Для подавления беспорядков также привлекались и подразделения спецназа ГРУ. Еще в августе 1988 года 22-я обрСпН была выведена из Афганистана в город Перекишкюль Азербайджанской ССР. И уже 23 ноября 1988 года 173-й отряд бригады был привлечен для выполнения задач по наведению конституционного порядка в городе Баку. В Баку отряд расположился в Кировском районе города, в месте компактного проживания армян. 173-й отряд нес особую нагрузку по предотвращению актов насилия и грабежей, направленных против армян. В период с апреля по июнь 1990 года и с мая по июль 1991 года отряд принимал участие в урегулировании конфликта в Нагорном Карабахе. Группы отряда, действуя на территории Армении, в районе н. п. Наямберян и Шавар Шаван, уничтожили 19 градобойных орудий, которые обстреливали населенные пункты Азербайджана. В июне 1992 года отряд вместе с бригадой был перебазирован в поселок Ковалевка Аксайского района Ростовской области.

6 ноября 1992 года 173-й отряд был привлечен для урегулирования осетино-ингушского конфликта. На его начальном этапе разведгруппы отряда вели разведку мест дислокации незаконных вооруженных формирований чеченских и ингушских боевиков на территории Северной Осетии и Ингушетии. В дальнейшем на отряд была возложена задача по охране временной администрации, сопровождение грузов гуманитарной помощи, а также по эвакуации мирного населения из районов конфликта. В августе 1994 года 173-й отряд вернулся в пункт постоянной дислокации.

Весной и летом 1994 года в Северной Осетии и Ингушетии действовало несколько групп специального назначения по поиску и уничтожению орудий градобойной артиллерии. В частности, к этим действиям привлекался личный состав 771-й, 793-й и 800-й орСпН, 173-го ооСпН.

24 января 1990 года в Ереван из Белоруссии на 22 самолетах Ил-76 прибыл сводный отряд 5-й обрСпН в количестве 805 человек (фактически вся бригада). Командовал сводным отрядом командир бригады полковник В. Бородач. Отряд дислоцировался в городке полка связи и выполнил несколько заданий командования. Отряд провел несколько демонстрационных действий, после которых у бандитов отпало желание проверять разведчиков в реальном бою. 3 марта 1990 года сводный отряд без потерь вернулся в Марьину Горку.

В январе 1990 года в Баку для наведения в республике конституционного порядка прибыли подразделения 15-й обрСпН. 37-ю рейсами ВТА в распоряжение командира бригады были доставлены более 20 единиц бронетехники и несколько автомобилей для выполнения поставленных задач. В апреле 1990 года части бригады вернулись в Чирчик.

В 1988–1889 годах три отряда 12-й обрСпН Закавказского военного округа принимали участие в наведении конституционного порядка в Закатальском районе Азербайджана и в городе Тбилиси. Именно тогда в Тбилиси родилась сказочная легенда, как спецназовец бежал за старушкой три километра, чтобы ударить ее саперной лопаткой. Отчасти это было правдой (не в отношении старушки, конечно), так как при условиях невозможности применения по гражданским лицам своего штатного оружия спецназовцы были вынуждены применять приемы рукопашного боя на поражение — читателю следует помнить, что такого обилия спецсредств, наблюдаемого сейчас в милиции, тогда не было, и людям, вставшим стеной перед лицом сепаратизма, приходилось работать «вручную».

В 1991 году 12-я бригада принимала участие в наведении конституционного порядка в Нагорном Карабахе и Северной Осетии. В связи с осложнившейся обстановкой на территории Закавказья командование частями и соединениями специального назначения приняло решение о выводе бригады и передаче ее 3 сентября 1992 года Уральскому военному округу. Расформирование бригады завершилось к январю 1993 года. При этом оружие бригады и боеприпасы согласно письменному распоряжению председателя ВС Грузии Э. Шеварднадзе и министра обороны Грузии Т. Китовани должны были быть перевезены на склады Закавказской группы войск РФ, расположенные в Вазиани. Утром 9 января российские военнослужащие на девяти грузовиках повезли туда оружие, но на полдороге были блокированы подразделениями грузинской армии. В ходе длительного выяснения отношений стало ясно, что Китовани единолично отменил решение о перевозе оружия, после чего колонна вернулась в Яагодехи.

На следующий день на территорию городка нагло и дерзко ворвались более ста человек из службы безопасности, Министерства обороны Грузии и пограничного грузинского батальона при поддержке пяти бронетранспортеров. Смяв охрану, состоявшую из 11 человек, и угрожая российским солдатам оружием, они потребовали выдачи автоматов, пулеметов, боеприпасов и взрывчатки. При этом было заявлено, что при малейшем сопротивлении 46 жителей дома в Лагодехи — офицеры, прапорщики и члены их семей, которых они захватили в заложники, — будут расстреляны. Тогда, как рассказывал начальник разведуправления Закавказской группы войск генерал-майор Иваненков, было принято решение разминировать склад и отдать оружие нападавшим. И лишь когда все оружие вывезли, а военный городок разграбили, 46 заложников, удерживаемых государственными бандитами Грузии в течение нескольких дней, были наконец освобождены.

С 28 сентября по 23 ноября 1992 года два отряда (370-й и 669-й) 16-й обрСпН Московского военного округа были направлены в Республику Таджикистан для оказания помощи в поддержании конституционного порядка. Самолетами отряды были доставлены на аэродром Кокайты в Узбекистане, а оттуда вертолетами были направлены на усиление полков 201-й мсд в Курган-Тюбе и Куляб. В Курган-Тюбе командир 370-го отряда поставил задачу командиру роты Ильдару Ахметшину взять под контроль мост через Вахш, а командиру второй роты Игорю Веснину — охранять склады дивизии. 370-й и 669-й отряды численностью 402 человека выполнили свою задачу без потерь и с честью вернулись в пункт постоянной дислокации.

Группа офицеров 15-й обрСпН и 467-го упСпН оказывала активную помощь правительству Таджикистана в борьбе против исламских фундаменталистов. Разведчики провели ряд успешных операций против руководства боевиков, которых они называли «вовчиками». Боевики, именовавшиеся «юрчиками», помогали спецназовцам, но это было не правило.

Характерно, что захваты оружия со складов военных баз в отделяющихся от СССР республиках приобрели массовый характер. В 1992 году командиру учебного батальона 467-го учебного полка СпН капитану А. Юрченко была поставлена задача выдвинуться из Чирчика в Ленинабад, совершив при этом марш в 400 километров, и заминировать склады авто- и бронетехники российской мотострелковой дивизии, над которыми нависла угроза смены хозяина. По приказу сверху спецназовцы должны были взорвать технику, таким образом устранив на время угрозу ее захвата боевиками. На складах было заложено три с половиной тонны взрывчатки, а все детонаторы были выведены на одну кнопку. Три дня командир батальона ждал команду на подрыв, но вместо ожидаемой команды поступил приказ срочно снять всю заложенную взрывчатку. Пластит с превеликим трудом сняли и уложили в яму для подрыва, так как обратно в укупорку его уже не уложишь. Взрыв получился приличный. А по возвращении к месту постоянной дислокации узнали, что «вовчики» захватили всю технику, находившуюся на складах.

В 1993–1996 годах части и подразделения 7-й гвардейской воздушно-десантной дивизии выполняли миротворческие задачи в Абхазии, проявив при этом большое самообладание и хладнокровие. Многие солдаты и офицеры за мужество и героизм, проявленные при выполнении миротворческих задач, были награждены орденами и медалями, а гвардии сержанту В. А. Вольфу посмертно присвоено звание Героя Российской Федерации.