дальше управлять государством, и провозгласить новую демократическую конституцию. Левеллеры призывали всех свободных англичан подписать «Народное соглашение» и совместно править децентрализованным демократическим государством. Все, кто занимал официальные посты, должны были пойти на этот шаг и отвечать за него перед своими избирателями. Многие права, прежде всего свобода исповедания той формы христианства, которую каждый для себя выбирает, не должны нарушаться никаким парламентом или правительством. Как военных, так и гражданских людей привлекали идеи левеллеров о свободе вероисповедания, их осуждение коррупции, тирании Долгого парламента; офицеры и «агитаторы», избранные из рядовых и сержантов, обсуждали предложения прежде всего на дебатах в Патни, происходивших в церкви этого города и около нее в ноябре 1647 г. Но в результате подавляющее большинство из них пришло к выводу, что политика левеллеров не может удовлетворить насущные требования армии. Вместо этого последняя стала оказывать давление на очищенный Парламент, чтобы тот использовал свои неограниченные полномочия для выполнения их требований.

Итогом стала вторая гражданская война, выразившая протест удаленных районов против централизации и военного господства. Умеренные парламентарии, лидеры графств поднялись против возобновленного угнетения; их возмущение поддержали бывшие роялисты. Наиболее жестокие бои второй гражданской войны происходили в районах, почти не затронутых первой гражданской войной и недостаточно наученных прошлым опытом: в Кенте, Восточной Англии, Южном Уэльсе, Западном и Северном Райдинге. Положение еще более осложнилось попыткой заключения союза короля с шотландцами, которые были недовольны тем, что Парламент не подтвердил соглашение о создании единой Церкви, и настроены, несмотря ни на что, доверять лживым обещаниям Карла. Если бы восстания были согласованы или по крайней мере происходили одновременно, они могли бы быть удачными. Но они произошли одно за другим и одно за другим были подавлены армией. Поражением шотландцев в августе в Престоне вторая гражданская война закончилась.

Она тоже не решила никаких проблем. По-прежнему страна взывала к миру и соглашению, по-прежнему армия требовала выплаты жалованья, по-прежнему король увиливал и давал пустые обещания. Так же как и в 1647 г., обе палаты видели всю тщетность своих усилий. В начале декабря у них было только два пути: сдаться королю и пригласить его на трон на его условиях, чтобы восстановить порядок и мир; или свергнуть его окончательно и решиться на смелую авантюру, отправившись в неизвестные и не отмеченные на картах конституционные моря. Явное большинство в обеих палатах, равно как и во всей стране, склонялось к первому; меньшинство же, под предводительством командиров армии, предпочитало последнее. Второй раз армия провела чистку Парламента. В ходе так называемой Прайдовой чистки больше половины членов Палаты общин были арестованы или оставили свои должности. Две трети оставшихся бойкотировали буйную Палату. В последовавших затем революционных неделях участвовало менее шестой части членов Парламента, а многие из тех, кто присутствовал, делали это только для того, чтобы смягчить последствия. Решение предать короля суду не поддержал практически никто из тех, кто объявил ему войну в 1642 г.

В январе 1649 г. король был казнен. Его достоинство и сдержанность нанесли сильный пропагандистское поражение его противникам. Публичное обезглавливание в Уайтхолле произошло перед пораженной, но сочувствовавшей толпой. Один из самых бесчестных и лицемерных королей Англии заслужил венец мученика, своим достойным поведением в конце жизни он спас свою репутацию, а его книга, в которой он давал оправдание своим поступкам, Eikon Basilike («Королевский образ»), стала бестселлером в последующие десятилетия.

В 1649–1660 гг. Англия была республикой. Это время можно назвать революционным. Многих королей жестоко убивали, но никого до этого не приговаривали к смерти на законных основаниях. Монархия была упразднена, а вместе с ней Палата лордов и Англиканская церковь. Между 1649 и 1659 гг. Англия имела четыре разные конституции и хаос в управлении в 1659–1660 гг. Шотландия была полностью интегрирована в Британию, Ирландия покорена с высокомерием, беспрецедентным даже в ее бурной истории. Это было время больших экспериментов в управлении государством. Тем не менее, многое осталось без изменений. Правовую систему кое-как починили, но в ней узнавалась старая туманная система обычного права, исходившая из исключительных прав духовенства на законодательство; местные органы управления вернулись к старому образцу четырех заседаний в год, вместо того чтобы действительно образовывать местные парламенты. Существующие права собственности были защищены и укреплены, и социальный строй огражден от его радикальных критиков. Что касается национальной Церкви, то ее структуру нельзя признать совершенной. Никого не принуждали принимать это вероисповедание, но десятину для содержания духовенства обязывали платить всех; светская власть и моральный авторитет приходских священников, которыми они обладали со времен Тюдоров, были беспрекословными. Фактически допускалась большая свобода для каждого прихода в делах культа, заветов и обрядов, разрешенные англиканские службы и англиканские праздники негласно и широко практиковались.

По отношению к институтам власти это было десятилетие переменного развития в направлении реставрации монархии. В 1649–1653 гг. Англией правило «охвостье», остаток Долгого парламента, принявшее Прайдову чистку и цареубийство; этому институту принадлежала законодательная и исполнительная власть. Несмотря на попытки некоторых членов Парламента брать пример с собраний Римской республики, «охвостье» не отличалось устойчивостью. Слишком занятое, чтобы предпринимать смелые инициативы и искать долговременные решения, не говоря уже о том, чтобы строить новый Иерусалим, «охвостье» уклонялось от решения проблем. Продав земли королевской семьи, Церкви и роялистов, оно финансировало завоевание Ирландии, в которое входило взятие Дроэды и Уэксфорда и массовое убийство гражданского населения — действия, не имевшие параллелей в Англии, но расценивавшиеся как ответ на жертвы 1641 г., — а также вторжение в Шотландию, проходившее с меньшими жестокостями. Учреждая внепарламентские финансовые учреждения, ведавшие финансовыми вопросами, и довоенную форму местного управления, «охвостье» получило достаточно сторонников, для того чтобы разгромить роялистов в третьей гражданской войне. С помощью непоследовательных и противоречивых заявлений относительно религии оно усиливало неуверенность людей в их церковных предпочтениях; при этом никто не уходил в отчаянную оппозицию. «Охвостье» даже вступило в войну с голландцами на море; в последующие месяцы захват голландских торговцев обеспечил удвоение объемов британской посреднической торговли. Деморализованная роялистская партия залечивала свои раны и пыталась рассчитаться с долгами; большинство старой парламентской партии неохотно, но выполняло требования правящей партии. Тем не менее позиция «охвостья» была не такой уж крепкой.