Исходя из опыта Гражданской войны, организаторы партизанского движения планировали удерживать за собой отдельные районы, перехватив подъездные пути. Соответственно, партизанское движение ориентировалось не на мобильные, подвижные отряды, не привязанные к определенному месту, а на стационарную оборону определенных районов на манер армейских частей. В начале сентября обком ВКП(б) провел второе совещание с руководителями местных партийных, советских и органов госбезопасности, на которое были приглашены участники партизанского движения в Крыму в годы гражданской войны. По докладу В.С. Булатова было принято решение об интенсификации формирования партизанских отрядов и подготовки для них базовых лагерей, а также утвержден перечень довольствующих органов и система расчетов с ними за счет фондов, выделенных СНК Кр. АССР, рассмотрены кадровые вопросы. К сожалению, первичная документация показывает, что работа ограничивалась совещаниями.

При описании действий Вермахта и оккупационной администрации в большинстве работ опускается описание его структуры, что ведет к неясностям при описании событий. Авторы советской школы чаще всего рассматривают Вермахт только как армию, проводя аналогию со структурой РККА, что в корне неверно. РККА, создаваемая для защиты СССР, являлась армией в общепринятом смысле этого слова, в то время как Вермахт был военно-административной организацией, направленной на захват и «освоение» новых территорий.

В отличие от РККА, его функции были намного шире. Это была военно-административное образование со своей разведкой, органами административного управления, комендатурами для управления захватываемыми территориями, своей внутренней экономической и ремонтной базой.

Немецкая армия («Рейхсвер») изначально была традиционной и была похожа на армии других стран, но с 1935 года в ее структуре начались динамичные изменения. Появилась армейская разведка и контрразведка («Абвер»).

В июне 1941 года для организации разведывательно-диверсионной и контрразведывательной деятельности против Советского Союза и для руководства этой деятельностью был создан специальный орган Управления «Абвер-заграница» на советско-германском фронте, условно именовавшийся штаб «Валли», полевая почта № 57219. Штаб «Валли» подчинялся соответствующим отделам Управления «Абвер-заграница» и отделу по изучению иностранных армий ОКВ Восточного фронта, и докладывал этим органам о результатах разведывательной и подрывной деятельности против Советского Союза.

Весной 1941 года трем группам армий («Юг», «Центр», «Север»), созданным для вторжения в СССР, были приданы по одной разведывательной, одной диверсионной и одной контрразведывательной абверкоманде. Команды, соответственно, получили наименования: «1Süd» (разведка группы армий «Юг»), «2 Süd» (диверсионная команда армий «Юг»), «3 Süd» (контрразведка группы армий «Юг»). Для отслеживания морских объектов и целей, а так же разведки состояния морских баз на Черном море было выделено отдельное формирование «Группа сбора сведений» (Abwehrkommando Nachrichten Beobachter).

Широко использовалась аэрофотосъемка важных объектов. К примеру, при изучении обороны Севастополя было выявлено много подробных немецких аэрофотоснимков города, выполненных в период с 1 по 20 мая 1941 года, т. е. до начала войны.

Существенно изменилась структура тыловых служб. После реорганизации немецкая армия получила не традиционный «армейский обоз», в задачу которого входила лишь доставка всего необходимого армии, а достаточно развитый аппарат управления, состоящий из штабов тылового района (Koruck), приданных группам армий, которым были подчинены штабы тыловых районов армий. В структуре этих штабов предусматривались станции сбора пленных, фильтрационные лагеря, охранные части, ремонтные мастерские, военизированные строительные организации (организация «Тодт», или сокращенно ОТ). Поменялось даже само название. После этих реорганизаций немецкий Рейхсвер стал Вермахтом. Это военно-административное образование изначально было сформировано, чтобы выполнять почти все функции по захвату новых территорий.

На начальном этапе войны Вермахт не брал на себя лишь одну функцию: функцию проведения «партийной политики» на оккупированных территориях, которая заключалась в «работе» с «нежелательными группами населения» и материальными ценностями этих групп. Поэтому помимо армейских полицейских и жандармских частей каждая группа армий имела в оперативном подчинении «довесок» – айнзацгруппы, многопрофильную службу, подчиненную Главному управлению имперской безопасности (РСХА).

Айнзац-группы осуществляли, как писало нацистское периодическое издание «Фелькишер Беобахтер», «очистку освобожденных областей от марксистских предателей народа и других врагов государства» и «окончательное решение вопроса с расово неполноценными группами населения».

Вопрос о придании этих формирований Вермахту достаточно долго дискутировался в высшем руководстве страны и армейском командовании. Данная инициатива не нашла понимания у «армейцев». Тогда Гейдрих поручил эту миссию В.Шелленбергу, которому удалось уговорить военных.

Эти многопрофильные моторизованные «подразделения» находились в ведении и подчинении РСХА и состояли из служащих полиции безопасности (состоящей из государственной тайной полиции Гестапо и Крипо, т. е. уголовной полиции), Службы безопасности (СД), полиции порядка (Орпо) и небольших подразделений войск СС, выполняющих вспомогательные функции.

Многие авторы указывают, что в составе этих групп действовали и местные коллаборационисты. Известный крымский исследователь истории коллаборационизма О.В. Романько в своих работах дает следующие данные: «Созданная по инициативе Главного управления имперской безопасности (РСХА), она являлась “инструментом проведения расовой политики”на “восточных” территориях и занималась уничтожением “евреев, коммунистов и прочих нежелательных элементов”. В течение лета – осени 1941 г. эта группа уничтожила на юге Украины и в Крыму до 40 тысяч человек. Две трети ее персонала (около 400 человек) состояло из “местных добровольцев”: русских, украинцев и татар»[37]. Данный фрагмент содержит неточность. Летом и осенью 1941 года эти подразделения имели запрет на использование в их составе «расово неполноценных элементов».

Наличие иностранцев, «хиви», добровольцев «со стороны» в айнзац-командах в 1941 году ни в коем случае не допускалось. Командный персонал формировался исключительно по партийным спискам. Рядовой состав набирался из состава служащих в полиции и СС. В связи с нехваткой «квалифицированных кадров» для укомплектования айнзац-групп был полностью задействован выпуск 1941 года Берлинского училища полиции. Вспомогательный персонал, такой как водители, радисты, переводчики, писари и т. д., состоял частично из военнослужащих срочной службы, которые не состояли в СС.