В окончательном тексте романа Мастер из ученого-историка превращается в писателя (возможно, тут Булгаков вспомнил собственную работу над «Курсом истории СССР» ради получения 100-тысячной премии — именно такую сумму выигрывает Мастер в лотерею). Вероятно, и в ранней редакции Фесе суждено было помолодеть и стать литератором. Ведь и Фауст Миндлина, отказавшись от попыток познать мир с помощью науки, собирался исследовать человеческую природу как поэт (недаром его так называет Мефистофель). Только все это происходит уже после коллективного самоубийства человечества, под которой миндлиновский Мефистофель понимал или Первую мировую войну, или Октябрьскую революцию 1917 года.

У Мастера много и других, самых неожиданных прототипов. Его портрет — «бритый, темноволосый, с острым носом, встревоженными глазами и со свешивающимся на лоб клоком волос» — выдает несомненное сходство с Гоголем. Ради этого Булгаков даже сделал Мастера при первом появлении бритым, хотя в дальнейшем несколько раз особо отметил, что у героя есть борода, которую ему в клинике подстригают дважды в день с помощью машинки (смертельно больной писатель не успел до конца отредактировать текст своего последнего романа). Обращенные к Мастеру слова Воланда: «А чем же вы будете жить?» — это парафраз известного высказывания поэта и журналиста Николая Некрасова, адресованного Гоголю и относящегося к 1848 году. Оно приведено в «Заметках и размышлениях Нового поэта о русской журналистике» известного литературного критика И.И.Панаева, издававшего совместно с Некрасовым этот знаменитый журнал: «Но надобно и на что-то жить». Сожжение же Мастером своего романа ориентировано не только на сожжение Булгаковым в марте 1930 года ранней редакции «Мастера и Маргариты», но и на сожжение Гоголем второго тома «Мертвых душ».

Слова Мастера о том, что «я, знаете ли, не выношу шума, возни, насилий» и что «в особенности ненавистен мне людской крик, будь то крик страдания, ярости или иной какой-нибудь крик», почти буквально воспроизводит сентенцию доктора Вагнера в «Фаусте» Гёте:

Но от забав простонародья

Держусь я, доктор, в стороне.

К чему б крестьяне ни прибегли,

И тотчас драка, шум и гам.

Их скрипки, чехарда, и кегли,

И крик невыносимы нам.

Монолог Мастера имеет ощутимые переклички и с выступлением Поэта в театральном прологе «Фауста»:

Не говори мне о толпе, повинной В том, что пред ней нас оторопь берет.

Она засасывает, как трясина,

Закручивает, как водоворот.

Нет, уведи меня на те вершины,

Куда сосредоточенность зовет,

Туда, где Божьей созданы рукою Обитель грез, святилище покоя.

Что те места твоей душе навеют,

Пускай не рвется сразу на уста.

Мечту тщеславье светское рассеет,

Пятой своей растопчет суета.

Пусть мысль твоя, когда она созреет,

Предстанет нам законченно чиста.

Наружный блеск рассчитан на мгновенье,

А правда переходит в поколенья.

Здесь почти точно описан последний приют Мастера, где он наконец обретает желанный покой. Но приют Мастера создан не Божьей, а дьявольской рукою, хотя Воланд и действует по поручению Га-Ноцри. У Гёте не Фауст, а Вагнер сотворяет гомункула, Воланд же соблазняет этим Мастера. Если в отношениях с Воландом и в своей любви к Маргарите булгаковский герой повторяет Фауста, то его приверженность к гуманитарному знанию, замысел романа о Понтии Пилате и стремление создать гомункула роднит булгаковского героя с Вагнером, любителем книжной премудрости, а не опытного знания. Мастер в своем романе истину, по собственному признанию, «угадал», а не познал.

Финал судьбы Мастера полемичен по отношению к судьбе Фауста в поэме Гёте, где ангелы уносят в свет бессмертную сущность главного героя:

Спасен высокий дух от зла

Произведеньем Божьим:

Чья жизнь в стремлениях прошла,

Того спасти мы можем.

А за кого любви самой

Ходатайство не стынет,

Тот будет ангелов семьей

Радушно в небе принят.

У Булгакова же Мастеру уготован только Лимб, пространство между Адом и Раем, где обитают души младенцев, умерших без крещения, и невольные грешники. В поэме ангелы с Фаустом Лимб минуют, устремляясь к райским высотам, где парят души невинных христианских блаженных младенцев:

Вон над вершиною

Этой скалистой

Нечто невинное.

След чей-то чистый.

Мгла тонкостенная,

И в промежутке

Души блаженные,

Дети, малютки.

Чуждые бремени

Горестей лишних,

Дышат вне времени

Славою в вышних.

Ощупью шарящей

Дух для начала

Пустим в товарищи

К братии малой.

Мастера, в отличие от Фауста, в последний скалистый приют несут не ангелы, а Воланд со своей свитой. У Гёте любовь меняет природу сатаны и заставляет его не препятствовать добру:

Наша сторона отбила

Душу у нечистой силы,

В бегство обратив лукавых

И цветами закидав их.

Вместо адских мук, с печалью

Боль любви они познали.

Перед ней сдалась природа

Сатаны, их коновода.

Он не снес ее укола.

Милосердье побороло.

У Булгакова же потусторонние силы в лице Воланда не только не препятствуют добру, но прямо исполняют просьбу Иешуа наградить Мастера покоем.

Мастер у Булгакова — философ и наделен сходством с Кантом. Ему присущи некоторые черты биографии основоположника немецкой классической философии. Вот как, например, характеризовал Канта в посвященной ему статье в словаре Брокгауза и Ефрона В.С.Соловьев: «Личность и жизнь Канта представляют совершенно цельный образ, характеризуемый неизменным преобладанием рассудка над аффектами и нравственного долга над страстями и низшими интересами. Поняв свое научно-философское призвание как высшую обязанность, Кант безусловно подчинил ей все остальное… Весьма склонный к сердечному общению, Кант находил, что семейная жизнь мешает умственному труду, — и остался навсегда одиноким. При особой страсти к географии и путешествиям он не выезжал из Кенигсберга, чтобы не прерывать исполнения своих обязанностей. По природе болезненный, он силою воли и правильным образом жизни достиг того, что дожил до глубокой старости, ни разу не быв болен. Потребностям сердца Кант давал необходимое удовлетворение в дружбе с людьми, которые не мешали, а поддерживали его в умственной работе. Главным другом его был купец Грин, который с большими практическими способностями соединял такое умственное развитие, что вся „Критика чистого разума“ прошла через его предварительное одобрение. Дружбою оправдывалась и единственная плотская слабость, которую позволял себе Кант: он любил удовольствия стола в небольшом обществе друзей».