В этих новых условиях Сессия Верховного Совета Республики Южная Осетия 21 декабря 1991 года приняла «Декларацию о независимости Республики Южная Осетия».

19 января 1992 года в Южной Осетии был проведен второй референдум, на котором 99 % из 70 % принимавших участие в голосовании высказались за независимость Республики Южная Осетия и воссоединение с Россией как с правопреемницей СССР.

В ответ на попытки осетин сохранить свою независимость от сепаратистской Грузии и остаться в составе СССР руководство Грузии развернуло вторую по счету широкомасштабную вооруженную агрессию против Южной Осетии. 6 января 1991 года в 4 часа утра по сговору с руководством внутренних войск МВД СССР, находившихся в Цхинвале, около 6 тысяч человек грузинских милиционеров и переодетых в милицейскую форму уголовников, выпущенных для этой цели из тюрем Грузии, вошли и оккупировали большую часть столицы Южной Осетии, заняли все основные объекты жизнеобеспечения. Были блокированы все дороги, ведущие в г. Цхинвал. 7 января в разных районах г. Цхинвала грузинские «милиционеры» открыли огонь по безоружным людям. 4 мирных жителя погибли, а десятки были ранены.

В это же время «Независимый союз энергетиков» Грузии отключил в 25-градусные морозы электроэнергию для Южной Осетии. В результате, от переохлаждения в период с января по февраль 1991 года в Цхинвальском пансионате для престарелых умерло 29 человек. В родильном доме г. Цхинвала по этой же причине скончались 8 младенцев.

За период с января по апрель 1991 года 7 раз был взорван водопровод, идущий в Цхинвал через села, оккупированные грузинской «милицией».

Пропаганда насилия над осетинами была возведена в ранг государственной политики. В полном объеме началось массовое физическое уничтожение осетин. Этим самым возможности политического компромисса в грузино-осетинских отношениях были сведены Грузией на нет. Новый этап этнических чисток длился с 1991-го по июль 1992 гг. и поставил южных осетин перед проблемой выживания как этноса.

Широкомасштабная агрессия Грузии была направлена именно против мирного населения Южной Осетии. Встретив отпор со стороны территориальных сил самообороны в г. Цхинвале, 9 января 1991 года грузинские бандформирования были вынуждены покинуть пределы города. Но далеко они не ушли. Заняв позиции на подступах к городу и на господствующей Присской высоте, «соколы» Гамсахурдии в течение нескольких месяцев из различных видов тяжелого вооружения (танки, бронемашины, гаубицы, минометные установки, ракеты) в упор расстреливали жилые кварталы столицы Южной Осетии, наводя ужас на мирное население. В результате этих обстрелов полностью разрушено множество жилых домов и даже целый квартал (Армянская ул.) в г. Цхинвале.

Погибло и было ранено огромное количество мирного населения, в основном — женщины и дети, причем часть из них была сражена пулей грузинских снайперов, окопавшихся на господствующих высотах.

В результате этой бойни в г. Цхинвале во дворе средней школы № 5 появилось новое кладбище, так как люди были лишены даже такой возможности, как похоронить погибших на городском кладбище, из-за его постоянного обстрела. Это кладбище, где похоронены десятки мирных жителей, в том числе старики и дети, павших от рук грузинских боевиков, наряду с сожженными осетинскими селами, является одним из свидетельств геноцида осетинского народа.

Не менее жестоким оказался террор, организованный властями Грузии в отношении жителей Цхинвальского, Знаурского и Ленингорского районов Южной Осетии. Вот всего несколько примеров, свидетельствующих об особой жестокости грузинских «демократов».

В ходе грузинской агрессии в Южной Осетии полностью или частично сожжено 117 осетинских сел. Это — Мамитыкау, Свер, Арцев, Отрев, Б. Патиаури, Белот, Н. Монастер и другие.

Расправа «соколов Гамсахурдии» над мирными жителями осетинских сел поражала своей жестокостью. Весьма показательна расправа, учиненная над жителями осетинского села Хелчуа. Четыре дня грузинские боевики осаждали это село. Мужчины Хелчуа защищались, но когда кончились патроны, они ночью забрали детей, женщин, способных идти стариков, а тех, кто не мог, взяли на руки и через лес ушли в Цхинвал. Но несколько самых пожилых жителей села отказались покидать свои дома, понадеявшись на древнюю традицию горцев — особо уважать и чтить стариков. Но их надежды не оправдались. Грузинские боевики подвергли зверскому избиению и пыткам Нину Бестаеву, Сергея Хугаева и Германа Кисиева. А потом расстреляли их. Разграбили и сожгли село. В живых остались лишь несколько стариков. Среди них 95-летняя Текле Казиева, у которой, чтобы снять кольцо, отрезали палец…

16 февраля 1991 года грузинская вооруженная группа неформалов из соседнего села Бершуети напала на пастухов села Цинагар Ленингорского района Южной Осетии с целью угона скота. На помощь пастухам поспешили на грузовой машине односельчане. Но они попали в засаду, и бандиты расстреляли их в упор. В результате были убиты 7 человек.

18 марта 1991 года близ села Еред грузинские боевики заставили сойти с рейсового автобуса, направлявшегося в Цхинвал, 12 осетин. После жестоких пыток их захоронили живыми в районе села Еред. Долгое время они считались без вести пропавшими, из анонимных источников стало известно место их захоронения. 25 сентября 1993 года туда выехали сотрудники МВД и прокуратуры Республики Южная Осетия и в присутствии представителей правоохранительных органов Республики Грузия, а также близких и родных погибших осуществили эксгумацию останков погибших. С помощью родных и близких были установлены личности погибших.

9 апреля 1992 года грузинская вооруженная группа из соседнего грузинского села совершила вооруженное нападение на село Зонкар, ограбила дома у всех осетин. Валиева Адама Савельевича, 1911 года рождения, расстреляли дома. У них скрывались и соседки Кокоева-Валиева Нина Ревазовна, 1911 года рождения, и Гобозова-Валиева Тамара Богдановна, 1920 года рождения. Озверевшая банда снаружи закрыла дверь и подожгла дом. Так были сожжены живыми Тамара и Нина и неостывший труп Адама.

В мае 1992 года, после прихода к власти Э. Шеварнадзе, война против Южной Осетии приняла особо жестокий характер. Против Южной Осетии были брошены регулярные вооруженные силы — республиканская гвардия Грузии с тяжелой военной техникой. Боевыми действиями руководило военное ведомство Грузии.

12 мая 1992 года грузинские вооруженные формирования ворвались в осетинское селение Прис. Было убито 8 жителей села, 2 из них раздавлены БМП. 120 человек доставлены в больницу, 15 из них скончались. Более 500 жителей села были вынуждены покинуть свои дома.

20 мая 1992 года было совершено одно из самых чудовищных преступлений против осетинского народа. На Зарской дороге, которая в период блокады и войны стала для осажденного Цхинвала единственной «дорогой жизни», грузинские экстремисты устроили засаду и в упор расстреляли колонну машин, которые везли мирных безоружных людей из Цхинвала в Северную Осетию. Погибло 33 человека, более 30 получили тяжелые ранения. Среди погибших было 19 женщин, детей и стариков, большинство раненых — женщины и дети, в том числе 4-летний мальчик, мать которого там же и погибла. Правоохранительные органы Грузии до сих пор ничего не предприняли для выявления лиц, совершивших это чудовищное преступление.