Через неделю, 21 июля, итоги визита обсуждались на Политбюро. Толчок продвижению дела был дан. Отдел ЦК активизировал практическую работу на территории мемориала, международный отдел разработал решение по всем аспектам «белых пятен». Все это казалось обычной «текучкой», но на самом деле ситуация качественно изменилась. «Официальная версия» уходила в прошлое.

Изменилась по существу позиция советского сопредседателя двусторонней комиссии. Еще в начале весны в Варшаве, формально не отступая от принятой линии и сохраняя дискрецию, Г.Л. Смирнов с пристрастием допытывался у И.С. Яжборовской о сути проблемы, о мотивах, которыми мог руководствоваться Сталин, отдавая приказ о расстреле польских пленных, если это должно было быть правдой, о возможных причинах глухого засекречивания дела. Он попросил подготовить соответствующую справку.

Участие в визите в Варшаве превратило Смирнова в публичного политика. Ему пришлось участвовать в пресс-конференции по итогам визита, и Мачишевский бескомпромиссно переадресовал все вопросы по поводу выяснения правды о Катыни к нему. А сказать-то фактически было нечего. Поэтому к немалому огорчению польского руководства и посла в Москве председатель советской части комиссии вынужден был отказаться от приглашения выступить в годовщину двустороннего договора с лекциями на курсах Общества польско-советской дружбы.

Готовя очередное заседание совместной комиссии, Г.Л. Смирнов в середине ноября 1988 г. вновь поставил перед ответственными лицами — международниками из аппарата ЦК КПСС — проблему возможной реакции на польские предложения о признании существования секретных протоколов и их оценки — хотя бы на основании копий. Он предлагал исходить из того, что они в Польше известны, да и часть советских историков считает нецелесообразным продолжать молчать по этому поводу. Почему бы не разрешить ученым вести между собой дискуссию хотя бы в самой общей форме, готовя совместный документ комиссии «Канун и начало Второй мировой войны»? (Работа над ним затягивалась и завершилась опубликованием его в «Правде» 25 мая 1989 г.)

Смирнов поднимал вопрос и о необходимых подвижках по Катынскому делу, указывая, что польские ученые постоянно и настойчиво возобновляют разговор о нем и о признании вины НКВД. Да и в советской печати стали появляться такие признания. Поэтому крайне трудно отстаивать прежнюю позицию. Исходя из этого он поднимал вопрос хотя бы о допуске поляков к изучению хранящихся в ЦГАОР рабочих документов комиссии Бурденко или опубликовании части этих документов своими силами.

Искусственное ограничение действий советских ученых, сковывание инициативы комиссии ставили ее в трудное и просто ложное положение, наносившее ей моральный урон, противоречащее самому профессионализму ученых. Климат работы становился все более тягостным, общественный резонанс — двойственным. Смирнов решил попытаться исправить положение, обратив внимание руководства на ненормальность «некоторого неравенства» в освещении хода и результатов работы комиссии в СССР и Польше: там она широко освещается по радио и телевидению, в печати, систематически организуются встречи с секретарями ЦК. Он считал, что было бы желательно использовать этот опыт, принять аналогичный порядок в КПСС.

Настало время подлинного экзамена гласности для советских реформаторов. Однако им не хватало политической воли, чтобы сдать его успешно. Призыв Смирнова был гласом вопиющего в пустыне.

9 января — 6 февраля 1989 г. произошел обмен письмами между руководителями комиссии. В Польше назревали большие перемены, и отсутствие видимых результатов работы комиссии вызывало большое раздражение и недоумение. В Москве также происходили значительные сдвиги: ускорился процесс демократизации, прошли выборы...

КПСС переходила в оборону. Были видны результаты внедрения в жизнь постановления ЦК КПСС «О дополнительных средствах, имеющих своей целью восстановление справедливости по отношению к жертвам репрессий, имевших место в 30—40-х и в начале 50-х годов», в прессе полосой пошли статьи о преступлениях Сталина, Ежова, Берии. Мачишевский писал, что многочисленные публикации и выступления советских ученых, литераторов и кинематографистов о различных драматических аспектах польско-советских отношений в прошлом способствуют распространению представлений о том, что «перестройка и расчеты с прошлым в СССР идут значительно дальше», чем действия в Польше, что сами поляки являются «причиной задержки в выявлении всей правды о прошлом в соответствии с декларацией Ярузельский—Горбачев». В этой ситуации он предлагал срочно опубликовать в Польше рапорт К. Скаржиньского, текст польской экспертизы сообщения комиссии Бурденко и список убитых польских пленных, недавно вновь изданный на Западе.

Советский сопредседатель вынужден был ограничиться указанием на необходимость продолжать изучение проблемы (с напоминанием о послесловии Горбачева к брошюре о его визите в Варшаву), декларацией о намерении довести дело до конца и просьбой не публиковать текст экспертизы в одностороннем порядке, что могло бы быть воспринято как показатель неполадок внутри комиссии.

Смирнов мобилизовал все силы в партийно-государственном аппарате, способные продолжить рассмотрение Катынского дела, невзирая на принятые обычаи и условности. Он привлек к этому В.М. Фалина, которому Мачишевский говорил о своей решимости не отступать.

В аргументации Смирнова появилось подтверждение правоты Мачишевского, констатировавшего на московской встрече, что историки исчерпали свои возможности и время обратиться к юристам.

Поставленные вокруг комиссии политические ограничители переставали быть тайной для ее членов и стали весьма тягостны для председателя. Началась борьба за расширение прав комиссии, за зеленую улицу для поисков правды о Катыни и ее обнародования. Смирнов изучил и передал в ЦК материал И.С. Яжборовской «К вопросу о судьбах польских офицеров, интернированных в СССР в 1939 году». Эта справка завершалась выводом: «Ввиду далеко продвинутого вперед состояния исследований и чрезвычайно широкого освещения вопроса о судьбах польских офицеров, интернированных в СССР, вынесенного на политическую арену в ПНР и получившего четкую, хотя и одностороннюю оценку (особенно в решении Всепольской конференции делегатов ПОРП), перед Комиссией советских и польских ученых по истории отношений между двумя странами встает задача не пытаться затянуть решение вопроса или увести его в сторону, не обыгрывать альтернативные варианты. Ввиду очевидности для поляков правды, подкрепляемой значительным объемом новых доказательств и показаний свидетелей вскрытия могил в Катыни, а также вывоза офицеров в Катынский лес, это со всей очевидностью чревато резким обострением советско-польских отношений (и подрывом результатов работы комиссии и самого ее существования, торпедированием ее политических задач). Стоит задача формулирования четкой и ясной морально-политической оценки, осуждения злодеяния сталинских времен в отношении соседнего польского народа, античеловеческого акта в отношении польских интернированных, выяснения вопроса о списочном составе всех трех лагерей (передача списков сама по себе не предрешает ответа, кто несет вину), ибо поляки заняты сейчас прежде всего этим, предоставления и обнародования приказа, распоряжения, на основании которого этот акт был совершен... выяснения места и времени всех трех экзекуций...» Так вопрос ставился впервые.