Описанные казни послужили отправной точкой длительного розыска. Не позднее весны 1587 г. власти отдали приказ об аресте Шуйских. Пока что речь шла о «малой опале». В июне 1587 г. Посольский приказ разъяснил полякам, что Шуйские творили многие «неправды» царю, но «государь нашь ещо к ним милость свою показал не по их винам, памятуя княж Иванову службу, опалы своей большой на них не положил, сослал в деревню…». Местом ссылки князя Ивана Петровича стал укрепленный городок Кинешма.

Московские казни осложнили ситуацию. Страна оказалась на пороге новых потрясений. Весь горизонт, от края до края, затянули грозовые тучи. Однако удар грома последовал с запозданием.

Прошло несколько лет после окончания Ливонской войны, а последствия войны и разрухи не были преодолены. В 1587–1589 гг. на страну обрушились новые стихийные бедствия. Неблагоприятные погодные условия погубили урожай. Цены на хлеб взлетели в Москве и Новгороде, Владимире и Холмогорах. Крестьяне искали спасения на плодородном Юге.

Писцы и дозорщики доносили о многочисленных случаях дворянского «оскудения». Разорившиеся служилые люди и члены их семей бросали пустые поместья, шли в кабалу к боярам, изредка садились на крестьянскую пашню, чаще питались подаянием. Недовольство низшего дворянства породило глубокий политический кризис.

В связи с голодом 1588 г. осложнилось положение в столице. Толпы нищих и бродяг заполнили городские улицы. Народ винил в своих бедах Бориса Годунова, олицетворявшего неправедную власть. Его бранили и втихомолку, и открыто. Англичанин Флетчер видел в 1588–1589 гг., как московская толпа жадно внимала пророчествам юродивого, поносившего Бориса. «В настоящее время, — записал он, — есть один в Москве, который ходит голый по улицам и восстановляет всех против правительства, особенно же Годуновых, которых почитают притеснителями всего государства». К 1589 г. голод в стране кончился, но положение в Москве оставалось тревожным. С наступлением весны правительство, опасаясь уличных беспорядков, отдало приказ о размещении в городе усиленных военных отрядов.

Круг сторонников Бориса сузился. Соперничество с соправителем Андреем Щелкаловым приобрело открытые формы. Опала на дьяка усугубила политическое одиночество правителя. Даже доброжелатели Бориса не питали иллюзий насчет его будущего. Австрийский посол Варкоч писал в 1589 г.; «Случись что с великим князем, против Бориса снова поднимут голову его противники… а если он и тогда захочет строить из себя господина, то вряд ли ему это удастся».

Наибольшую опасность для Годуновых таил сговор Шуйских с Нагими. Сговор мог иметь место лишь при одном непременном условии. Родня царевича Дмитрия, Нагие никогда бы не пошли на соглашение с регентом, если бы тот не признал прав царевича как законного наследника трона. Дело шло к заговору в пользу царевича Дмитрия. С точки зрения царствующей персоны подобного рода заговор означал грубое нарушение данной Федору присяги и не мог рассматриваться иначе, как государственное преступление.

Розыск о боярской измене должен был укрепить положение правителя. По свидетельству «Нового летописца», раздор с Шуйскими завершился тем, что Годунов будто бы подкупил слуг бояр Шуйских: «научи на них доводити людей их Федора Старова с товарищи и возложи на них измену».

Активную роль в расследовании играли бывшие опричники дворяне Татищевы. Дьяк Иван Тимофеев вспоминал, что Михаил Татищев помог Василию Шуйскому взойти на трон, но когда-то прежде, ради получения сана и чести, угождая Борису, «всеродна» бесчестил Василия, «даже и до рукобиения всеродно той досаждая». Всеродному гонению Шуйские подверглись в 1586–1589 гг. За свои заслуги перед Борисом Татищев получил чин ясельничего, а затем думного дворянина.

После розыска младшие Шуйские были арестованы в своих усадьбах и подвергнуты тюремному заключению. Князя Андрея заточили в тюрьму в Буйгороде. Как значится в книгах Разрядного приказа, «того же году 95-го сослан в опале в Галич князь Василий Иванович Шуйский». Из записи следует, что приставами у опального боярина Василия Шуйского и его брата Александра были Андрей Замыцкий и галицкий судья князь Михаил Львов. Оба дворянина внесены в список двора Федора (1588–1589 гг.).

Против имени Замыцкого имеется помета «у Шуйских», против имени Львова — «у колодников, в Галич». Князей Дмитрия и Ивана оставили в селе Шуя. В дворовом списке конца 1588 г. имеются пометы о посылке приставов (Замыцкого, Окинфова, Вырубова) к арестованным Шуйским.

В том же списке против имени дворянина Федора Жеребцова сделана помета: «У Афанасия у Нагово». Очевидно, Нагой оказался под стражей одновременно с Шуйскими, и скорее всего по одному с ними делу. В декабре 1588 г.

Афанасий сделал вклад в Троице-Сергиев монастырь «по сыне Петре». Сына арестовали и отправили в Антониев-Сийский монастырь. В начале 1589 г. власти распорядились усилить надзор за Петром, «приставить к нему приставов и никого не пускать к нему в келью».

Слухи об опалах в России широко распространились в Польше, и Борис счел необходимым опровергнуть их. Посольский приказ выступил с новыми разъяснениями по поводу Шуйских. «…Князь Ондрей Шуйской с братьею, — заявили московские послы, — учали перед государем измену делать, неправду и умышлять с торговыми мужики на всякое лихо, а князь Иван Петрович, им потакаючи, к ним же пристал, и неправды многие показал перед государем».

В чем именно состояли «неправды» и «измена» Шуйских и их приверженцев — «мужиков»? Обвинения включали, по-видимому, несколько пунктов: «злодейскую» попытку вмешаться в семейную жизнь великого государя и навязать ему развод, тайные сношения князей Шуйских с польским королем, сговор бояр с Нагими.

Со времен опричнины обвинения крамольных бояр в намерении «предаться» польскому королю стали традиционными. В отношении Ивана Шуйского обвинения такого рода поражали своей нелепостью. Именно Иван Шуйский отразил нападение Батория на Псков и стяжал славу героя войны с Польшей.

Борис Годунов не посмел преследовать вдову-царицу Марию Нагую, но всеми мерами старался укоренить в обществе взгляд на царевича Дмитрия как на незаконнорожденного. По воле отца царевич получил во владение Угличское удельное княжество. Стараниями Годунова его права на удел были ограничены и почти упразднены.

Афанасий Нагой был величайшим мастером политических интриг. Он готов был пустить в ход все возможные средства, чтобы доставить трон Дмитрию. Нагие и Шуйские принадлежали к противоположным полюсам политической жизни, но их объединяла вражда к правителю.

Оказавшись в изоляции, Годунов прибегнул к насильственным действиям. По замечанию В. О. Ключевского, современники верно понимали затруднительное положение Бориса при царе Федоре: оно побуждало бить, чтобы не быть побитым.

Джером Горсей был поражен переменами, когда явился в Москву в 1586 г. «Я был огорчен, — писал англичанин, — увидев, какую ненависть возбудил в сердцах и во мнении большинства князь-правитель, которым его жестокости и лицемерие казались чрезмерными».

Сослав Шуйских в деревню, Борис приказал следить за каждым их шагом. Регент Иван Петрович Шуйский из Кинешмы был переведен в суздальскую вотчину — село Лопатниче. Не позднее весны 1587 г. боярин ездил к вдове царевича Ивана Ивановича в Покровский монастырь в Суздале. Вскоре старица посетила Шуйского в Лопатниче.