В Даниловском монастыре было похоронено много дворян, заслуженных людей, титулованных особ: генерал-майор и кавалер Александр Васильевич Арсеньев (1755–1826), генерал от инфантерии Иван Александрович Вельяминов (1773–1837), действительный статский советник Григорий Михайлович Безобразов (1786–1854), князь Александр Дмитриевич Волконский (1812–1883) и другие Волконские, князь Владимир Константинович Гагарин (1821–1899) и еще несколько князей Гагариных.

С середины XIX века здесь стали появляться могилы известных писателей, историков, ученых, причем преимущественно сторонников русской национальной идеи — славянофилов. В 2000 году на монастырской ограде, у Поминальной часовни, была установлена мемориальная доска. На ней написано: Деятели истории, науки и культуры, захороненные в некрополе Данилова монастыря. Кошелев Александр Иванович (1806–1883), славянофил, общественный деятель, публицист. Самарин Юрий Федорович (1819–1876), общественный деятель, писатель, славянофил. Тихонравов Николай Саввич (1832–1893), историк русской литературы, академик. Чижов Федор Васильевич (1811–1877), общественный деятель, ученый-энциклопедист, писатель. От Российской государственной библиотеки. 2000 год.

У входа в настоятельский дом были похоронены Николай Васильевич Гоголь (1809–1852), поэт Николай Михайлович Языков (1803–1846), историк-славянофил Дмитрий Александрович Волуев (1820–1845) и один основателей славянофильства — богослов, философ, писатель, публицист, социолог, историк, врач, живописец, изобретатель Алексей Степанович Хомяков (1804–1860).

Николай Языков и Дмитрий Волуев были похоронены под одним надгробием. Через год после смерти Языкова его знакомая Е. И. Попова записала к себе в дневник: «День открытия памятника Николаю Михайловичу Языкову и день его ангела. Четвероугольный, гранитный, серого цвета камень, с обыкновенною, наподобие гроба, крышею или вершиною, составляет памятник. На лицевой стороне надпись: „Блажени чисти сердцем, ибо тии Бога узрят“; на боковых — имена Валуева и Языкова. Сошлись друзья, сошлись родные. …Лавровый венец венчает не главу поэта, а могильный крест».

Возле ограды, напротив северной стены Троицкого собора была могила поэта Михаила Александровича Дмитриева (1796–1866), автора «Московских элегий» и настоящего бесценного памятника своей эпохи — книги воспоминаний «Мелочи из запаса моей памяти», в которой рассказывается о жизни русской интеллигенции, о московской литературе и журналистике первой половины XIX века. Рядом находилась и могила его сына — первого русского профессора-текстильщика Федора Михайловича Дмитриева (1829–1894).

У северо-восточного угла Троицкого собора был похоронен известный пианист, основатель московской консерватории Николай Григорьевич Рубинштейн (1835–1881).

В монастыре находилась также могила основоположника российской гинекологии Владимира Федоровича Снегирева (1847–1916). В 1889 году доктор Снегирев основал гинекологическую клинику на Девичьем поле, которой было присвоено имя ее создателя к столетию последнего. Возле клиники стоит памятник В. Ф. Снегиреву. На Плющихе, на доме, где он жил — мемориальная доска. Но, увы, могилы одного из крупнейших российских медиков не существует.

