Для строительства ДОТов на островах весной 1941 года сформировали 95-е управление начальника строительства (УНС) и два строительных участка: 115-й на Хийумаа и 114-й на Сааремаа [50] . Начать строительство ДОСов не успели. Как сказано в отчете генерала А. Б. Елисеева: «…К началу войны это строительство не сделало ни одной точки благодаря, главным образом, затяжке окончательного решения штабом ПрибОВО по посадке сооружений и позднего поступления материалов и рабочей силы» [51] . Силами передислоцированной на Сааремаа роты 351-го стройбата на западное побережье завозили и складировали стройматериалы (цемент и арматура). На строительстве военных городков для 3-й осбр работала 293-я отдельная строительная рота. Начиная с мая, приступили к строительству на западном побережье Сааремаа и Хийумаа батальонных районов обороны. На Сааремаа их строили части 3-й осбр, на Хийумаа – 1-й сб 79-го сп 3-й осбр, 3-й сб 156-го сп и 3-й сб 167-го сп. Последние два стрелковых батальона были из состава 16-й сд.

После обострения советско-германских отношений и нарастания угрозы столкновения двух держав система базирования КБФ стала приобретать более оборонительный характер. Кроме внешнеполитических факторов, в наркомате ВМФ было решено, что будет целесообразнее сосредоточить оборону обоих берегов Ирбенского пролива и пролива Соэл в одних руках. Поэтому перед началом войны нарком ВМФ начал коренную реорганизацию системы базирования и береговой обороны КБФ в Прибалтике. В соответствии с принятым решением [52] БОБР расформировывался. Северный сектор БОБР передавался (кроме 44-й батареи) и переименовывался в Передовой сектор ГлВМБ. ЛибВМБ переводилась в разряд маневренной ВМБ. С управлением в Усть-Двинске формировалась Прибалтийская ВМБ (ПрибВМБ). Реорганизацию планировалось завершить к 30 июля 1941 года. Основными частями формируемой ПрибВМБ были: Береговая оборона Рижского залива и Либавская военно-морская база 2-го разряда.

В ходе формирования новой ВМБ необходимо было провести целый комплекс организационных мероприятий. Командование, штаб и отдел политической пропаганды (ОПП) ПрибВМБ формировались из аналогичных органов управления бывшей ЛибВМБ. Управление, штаб и ОПП ЛибВМБ 2-го разряда находились на стадии формирования. В Риге формировался гидрографический район ПрибВМБ и военно-морской госпиталь на 50 коек. На островах и вдоль латвийского побережья Балтийского моря развертывались посты СНиС. В подчинение командира ПрибВМБ должен был войти 5-й дивизион «морских охотников». Для этого в его состав из 2-го дн СКА, дислоцированного в Кронштадте, передавались бы катера МО № 131, 132 и 133. В составе 5-го дн СКА они имели бы номера 511–513 соответственно [53] .

Дислоцированная в Усть-Двинске 85-я местная стрелковая рота переводилась на другой штат и увеличивалась со 160 до 230 человек. Из Лиепаи в Даугавгриву планировалось перевести управление Охраны водного района ЛибВМБ (переименовывалось в ОВР ПрибВМБ), отделение связи ВМБ. Из Риги в Лиепаю – управление участка СНиС, телефонно-телеграфный центр и гидрографический участок. Из Усть-Двинска в Вентспилс – 10-й железнодорожный артиллерийский дивизион, из Лиепаи в Вентспилс – 7-я отдельная железнодорожная эксплуатационная рота. Осуществить в полном объеме все эти организационные мероприятия помешала война. К ее началу намеченные мероприятия начали проводиться в жизнь. Отряд легких сил и управление 1-й бригады подводных лодок было передислоцировано в Усть-Двинск.

Управление Береговой обороны Рижского залива (БОРЗ) дислоцировалось в Курессааре. Управление было создано путем переименования Управления коменданта БОБР. Вся БОРЗ делилась на два сектора: Эзельский и Ирбенский. Руководство Эзельским сектором возлагалось непосредственно на коменданта БОРЗ. В этом секторе формировалось управление 206-го адн в составе 317-й, 24-й и 25-й батарей. Кроме этого дивизиона в секторе были отдельные батареи: 44-я на острове Хийумаа и 43-я на острове Сааремаа. После вступления в строй, в состав сектора передавалась 355-я батарея (4—180-мм). В составе Эзельского сектора оставалась также 10-я саперная рота. В Курессааре развертывался военно-морской госпиталь на 100 коек и формировался участок СНиС для обеспечения Эзельского сектора.

