В конце июня в район Або прибыл отряд судов графа Гейдена. Гейден, узнав, что шведы заняли пролив Юнг-фрузунд, решил обойти его через узкий пролив, отделяющий остров Кимито от материка. Пролив этот, в одном месте еще при Петре I заваленный камнями, был непроходим для судов таких размеров, какие имела русская флотилия. Но людям Гейдена за два дня тяжелой работы удалось очистить проход и вывести отряд на настоящий фарватер по другую сторону Юнгфрузунда.

Утром 9 июля русская флотилия встретилась со шведскими канонерскими лодками. Начался бой, закончившийся поражением шведов, которые отступили к острову Сандо, где стоял их корабельный флот. В этом сражении Гейден был ранен, и его сменил капитан-лейтенант Додт. Шведы, заняв сильную позицию на фарватере, снова преградили путь русской флотилии. Но 20 июля Додт атаковал неприятеля и после жаркого боя одержал над ним полную победу: одна часть шведских судов для исправления повреждений отступила к Юнгфрузунду, другая – к острову Карпо, а флотилия благополучно прошла в Або.

Для очистки от шведов пролива Юнгфрузунд (где в одном из узких проходов стояли два их корабля и два фрегата) капитан-лейтенант Новокшенов 7 августа пришел от Дальсбрюка (полторы версты от шведских судов) с тремя канонерками и тремя иолами к неприятелю так близко, что картечь шведских кораблей и фрегатов перелетала через наши лодки и иолы. Ограничившись в этот раз двухчасовой канонадой брандскугелями, Новокшенов на следующий день возобновил ее, введя в дело весь отряд, за исключением пяти судов, оставленных на прежней позиции у Дальсбюка.

Но во время боя оставленные суда неожиданно атаковали 20 неприятельских канонерских лодок и 25 вооруженных баркасов с 600 человек десанта. Шведы напали так быстро и решительно, что менее чем через полчаса свалились на абордаж со всеми пятью русскими судами. Отбиваясь с отчаянной храбростью и перейдя от картечного и ружейного огня к рукопашной свалке, небольшой русский отряд изнемогал в борьбе с сильнейшим неприятелем. Самый жестокий бой происходил на гемаме «Сторбиорн», бывшем под брейд-вымпелом: на нем погибли все начальствующие лица, то есть командир и два офицера, а из нижних чинов 80 человек были убиты и 100 ранены. Овладев гемамом, шведы обрубили его канат и повели на буксире. Но в это время Новокшенов, уже слышавший пальбу при начале сражения, пришел на выручку. Захваченный шведами темам был отбит, три шведские канонерские лодки и два баркаса потоплены со всеми людьми, и отступившие неприятельские суда спаслись только благодаря густому туману и наступившей темноте. Следствием этого боя стало удаление шведов из Юнгфрузунда и открытие свободного прохода для русских судов на всем протяжении шхер от Выборга до Або.

18 августа 1808 года другой отряд русской гребной флотилии из 24 судов под начальством капитана 1 ранга Селиванова, обследовавший шхеры у острова Судсало (и захвативший тут небольшое торговое судно с грузом соли), встретился с вдвое более сильным неприятельским отрядом, состоявшим из 45 канонерских лодок и 6 галер. Они приближались с попутным ветром к выходу из узкого пролива на пространный плес, где находились суда русской флотилии. Селиванов, чтобы не дать шведам возможность воспользоваться преимуществом своих сил на широком плесе, не позволил им выйти из прохода. Немедленно он усилил слабый авангард, защищавший пролив, по которому приближался неприятель. А другие русские суда заняли два прохода, через которые шведы пытались обойти фланги нашей линии.