Но особенно много в монастыре было купеческих захоронений. Причем хоронили купцов в самых почетных местах, в том числе и под храмами. Такой существовал в России порядок — на лучшем месте хоронили тех, кто жертвовал от щедрот своих на строительство или на содержание храма. Например, в каком-нибудь сельском приходе даже настоятеля этого прихода обычно хоронили на общем погосте, но могила доброхотного жертвователя — дворянином ли он был, купцом, кулаком — не имеет значения, — всегда находилась в самой церковной ограде, вблизи храма. В 1833–1838 годы в Даниловском монастыре на средства купцов Ляпиных, Куманиных и Шестовых был выстроен величественный собор Живоначальной Троицы. Нет единого мнения об авторе этого красивейшего храма. Считается, что он мог быть построен и О. И. Бове, и Е. Д. Тюриным. Но в любом случае, это настоящий шедевр архитектуры. Под собором впоследствии появилось несколько захоронений, в том числе и купцов Куманиных и Шестовых. А в подклете древнего храма Семи Вселенских Соборов были родовые захоронения купцов Ляпиных и Савиных. Причем усыпальница Ляпиных была оформлена в 1910 году самим Федором Осиповичем Шехтелем, бывшим в то время председателем Московского архитектурного общества. К сожалению, ни работы Шехтеля, ни самих купеческих могил не сохранилось.

В 1876 году монастырское кладбище увеличилось вдвое: с запада к монастырю была присоединена и огорожена новой стеной такая же приблизительно по площади территория. Но хоронили там, как можно предположить, и прежде — еще до строительства стены. Историк Москвы А. Т. Саладин в своих «Очерках…» упоминает замечательный памятник на «новом кладбище» над могилой некой М. П. Хлоповой, умершей и похороненной в 1868 году, то есть до расширения монастыря. Но там уже хоронили людей совсем не знатных. Саладин по этому поводу заметил, что «на новом кладбище как будто даже с гордостью пишут на памятниках «крестьянин». Может быть, единственным значительным захоронением там была могила выдающегося художника Василия Григорьевича Перова (1833–1882) — «Некрасова русской живописи», как его называли, автора таких известных всем картин как «Тройка», «Утопленница», «Сельский крестный ход», «Рыболов», «Птицелов», «Охотники на привале», портретов Островского, Достоевского, Майкова, Писемского, Тургенева, Даля, своего соседа по кладбищу — Рубинштейна. Большинство его работ находятся в Третьяковской галерее, где существует отдельный перовский зал.

Но даже вместе с новой территорией кладбище Даниловского монастыря было очень невелико. И хоронили здесь лишь изредка, — в начале ХХ века, например, в среднем по одному покойному в неделю. Об этом свидетельствует документ, сохранившийся в монастырском архиве: «Итого, в 1901-м погребено на кладбище Московского Данилова монастыря мужеского пола — тридцать один (31), женска двадцать два (22), обоего пола пятьдесят три (53)».

После закрытия обители и передачи ее в ведение НКВД, архитектурный ансамбль стал приходить в упадок, и к 1980-м годам был доведен едва ли не до состояния руин. А монастырское кладбище ликвидировано вовсе. Несколько захоронений было перенесено на другие кладбища. Так в 1930-е годы на Новодевичьем перезахоронили Н. В. Гоголя.

Настоящий сюрприз ожидал могильщиков и всех присутствующих при эксгумации останков Гоголя. О смерти Гоголя, его упокоении и перезахоронении до сих пор ходят самые невероятные байки. Рассказывают, к примеру, будто бы Гоголь сам заблаговременно предупреждал, чтобы не торопились его хоронить, когда он упокоится: это-де еще не будет кончиною. И лишь когда появятся явные признаки отсутствия жизни в теле — соответствующие цвет и запах, — только тогда и можно будет предать его земле. Но даже и в этом случае, — так, якобы, наставлял Гоголь, — из гробницы должна быть непременно выведена отдушина с вьюшкой: ну как придет с Божьей помощью там в чувства покойный, взбодрится, тогда он отворит вьюшку и будет себе дышать свежим воздухом, пока помощь не подоспеет. Но нерадивые душеприказчики не вняли этим поучениям классика. И едва Гоголь закрыл глаза, его немедленно похоронили. Безо всяких предосторожностей, разумеется, на случай воскресения. Когда же, восемьдесят лет спустя, вскрыли его могилу, то обнаружили Николая Васильевича… лежащим на боку. Подтвердились, выходит, его опасения. Такое, вот, существует народное литературоведение.