Лефорт скончался 2 марта 1699 года, и его дворец был подарен А. Д. Меншикову, при котором продолжались увеселения. Естественно, этот дом никакого отношения к Брюсу не имел, однако в одной из передач цикла «Искатели», посвященной тайнам Лефортовского дворца, именно Брюс заменил Лефорта в качестве организатора собраний «Нептунова общества». Это доказательно опровергается фактами биографии, интересами и занятиями Якова Вилимовича.

В марте 1699 года Брюс разъясняет Петру способ наблюдения за солнечным затмением, советует, какую выбрать избу, как наладить зрительную трубу, «…чтоб можно трубку на все стороны поворотить…», а 29 июля того же года он посылает Петру письмо с описанием инструмента для определения высоты Полярной звезды. В том же июле 1699 года он вместе с Адамом Вейде работает над составлением воинских артикулов, а затем сообщает Петру о присылке ему краткого описания законов шотландских, английских и французских о наследовании, а также материалы, «которые были у агленскаго короля у артиллерии на войне и во всем миру, такожды о их жалованьи поденном в войне и о годовом во время мировое».

Фактически Я. В. Брюс привез из Англии для Петра документы, которые стали вскоре основой для будущих преобразований. Кроме того, занятия астрономией становятся одним из главных увлечений сподвижника Петра. Именно в 1699–1701 годах происходит окончание строительства здания Сухаревой башни, которая приспосабливается под учебно-просветительское учреждение и обсерваторию. Поэтому работами по переоборудованию Сухаревой башни Брюс активно занимается именно в этот период. Ни о каких собраниях «Нептунова общества» в Сухаревой башне речи быть не могло. Мало того, работать в оборудованной им обсерватории Брюсу было просто некогда. Его деятельность была связана с военными походами и производствами, которые проводились далеко от Москвы, и к обсерватории на Сухаревой башне он, к сожалению, более не имел никакого отношения.

Кроме того, что Брюса в легендах ошибочно называют первым директором школы математических и навигацких наук, утверждается и то, что он работал в обсерватории, занимаясь астрономическими наблюдениями и астрологическими предсказаниями, хранил там «черные отреченные книги», колдовал и даже держал там железного дракона, однажды им прирученного. Уверен, нет смысла отвечать на эти нелепости, которые и появились только благодаря ограниченному сознанию русских обывателей, верящих во всякого рода чудеса и небылицы. Обидно, что по инерции, подчиняясь «общему мнению», эти нелепости в своих исследовательских работах высказывали самые разные ученые в XIX и XX веках. А уж в нашем, XXI веке эти нелепости достигли такого масштаба, что со страниц книг и с экрана телевизора звучит самая разнообразная информация о пребывании Брюса в Сухаревой башне, о занятиях его разными магическими действиями, предсказаниями. Договорились до того, что утверждают, будто место, где стояла Сухарева башня, обладает каким-то особенным силовым полем и является аномальной зоной. При этом элементарная неграмотность авторов этих измышлений, литературных и телевизионных редакторов, готовых дать любую сенсационную информацию, приводит к тому, что местом этим называется парк на Сухаревской площади, точнее, то место парка, где в 1996 году в ознаменование 300-летия Военно-морского флота России был установлен закладной камень, на котором написано, что здесь стояла Сухарева башня, в которой с 1701 по 1715 год размещалась школа математических и навигацких наук. Так вот авторы данных измышлений и иже с ними даже не подозревают, что здание стояло совсем не там, где был установлен камень, а метров на двести восточнее, на пересечении современного Садового кольца со Сретенкой и проспектом Мира (бывшая улица Мещанская), поэтому замерять энергетику и говорить об аномалиях нужно там, где сейчас существует подземный переход на Сухаревской площади.

Однако упорно распространялась информация о тайных книгах, хранящихся в Сухаревой башне, о подземных ходах, которые от этого здания идут к Брюсовым домам.

В частности, благодаря этим измышлениям дом на проспекте Мира, 14, построенный во второй половине XVIII века, упорно называли «Домом Брюса». Поводом для такого рода информации стала находка, сделанная в начале 1920-х годов исследователями, членами краеведческой комиссии «Старая Москва», которые при обследовании этого здания определили, что из подвального помещения дома идет подземный ход в сторону Сухаревской площади. И по аналогичной схеме связали этот дом с Брюсом, посчитав, что именно он такой ход сделал между Сухаревой башней и этим зданием. И снова причиной такого нелепого предположения стали легенды о Сухаревой башне и Брюсе.

Не могу не сообщить дорогим читателям, что в упомянутом доме на проспекте Мира в настоящее время работает удивительный музей, — государственное учреждение культуры Москвы «Садовое кольцо», — представляющий историю Мещанского района Москвы и выступающий организатором общественного фонда по возрождению Сухаревой башни. В музее трудятся удивительные люди во главе с его руководителем Ольгой Эдуардовной Ивановой-Голицыной, человеком, болеющим за дело возрождения легендарной московской красавицы.

Еще одно место, согласно легендам связанное с Брюсом, находилось в Немецкой слободе на Вознесенской улице (современная улица Радио), близ Горохового поля. Это место «проживания» Брюса часто фигурирует в разных повествованиях о Якове Вилимовиче. Поскольку на Вознесенской улице в лютеранской кирхе Святого Михаила было его захоронение, считается, что его дом находился рядом с кирхой. И, несмотря на то что ни кирхи, ни дома, ни могилы не сохранилось, «дух Брюса продолжает незримо витать над этими местами, простирая свое влияние и на Басманную слободу, и на Красное село, и даже на Лефортово». Это цитата из вступительной статьи В. М. Боковой к книге «Московские легенды». Здесь же исследовательница сообщает: «Еще в эпоху романтизма русские литераторы учуяли явственный запах чертовщины, веявший в этих местах. Антоний Погорельский развернул здесь действие двух фантастических повестей — „Исидора и Анюты“ и „Лафертовской маковницы“. На Басманной, до переезда на Никитскую, жил пушкинский гробовщик.

Впоследствии традиция была продолжена и завершена блестящей фантасмагорией А. В. Чаянова „Необычайные, но истинные приключения графа Федора Михайловича Бутурлина, описанные по семейным преданиям московским ботаником X. и иллюстрированные фитопатологом У.“.

Фантасмагория Чаянова была написана уже в 1920-е годы, когда появился новый всплеск интереса к Брюсу как колдуну и чернокнижнику.

Сюжет повести незамысловат. Речь идет о графе, светском льве, любителе карточной игры, ловеласе, жившем в конце XVIII века, когда „в кусковском театре блистала Прасковья Жемчугова“.

По сюжету главный герой однажды оказывается у дома на Разгуляе — современное здание на углу начала Доброслободской и Спартаковской улиц. Здесь у него происходит неожиданная встреча с графом Брюсом — дряхлым стариком „в мундире петровских времен, увешанном звездами и орденами и с зеленым зонтиком на глазах, защищающим старческое зрение от нестерпимо яркого мигания свеч“. Оказалось, „что он более пятидесяти лет не видал ни одного живого человека, и в то же время оказывалось, что он доподлинно знает всю подноготную о всех знакомых и друзьях Бутурлина лучше, чем сам Федор“.