Управление Ирбенского сектора БО было создано путем переименования Управления сектора БО бывшей ЛибВМБ с дислокацией в Вентспилсе. В составе Ирбенского сектора развертывался 207-й адн. Его управление формировалось, и в его состав включались 40-я и 46-я береговые батареи и 513-я и 514-я зенитные батареи. Также в состав сектора входил в полном составе 10-й ажддн. В состав сектора входило три отдельные батареи: в районе Вентспилса – 45-я и на мысе Сырве (Сааремаа) – 315-я. Строящаяся на мысе Сырве 338-я батарея (4—305-мм) также включалась в состав сектора. В этот же сектор из Лиепаи переводилась 7-я отдельная эксплуатационная железнодорожная рота. Ирбенскому сектору подчинялись береговые батареи в Риге. Они переводились на сокращенный штат. В Вентспилсе формировался отдел тыла ПрибВМБ и участок СНиС. Береговые артиллерийские батареи в Лиепае объединялись в 208-м адн. В составе береговой обороны оставалась 18-я оаждбат. Здесь же оставался участок СНиС.

Изменения касались и системы ПВО. Участки ПВО Балтийского района и ЛибВМБ расформировывались. В Лиепае планировалось развернуть еще один зенитный дивизион (59-й из состава 2-го полка ПВО) и все три дивизиона в городе объединить в зенитный артиллерийский полк (8-й). На острове Сааремаа развертывался 104-й зенитный дивизион. В его состав включались все зенитные батареи, дислоцированные на острове.

В период 27 мая – 15 июня 1941 года в состав БОРЗ прибыла последняя в довоенном периоде воинская часть – отдельная химическая рота (без номера). Дислоцировалась она в Курессааре. Рота находилась в непосредственном подчинении начальника химической службы БОРЗ КБФ старшего лейтенанта М. П. Цветкова. Организационно ОХР БОБР КБФ состояла из взвода химических танков (три машины Т-26), трех взводов АРС (авторазливочных станций), взвода жидкой дегазации и учебного взвода [54] .

На островах располагались также пограничные войска, входившие в состав Прибалтийского пограничного округа. Побережье островов охранял 10-й Куресаарский пограничный отряд (начальник майор С.М. Скородумов, численность 1179 человек). В состав 10-го ПО входили 5 пограничных комендатур: 1-я и 2-я – на острове Даго (1–6 и 7—12 пограничные заставы соответственно; штаб 2-й комендатуры – Кердля, начальник – старший лейтенант, затем капитан П. Ф. Каблучко, начальник 1-й комендатуры – капитан А. Н. Жолос), 3-я, 4-я и 5-я – на о. Эзель (13–18, 19–24 и 25–30 заставы соответственно; в целом – 30 береговых застав). Приграничные воды охранял 2-й Балтийский морской пограничный отряд пограничных судов (начальник капитан 3-го ранга А. Н. Перфилов, численность 1474 человека), 1-й дивизион этого отряда дислоцировался в Таллине, 2-й в Лиепае, 3-й в Усть-Нарве. В составе 1-го дивизиона имелись корабли: сторожевой корабль типа ОХТ (проекта 122) «Топаз»; катера типа МО-4 – ПК-200, ПК-201, ПК-202, ПК-203, ПК-204, ПК-205, ПК-206, ПК-207, ПК-208, ПК-209, ПК-210, ПК-211; катера типа КМ-4 – К-277, К-278, К-279, К-280, К-281, К-282, К-283, К-284, К-285; катер типа МКМ – К-273; посыльное судно (буксир) «Уран» (бывший латвийский «Varonis»); катер КП-11; катера № 1, 2, 3, типа «Лимузин» (внештатные, бывшие эстонские разъездные катера). В составе 2-го дивизиона имелись следующие корабли: катера типа МО-2 – ПК-216, ПК-217; катера типа МО-4 – ПК-212, ПК-213, ПК-214, ПК-215, ПК-218, ПК-219, ПК-220, ПК-221, ПК-222, ПК-223; катер типа КМ-4 – К-296, К-297; сторожевой корабль «Коралл» (бывший литовский «Pirmunas», ранее – «Prezidentas», «Prezidentas Smetona», с сентября 1940 до января 1941 года – «Задорный»); посыльное судно «Юпитер»; катер К-267 (бывший литовский катер «Partizanas»); катера типа К – К-271, К-272; катер типа МКМ – К-274. Перед началом войны ко 2-му дивизиону был прикомандирован сторожевой корабль «Аметист» (бывший эстонский «Sulev») Ленинградского Военно-морского пограничного училища [55] .