В начале решающего сражения японское командование планировало нанести удары авиацией и малыми подводными лодками. При приближении американских транспортов с десантом на расстояние 300 километров к берегам Японии их ждали массированные атаки камикадзе с воздуха и лодок-малюток из-под воды. Только камикадзе, по оценкам императорского флота, своими ударами потопят от 30 до 50 процентов американского десантного флота. Если же транспорты противника все же достигнут берега, то их встретит огонь дальнобойной береговой артиллерии, установленной на скрытых позициях в прибрежных скалах.

Гористая, сильно пересеченная территория острова Кюсю как нельзя лучше подходила для организации обороны. Четырнадцать дивизий и пять бригад должны были удержать побережье острова любой ценой. Японское командование считало, что в целом условия для обороны Кюсю были значительно благоприятнее, чем при обороне Иводзимы или Окинавы.

Японская пехота испытывала большой недостаток противотанковых средств. Эта проблема решалась чисто по-японски — в каждой роте были созданы специальные группы истребителей танков. Они должны были предпринимать так называемые "близкие атаки", используя взрывные заряды, мины, различные варианты зажигательных смесей.

Поставив своей целью максимально затянуть войну и создать возможности для выхода из нее на основе формального или фактического компромисса, японское командование отдало войскам приказ заставить противника заплатить как можно дороже за каждый квадратный километр территории, отнятой у них. Даже на самых отдаленных островах — Маршалловых, Бугенвиле, Новой Гвинее, а также в центральной Бирме и на других территориях окруженные японские гарнизоны продолжали ожесточенное сопротивление. В Новой Гвинее, например, только 13 мая австралийские войска смогли овладеть гаванью Вейвек, но и после этой даты бои там продолжались.

Командование японского флота в 1945 году было вынуждено сконцентрировать свои усилия лишь на обороне островов собственно Японии. Понеся огромные потери, Императорский флот стал попросту не в состоянии достойно противостоять значительно более сильному и многочисленному флоту союзников. Более того, он не мог в короткие сроки восполнить потери в корабельном составе из-за блокады метрополии и нарастающих воздушных бомбардировок. Еще 11 января 1945 года японское военное руководство, проанализировав ситуацию, приняло решение использовать все остающиеся ресурсы для производства самоубийственного оружия. К концу этого месяца все предприятия и военные организации обязали направить свои усилия исключительно на обеспечение этим оружием экипажей военных кораблей и на организацию необходимых для этого работ. Вот почему военно-морское командование Японии основной упор сделало на массовом производстве специальных боевых средств, управляемых смертниками, — взрывающихся катеров, карликовых подводных лодок и человеко-торпед. Всего к концу 1945 года японское командование планировало создать 3,3 тысячи человеко-торпед и взрывающихся катеров.

Замысел главного морского штаба состоял в том, что рассредоточенные вдоль побережья, укрытые и замаскированные человеко-торпеды и катера по приказу свыше совершат самоубийственные атаки против американских кораблей, предпринимающих высадку десанта.

В марте ставкой был принят план под кодовым наименованием «Тэн», согласно которому все военно-воздушные силы армии и флота в пределах империи концентрировались в районе Восточно-Китайского моря: на островах Тайвань и Рюкю, в Восточном Китае и в Корее. Главными целями были определены транспорты с войсками противника. При этом упор делался на массовое использование камикадзе.

С конца мая по приказу ставки стали спешно создаваться новые авиационные самоубийственные подразделения для защиты собственно территории Японии. Были сформированы дополнительно 187 дневных и 43 ночных части. На острове Хонсю размещалась 1000 обычных самолетов и 1600 самолетов смертников. В Корее, Маньчжурии и Северном Китае дислоцировались 500 самолетов для камикадзе.

Всего для защиты метрополии к концу июня Япония имела до 8 тысяч самолетов для «специальных» атак с экипажем смертников — значительно больше, чем их было использовано в битве за Окинаву. К концу лета планировалось дополнительно переоборудовать еще 2500 самолетов для камикадзе. К тому же складки гористой местности Кюсю были более благоприятны для внезапных воздушных атак, чем полеты над открытым морем. Они значительно уменьшали эффективность обнаружения японских самолетов радарами американских кораблей. Флот США оценивал, что в предстоящем сражении камикадзе совершат свыше 10 тысяч атак и потопят более чем 300 кораблей союзников.

Принимая чрезвычайные меры по подготовке островов к "длительной обороне", императорское командование исходило из того, что японцы, проникнутые "духом Ямато", окажут армии всестороннюю поддержку в защите родины. С этой целью была развернута шумная кампания, активизировалась идеологическая обработка населения. Японскому народу настойчиво внушалась мысль о том, что враги стремятся уничтожить страны Юго-Восточной Азии и японскую расу.

Тотальная мобилизация населения перемежалась с превратно подаваемыми новостями с Окинавы. Так, в одной из радиопередач рассказывалось об американских танках, на полном ходу врезавшихся в толпы беженцев и гражданского населения. "Они все равно не сдадутся ни при каких обстоятельствах", — оправдывался танкист.

Передачи рисовали американцев настоящими варварами. Особенно часто комментировались казавшиеся невероятными случаи посылки в Соединенные Штаты в качестве сувениров черепов японских солдат. Всю Японию обошла фотография из майского номера журнала «Лайф» за 1944 год: молодая американка с черепом японского солдата, полученным ею от жениха. Подобные омерзительные случаи, а также «утки» японской пропаганды не могли не шокировать. Газеты и радио представляли американскую армию скопищем извергов. Японская пропаганда называла американцев и англичан не иначе как «дьяволами». Усиленно муссировались сообщения о якобы имевшем месте соглашении между Рузвельтом и Черчиллем, согласно которому все японские мужчины будут оскоплены, чтобы не могли иметь детей, и тому подобные измышления. Разумеется, потрясенное гражданское население после таких передач было готово умереть, но не попасть живыми в руки американских выродков. Разрушительные бомбардировки японских городов, пожары и гибель родственников и близких ежедневно подтверждали на практике убежденность гражданского населения в том, что только смерть может избавить их от варваров-американцев.

Борьба за Окинаву преподносилась пропагандой как начало "священной войны" за землю Ямато. Она использовалась как новый стимул для всеобщей усиленной мобилизации нации, несмотря на то, что под ружьем в Японии уже находилось свыше 5,5 миллионов человек. Правительство решило создать "народный добровольческий корпус", который наделялся функциями трудовой армии, а также территориальной вспомогательной армии на случай, если боевые действия придется вести в самой Японии. В сельских районах страны министерство земледелия и торговли возглавило работу по созданию "крестьянского трудового корпуса", на который возлагались подобные задачи. Премьер-министр Судзуки особо подчеркнул, что "члены корпуса обязаны выполнять свою работу с таким же усердием, с каким части особого назначения (камикадзе и т. п.) выполняют поставленные задачи на фронте. Став боевым формированием, корпуса приобретут функции "боевых соединений". Каким бы кровопролитным ни было сражение, — подчеркивал премьер-министр, — члены отрядов народного добровольческого корпуса не могут оставить свои посты без приказа". Выполняя указы правительства, владельцы промышленных предприятий занялись формированием из рабочих взводов, рот, батальонов, установлением строжайшей военной дисциплины, направив ее прежде всего на повышение производительности труда.