Сражение продолжалось около восьми часов. Картечная стрельба велась на самом близком расстоянии. Несмотря на облака густого порохового дыма, относимые в сторону русских судов, и немедленную замену поврежденных неприятельских судов новыми, огонь русской артиллерии был столь успешен, что шведы не смогли прорваться на плес, и наступление ночи, почти прекратившей бой, заставило их остаться на прежнем месте. В этом сражении у русских затонули две сильно поврежденные канонерские лодки, люди с которых были спасены, погибли 45 нижних чинов. Капитан Селиванов отправил в Або на ремонт 17 канонерских лодок, получивших от 4 до 8 пробоин и едва державшихся на воде. Потери шведов были значительно больше: 10 канонерских лодок, 8 из которых затонули, а две были взорваны.

Гребной флот, находившийся тогда под главным начальством контр-адмирала Мясоедова, до поздней осени успешно охранял шхеры от высадки шведских десантов.

Шведский корабельный флот, вышедший в июле в море, состоял из 11 кораблей и 5 фрегатов, к которым присоединились два английских корабля из эскадры (16 кораблей и 20 других судов), прибывшей в Балтийское море. Кроме судов, отправленных к шведам, одна часть английской эскадры блокировала Зунд и Бельты, а другая – берега Дании, Пруссии, Померании и Рижский порт.

Русский корабельный флот, вышедший из Кронштадта 14 июля под начальством адмирала П.И. Ханыкова, насчитывал 39 вымпелов (9 кораблей, 11 фрегатов, 4 корвета и 15 мелких судов). Инструкция, данная Ханыкову, предписывала: «стараться истребить шведские морские силы или овладеть ими, прежде соединения их с англичанами; очистить финляндские шхеры от неприятельских судов и содействовать сухопутным войскам недопущением высадки неприятельского десанта».

Выйдя 14 июля из Кронштадта, флот беспрепятственно дошел до Гангута, откуда несколько судов ушли в крейсерство. Они захватили пять шведских транспортов и конвоировавший их бриг. Из Гангута Ханыков перешел к Юнгфрузунду. Между тем к шведам присоединились два английских корабля, и соединенный неприятельский флот вышел из шхер. Тогда Ханыков, не считая возможным вступить с ним в бой в открытом море и вдали от своих гаваней, уклонился от принятия сражения и, преследуемый неприятелем, удалился со всем флотом в Балтийский порт.

При этом 74-пушечный корабль «Всеволод», имевший повреждения, шел на буксире у фрегата «Поллукс». В шести милях от порта буксир лопнул, и «Всеволоду» пришлось стать на якорь. С других судов эскадры, уже вошедшей в порт, были посланы шлюпки и баркасы для буксировки «Всеволода». Тем временем английские корабли «Центавр» и "Имплакейбл атаковали «Всеволод». Командир «Всеволода» решил защищаться «до последней крайности» и посадил корабль на мель. Англичане артиллерийским огнем повредили «Всеволод», а затем взяли его на абордаж. Но снять корабль с мели не смогли и сожгли его.

Кроме того, посланные в 1807 году с деньгами и вещами для эскадры Сенявина фрегат «Спешный» и транспорт «Вильгельмина», зашедшие в Портсмут, после объявлению войны с Англией были захвачены в плен.

Яркой противоположностью этим неудачам корабельного флота стало мужество лейтенанта Невельского, командира 14-пушечного катера «Опыт». Посланный для наблюдения за английскими крейсерами, вошедшими в Финский залив, «Опыт» в пасмурную погоду 11 июня сошелся у Наргена с английским 50-пушечным фрегатом. Англичане потребовали катеру сдаться. Но, несмотря на неравенство сил, Невельский вступил в бой. Стихнувший на короткое время ветер позволил катеру на веслах удалиться от англичанина, но при вновь поднявшемся ветре фрегат быстро нагнал катер и открыл огонь. В течение четырех чесов экипаж катера храбро отбивался от своего противника и вынужден был сдаться только тогда, когда катер получил сильные повреждения в рангоуте и корпусе. Многие члены команды катера были убиты, почти все остальные, включая Невельского, ранены. Овладев катером, англичане в знак уважения храбрости русских, освободили от плена Невельского и всех его подчиненных.