В судебно-медицинские функции Медицинского совета во второй половине XIX в. входило рассмотрение заключений врачей при насильственной и скоропостижной смерти: дела об установлении причин скоропостижной смерти, когда выяснялись новые обстоятельства, указывающие на ее насильственный характер, смерти в результате телесных повреждений, дела о половых преступлениях, о состоянии умственных способностей обвиняемых и потерпевших, об оскоплении, а также разбор заключений врачей, если они расходились с заключениями врачебных управ или судебные власти сомневались в их правильности. В 1812–1822 гг. было проведено 57 таких дел, а в 1903–1912 гг. – уже 1304. Из гражданских дел в Медицинский совет поступали дела о добрачной неспособности к супружеской жизни (в 1903–1912 гг. их было 1634), по обвинению врачей и фармацевтов, о привлечении к ответственности за незаконное врачевание. Судебные следователи имели право непосредственно сноситься с Медицинским советом по предметам судебно-медицинских экспертиз, «…но не иначе как на основании особо составляемых ими постановлений, в которых… было бы обстоятельно объясняемо, почему именно ими признано необходимым просить по делу заключения Медицинского совета…»

Медицинский совет разрабатывал и утверждал наставления и инструкции для врачей по судебной медицине, из которых следует отметить «Наставление о признаках истинной и мнимой смерти», «Указание о привлечении врачей для освидетельствований мертвых тел только при обнаружении признаков насильственной смерти», «Наставление врачам при судебном осмотре и вскрытии мертвых тел», «Правила, как поступать при исследовании мертвых тел, когда имеется подозрение на отравление» и «Глава о химическом исследовании ядов, сочиненная Членом Совета Нелюбиным», «Разъяснение врачебным управам и врачам о судебно-медицинском исследовании скопцов» и другие.

В числе лиц, возглавлявших совет, были и известные судебные медики: С. Ф. Гаевский, А. П. Нелюбин, Е. В. Пеликан, Н. П. Ивановский, С. А. Громов и др.

16 февраля 1912 г. Междуведомственная комиссия по пересмотру врачебно-санитарного законодательства Империи под председательством академика Г. Е. Рейна начала работу по пересмотру Устава судебной медицины. Проект нового Устава предусматривал переименование уездных, полицейских и городовых врачей в судебных и ограничение их обязанностей только судебно-медицинскими. Должности судебных врачей планировалось замещать лицами, окончившими курс медицинских факультетов и получившими специальную подготовку по судебной медицине «в особых санитарных и судебно-медицинских институтах», организация которых была предусмотрена в Петербурге, Москве, Киеве и Томске.

При отсутствии или болезни судебного врача его должен был заменять судебный же врач, приглашение любого другого врача допускалось лишь в экстренных случаях.

В новом Уставе были расширены права судебного врача на предварительном следствии и в суде. Судебному врачу предоставлялось право знакомиться с предварительными сведениями, присутствовать на допросе и предлагать потерпевшим, обвиняемым и свидетелям вопросы для разъяснения обстоятельств, имеющих отношение к судебно-медицинской экспертизе, производить необходимые для судебно-медицинского исследования осмотры, отказываться от ответов на вопросы, выходящие за пределы его компетенции, и даже отказываться от заключения с подробным объяснением причины тому.

Устав предусматривал организацию окружных лабораторий для производства микроскопических и судебно-химических исследований, а женщины-эксперты теперь допускались к осмотрам и освидетельствованиям (правда, лишь женщин и детей).

Разработанный проект постановки судебно-медицинского дела, явившийся результатом почти трехлетней работы междуведомственной комиссии под председательством академика Г. Е. Рейна, предлагалось провести в жизнь в течение 3 лет. Однако воплотить в жизнь проект устава не удалось: за несколько дней до Февральской революции Г. Е. Рейн забрал проект закона из Государственной думы, которая отвергла его вместе с законом об учреждении Главного управления государственного здравоохранения.

Врачебные управы (с 1865 г. – врачебные отделения губернских правлений) были учреждены 19 января 1797 г. в каждом губернском городе для того, «…чтобы посредством преподаваемых правил и наставлений соблюдаемо было народное всей губернии здравие…».

Инструкция о должности врачебных управ предусматривала поводы для назначения судебно-медицинских освидетельствований, содержала краткие правила наружного исследования и вскрытия мертвых тел, а также давала указания о порядке составления медицинских документов (актов и свидетельств).

Врачебную управу составляли три врача, имеющие степень доктора или штаб-лекаря: инспектор или штадт-физик, хирург и акушер. Для занятия должности инспектора управы необходимо было сдать экзамены в университете или медико-хирургической академии по всем разделам судебной медицины, медицинской полиции и скотоврачебной науки. Профессор судебной медицины мог занять должность инспектора без сдачи экзаменов, если читал курс судебной медицины в университете или академии. Студенты, окончившие университет с отличием, оставлялись на кафедрах в качестве субинспекторов или докторантов для подготовки докторской диссертации, а после ее защиты получали степень доктора медицины, подвергались экзамену и назначались инспекторами или членами врачебных управ.

Задачами врачебных управ были руководство деятельностью уездных и городовых врачей, контроль за всеми медицинскими заключениями, а также выдача заключений по делам, в которых имелись противоречия результатов экспертизы с обстоятельствами следствия, разногласия между врачами или у судебно-следственных органов возникали сомнения в правильности заключения врача. По таким делам судебный следователь представлял копию свидетельства во врачебную управу, которая и разрешала сомнение путем затребования дополнительных объяснений или назначением переосвидетельствования. Экспертиза в этом случае была комиссионной: в ней участвовали местный судебный врач, врачебный инспектор и его помощник, для разрешения частных вопросов приглашались специалисты. В функции врачебных управ входило также проведение судебно-химических, химико-микроскопических и биологических исследований вещественных доказательств.

Являясь инспектирующим органом, управа контролировала все судебно-медицинские экспертизы. Копии судебно-медицинских актов поступали во врачебные управы, которые были обязаны коллегиально утвердить или исправить судебно-медицинский акт и свидетельство врача. Только с визой врачебной управы акт судебно-медицинской экспертизы мог быть приобщен к судебному или следственному делу.

При изложении заключений по судебно-медицинским делам врачебным управам было предписано основывать мнение на точных фактах, в сомнительных же случаях – представлять дело в Медицинский департамент, прилагая к нему кратко и ясно изложенные обстоятельства дела, результаты наружного и внутреннего осмотров трупа, протокол химического исследования внутренних органов, а также заключение судебного врача и управы о причине смерти.

На врачебные управы были возложены и другие многочисленные обязанности: освидетельствование больных, проведение врачебных осмотров инвалидов, рекрутов, судебно-медицинские свидетельства, проверка аптек, запрещение продажи лекарств вне аптек, метеорологические наблюдения, выявление случаев заразных заболеваний, запрещение продажи испорченных продуктов и т. п.