История Слободского монастыря была тесно связана с конфликтом между митрополитом и царем. 22 марта 1568 г. Филипп обратился к самодержцу с вопросом: почему «неправедная дела твориши?». Обличения митрополита произвели огромное впечатление на столичное население. Грозный задумал учинить суд над Колычевым. Но он боялся, что епископы воспользуются правом печалования и заступятся за главу церкви. По церковным правилам миряне не могли судить иерархов церкви.

Очень может быть, что сам Слободской монастырь возник в период подготовки суда над митрополитом. Пока Филипп сохранял пост главы церкви, он не потерпел бы, чтобы опричные палачи разыгрывали кощунственный спектакль. В распоряжении митрополита было много средств, чтобы выразить свое отношение к сумасбродной затее. Когда Филипп покинул митрополию, руки у Грозного оказались развязанными.

Глава церкви обличил неправедное житие царя. Наличие в Слободе иноческого братства воочию показывало всем, что государь ведет жизнь святого. Опричники выехали на Соловки для розыска о неправедной и порочной жизни Филиппа в бытность его соловецким игуменом. Власть находилась в руках слободского игумена, и он одержал верх над игуменом соловецким.

После розыска десять опричных «братьев» увезли с Соловков в Москву игумена Паисия и десять соловецких братьев.

Священный собор осудил митрополита. Конфликт получил завершение после того, как слободской пономарь задушил низложенного митрополита. Вскоре же орден стал быстро саморазрушаться. В 1570–1571 гг. одни братья были зарезаны либо повешены на воротах собственного дома, другие утоплены либо брошены в темницу.

Персональные перемены в опричном руководстве не привели первоначально к каким-нибудь принципиальным изменениям в опричной политике. На период после новгородского дела приходится последнее крупное расширение опричной территории.

Чувствуя себя неуютно в Москве, Грозный отдал приказ о строительстве новой укрепленной резиденции в Новгороде. 13 марта 1570 г. «на Торговой стороне от Волхова все дворы очистили, нарядили площадью, а ставити на том месте двор Государев». Опричники пустили на слом 227 дворов, подвергнув принудительному выселению никак не меньше тысячи новгородцев.

Год спустя царь забрал в опричнину Торговую сторону Новгорода и две пятины — Бежецкую и Обонежскую. Чем было вызвано столь неожиданное решение?

Опричный корпус был образован в пределах Московской земли, а значит, сохранил многообразные связи с большим Государевым двором. Казнь вождей опричнины в 1570 г. показала, что Иван IV утратил доверие не только к земскому, но и к опричному двору. Оба этих двора — опричный и земский — принадлежали к дворянству Московской земли, внушавшему самодержцу подозрения. Следуя излюбленному правилу «разделяй и властвуй», монарх попытался противопоставить Москве Новгород Великий, а московским боярам — новгородских помещиков. В отличие от Новгорода боярская Москва избежала разгрома, а следовательно, измена в ней не была искоренена окончательно и бесповоротно.

Парадокс заключается в том, что в опричнине к 1571 г. оказались все старые столицы, противостоявшие Москве в период раздробленности, — Суздаль, Ярославль, Ростов, Стародуб и, наконец, Новгород Великий, самый опасный из антагонистов Москвы.

Опричная крепость в Новгороде должна была стать столь же мощной, как и опричная цитадель в Вологде. Обе эти крепости рассматривались как надежная защита против крамольной знати, располагавшей слишком прочными позициями в «царствующем граде» и Московской земле.

Перебор людишек в опричном Новгороде позволил властям пополнить опричное войско. В него влилось более 500 новгородских помещиков. В дни похода 1570 г. в Новгороде было казнено несколько сот помещиков, поэтому в 1571 г. дело обошлось без массовых выселений.

В самом конце 1571 г. Грозный прибыл в Новгород с войском и обозом. Видимо, в это время в Новгород была перевезена из Москвы царская сокровищница. Ее охраняли 500 стрельцов. Прочую казну на 450 возах доставили в новую царскую резиденцию в феврале 1572 г.

Осуществить планы строительства замка в Новгороде Грозный не успел. Татары сожгли Москву, и казна вынуждена была истратить все наличные деньги на восстановление столицы. Опричное строительство в Новгороде, Вологде и Слободе прекратилось само собой.

В дни погрома опричники ограбили многих богатых купцов Новгорода. Теперь власти систематически эксплуатировали новгородскую торговлю. Через три недели по прибытии в Новгород опричные дьяки издали таможенную грамоту, обложили повышенными сборами земских торговцев с Софийской стороны и ввели систему строжайших наказаний за нарушение правил торговли. Мелочная опека и регламентация — вот что характеризовало опричную таможенную политику в Новгороде.

Опричные власти установили особые отношения с английскими купцами — членами крупнейшей иностранной купеческой компании в России. Незадолго до похода на Новгород царь предоставил англичанам право беспошлинной торговли по всей России, а также право чеканки русских денег из иностранной серебряной монеты. Щедрые льготы и привилегии должны были привлечь в страну английский торговый капитал. Испытывая нужду в военных материалах, опричное правительство проявляло заботу о расширении производства и позволило членам английской купеческой компании искать в опричных северных уездах залежи железа, «а там, где они удачно найдут его, построить дом для выделки этого железа». Англичане получили разрешение перестроить и расширить канатную фабрику в Вологде. По некоторым сведениям, они завели также полотняную мануфактуру, на которой выделывали грубый холст. Любопытно, что именно опричное правительство впервые в русской истории предоставило концессии иностранному капиталу и эти концессии располагались исключительно в пределах опричнины.

Экономические мероприятия опричнины затрагивали не только сферу торговли и промышленности. Новгородские опричные дьяки проявили особую заботу о благоустройстве дворцовых волостей под Новгородом. Они свозили туда крестьян, выдавали щедрые ссуды. В пределах волости Холынь они устроили торгово-промышленную слободу, заселенную весьма своеобразным способом. По всем новгородским торгам обнародовали прокламацию к кабальным, монастырским и всяким людям, «чей хто ни буди: и они бы шли во государьскую слободу на Холыню, и государь дает по пяти рублев, по человеку несмотря, а льгота на пять лет». Холопов звали в цареву слободу, суля им освобождение от кабальной зависимости. Необычная мера властей объяснялась достаточно просто. В обстановке голода и разорения многие господа отказывались кормить дворовых и кабальных людей, а те вынуждены были просить подаяние и бродяжничать. Эту социальную категорию в первую очередь и имела в виду опричная администрация.

Опричнина утвердилась в Новгороде в тот момент, когда экономика Новгородской земли пришла в упадок. Дозорщики доносили, что причиной разорения были, помимо неурожаев, непомерные государевы подати. Но администрация, однако, не желала считаться с донесениями собственных агентов и, несмотря на полное разорение крестьян и посадских людей, неукоснительно взыскивала с них подати и недоимки. Когда ладожане не выполнили обязательства перед дворцом и не сдали «государьской обиходной рыбы», в город явились особые чиновники — «праветчики». Многих ладожан они пустили по миру, двух забили насмерть и в конце концов выколотили оброк. Во время государева погрома Ладога пострадала меньше, чем во время опричного правежа.