Вскоре руководство повстанцев сменилось. Ахилла был убит, власть перешла к Арсиное и Ганимеду. Ганимед встал во главе осаждающих. По его приказу были заложены подземные каналы, а затем машины александрийцев пустили в область, занятую Цезарем, огромное количество соленой воды, что вызвало панику римлян (В. Alex., 5–6). Цезарь приказал рыть колодцы, кроме того, воду стали подвозить морем (Ibid., 7–9; Plut. Caes., 49).

На помощь Цезарю прибыл посланный Домицием Кальвином 37 легион из бывших помпеянских солдат. Когда корабли не могли войти в гавань, Цезарь вышел навстречу им со своим флотом. Александрийцы пытались атаковать его со вновь построенными кораблями. Произошел морской бой, в котором особенно отличились родосцы. Одержав победу, военные корабли отвели на буксире грузовые суда (b. Alex., 10–11; Plut. Caes., 49; Dio, 42, 39). Теперь римский отряд был усилен и, похоже, мог уже не опасаться фронтального столкновения.

Новый план Ганимеда был связан со строительством флота, который мог бы отрезать римлян от снабжения. В рекордный срок сторожевые и старые суда были переделаны в военные корабли, и египтяне вывели в море флот из 22 квадрирем и 5 квинкверем, добавив к ним мелкие суда. У Цезаря было 34 корабля (8 понтийских, 5 киликийских, 12 азиатских и 9 родосских) (В. Alex., 13). Оба флота разделяла отмель, и противники заняли выжидательную позицию. Наконец, блестящий маневр родосских кораблей Эвфранора позволил флоту Цезаря перейти отмель. В морском сражении александрийцы потерпели поражение (В. Alex., 14).

Теперь Цезарь атаковал ту часть Фароса, которая находилась в руках александрийцев. Остров был атакован с двух сторон, с суши и с моря. Атака была успешной, и остров удалось захватить. После этого римляне атаковали мост, связывающий Фарос с городом. Туда же двинулись большие силы александрийцев и корабли. Римляне не выдержали натиск противника, началось бегство. Возможно, это был самый драматический момент осады. Один из кораблей затонул вместе с людьми. Римляне потеряли 400 солдат и примерно столько же моряков. Возможно, именно во время этого сражения начался пожар Александрии, во время которого сгорела Александрийская библиотека (В. Alex., 17–21; Plut. Caes., 49, Dio, 42, 40).

Птолемею удалось убедить Цезаря отпустить его к повстанцам. Римский полководец согласился, после чего царь открыто возглавил александрийцев. Хотя Цезарь казался обманутой стороной, он просто более четко обозначил противостояние (В. Alex., 23–4). Позиционная война продолжалась, продолжались и морские бои, в одном из которых погиб Эвфранор (Ibid., 25).

Хотя некоторые исследователи критикуют Цезаря за то, что в решающий момент он положился на восточные войска (других у него просто не было), Митридат Пергамский успешно справился с поручением. Собрав войска в Сирии и Киликии, в январе-феврале 47 г. он появился в Палестине, где соединился с правителем Иудеи Антипатром, приведшим 3-тысячный отряд, и союзными отрядами из Аравии (Jos. Ant., XIV, 8, 1). Будучи враждебно настроены к Помпею из-за разрушения Иерусалимского храма в 62 г., иудеи активно поддержали Цезаря. Армия Митридата и Антипатра взяла Пелузий (В. Alex., 26) и двинулась в дельту Нила. Главные силы египетской армии оказались между двух огней и выступили против Митридата, осадив его лагерь. Цезарь вышел из Александрии на соединение с прибывшей армией (Ibid., 27–28).

Сражение в дельте Нила (26–27 марта 47 года), видимо, представляло собой два последовательных столкновения. Оно началось с наступления египтян на лагерь Митридата, отраженного войсками последнего (В. Alex., 27; Jos. Ant., XIV, 8, 2). Согласно Иосифу Флавию, в сражении особенно отличился левый фланг Антипатра, сумевший даже перейти в наступление. Согласно автору «Александрийской войны», после этого к месту сражения подошел Цезарь (В. Alex., 28).

Птолемей попытался остановить римлян, послав к реке конницу и легкую пехоту и пытаясь помешать переправе. Германские всадники переправились чуть ниже по реке, в то время как легионеры начали переправу (Ibid., 29). После победы Цезарь занял ближайший к лагерю укрепленный холм, а затем атаковал лагерь. Исход битвы решил обходной маневр трех когорт Карфулена (Ibid., 30–31). Египетская армия бросилась спасаться на корабли, которые начали тонуть под тяжестью скопившихся на них людей. Во время этого побоища погибли царь и Ганимед (В. Alex., 30–31; Flor, IV, 2, 60; Veil., II, 54; Арр. В. С, II, 90; Piut. Caes., 49).

Цезарь вернулся в Александрию. После разгрома армии, горожане спокойно приняли победителя. Александрийцы сложили оружие, оставили укрепления и сдались. Правителями Египта стали Клеопатра и ее младший брат Птолемей XIV, а для поддержания римского управления, Цезарь оставил в стране 2 или 3 легиона во главе с Руфином. Арсиноя была низложена. После победы Цезарь пробыл в Египте еще 2 месяца, совершив вместе с Клеопатрой плавание по Нилу. Огромная флотилия из 400 кораблей проплыла по реке, видимо, посетив Мемфис, Файюм, Абидос и Фивы (Suet. Iul., 35, 1; 52, 1; 76, 3; Арр. В. С, II, 90; Dio, 42, 44). Поездка Цезаря в обществе египетской царицы была его первым отдыхом за долгие годы. Несомненно сказался его интерес к путешествиям и желание посетить страну древнейшей цивилизации. Египет был местом паломничества греческих ученых и интеллектуалов классической эпохи: его посетили Гомер, Пифагор, Солон, Гекатей Милетский, Геродот, Платон. В эллинистическое время Александрия стала центром мировой науки. Цезарь, в известной степени, хотел продолжить эту культурную традицию.

Война и поездка по Нилу имели еще одно следствие. Цезарь смог оценить значение Египта, который позже во многом обеспечил «экономическое чудо» Империи. При Августе годовой доход от Египта составлял 35 млн. денариев (140 млн. сестерциев), то есть четверть дохода державы. Наряду с Сицилией и Африкой, Египет стал поставщиком хлеба в Рим, он поставлял 20 млн. модиев пшеницы в год и снабжал хлебом восточные провинции и армии. Цезарь нашел один из тех «локомотивов», которые вывели из кризиса экономику республики и обеспечили небывалый подъем I–II вв. н.э. Открывались определенные перспективы и для изолированной и деградировавшей державы Птолемеев, которая получала возможность интеграции в огромный римский мир и перспективу роста. В эпоху Империи в плане экономики Египет, видимо, достиг или даже превысил уровень Египта первых Птолемеев.

Цезарь смог обеспечить лояльность Египта, по крайне мере, при своей жизни. На троне находилась сильная правительница, усвоившая основные принципы его политики и (что было редкостью среди Птолемеев) популярная даже среди местного населения. Как это часто бывало в его истории, коренное население Египта не участвовало в перипетиях Александрийской войны, а Александрия даже, может быть, более, чем какая-либо другая столица, отличалась от страны, которой она управляла. Отношения Цезаря и Клеопатры имели не только личный характер. Можно спорить о том, что в них было: очарование стареющего полководца молодой красавицей, чувственное начало, страсть, интеллектуальная и духовная близость или трезвый политический расчет с одной или с обеих сторон — анализ эмоциональной стороны весьма гипотетичен и скорее является задачей писателя-романиста, нежели историка. Последнему остается констатировать другое — их отношения были основаны на четком осознании исключительной важности друг друга и глубоком совпадении интересов. Клеопатра поняла, что судьба Египта решается в Риме (позже она попытается решить судьбу Рима из Египта), а Цезарь не менее четко осознавал, что Египет становится одной из основ системы римских восточных территорий. Завоевание Египта (а оно началось при Цезаре) было не менее важным, чем завоевание Галлии. Если Клеопатра могла мечтать о прежнем величии Птолемеевского Египта, то Цезарь мог думать об экономическом потенциале Египта тех времен, интегрированном в римское общество. Наконец, Клеопатра была обязана Цезарю не только своей властью, он в полной мере создал ее как политика, и, возможно, как женщину, и до конца своих дней она, несомненно, находилась под влиянием его многогранной незаурядной личности. Для Цезаря это, вероятно, было самое сильное увлечение, по крайней мере, второй половины его жизни.