Такое положение сохранялось без изменений до 14 апреля 1943 года, а затем Сталин вновь развел две службы и вновь оставил НКВД Берия, а Меркулова поставил во главе НКГБ. «…Победа в Сталинградской битве и связанное с ней наступление советских войск обозначили перспективу возвращения в лоно империи ранее утраченных земель и населения. Отсюда и новое разделение на НКВД и НКГБ».

Новое положение вещей в структуре советских органов госбезопасности сохранялось до 16 марта 1946 года. Затем СМЕРШ влили в новое Министерство государственной безопасности (МГБ) на правах 3-го Главного управления, отвечающего за контрразведку в армии. Руководителем МГБ был назначен Меркулов. Одновременно НКВД (внутренняя безопасность) преобразовали в Министерство внутренних дел (МВД).

Советская военная служба безопасности и контрразведки, задуманная лично Иосифом Сталиным. Он же дал ей название-акроним, образованное от популярного в годы Второй мировой войны в СССР лозунга: «Смерть шпионам!»

СМЕРШ охотился за предателями, дезертирами, расстреливал отступавших без приказа солдат и офицеров, осуществлял проверку бежавших из германского плена. Юрисдикция СМЕРШа распространялась не только на армию, флот и военно-воздушные силы, но также на воинские части и образования НКВД. В распоряжении СМЕРШа имелась целая сеть информаторов в вооруженных силах. СМЕРШ также помогал партизанам, действовавшим в тылу у немцев.

До того как был учрежден СМЕРШ, контрразведка в вооруженных силах находилась в ведении Особых отделов НКВД. СМЕРШ был создан в 1941 году Берия в составе того же НКВД. Первым начальником СМЕРШа назначили комиссара госбезопасности 3-го ранга Василия Васильевича Чернышева.

С 14 апреля 1943 по 16 марта 1946 года СМЕРШ функционировал как самостоятельное ведомство, подотчетное напрямую Государственному комитету обороны (ГКО) под председательством Сталина. Впервые в СССР контрразведывательный орган находился в подчинении военного органа (пусть и возглавляемого Сталиным), а не спецслужбы. Примечательно, что в соответствии с правилами субординации сотрудники СМЕРШа находились на ступеньку выше сотрудников НКВД. В этот период временной независимости от НКВД СМЕРШем руководил помощник и протеже Берия, генерал-полковник В. С. Абакумов (первый заместитель главного комиссара госбезопасности). В те же годы во главе отдела СМЕРШа на флоте был поставлен П. А. Гладков. Впрочем, общее руководство этим отделом осуществлял тот же Абакумов. Чернышев же, получив звание генерал-полковника, оставался заместителем начальника СМЕРШа вплоть до 1946 года, после чего стал заместителем министра в только что образованном МГБ.

В СМЕРШе имелись следующие главные подразделения:

Первое управление — представительство СМЕРШа во всех частях и соединениях Красной Армии вплоть до уровня батальонов и рот, представители которого вели наблюдение за офицерами и солдатами, а также руководили сетью информаторов.

Второе управление — операции (включая помощь партизанам и осуществление военно-полицейских функций), связь с НКВД и НКГБ, спецчасти для охраны штабов и высших командиров (обычно по роте на армию и по батальону на фронт).

Третье управление — получение, хранение и распространение разведданных.

Четвертое управление — дознания и расследования в отношении военнослужащих (или гражданских лиц, проживающих в зоне боевых действий), подозреваемых в антисоветской деятельности.

Пятое управление — военные «тройки» из сотрудников СМЕРШа для суда над подозреваемыми.

Личный состав СМЕРШа набирался преимущественно из опытных работников Особых отделов и НКВД, тем самым была соблюдена профессиональная «преемственность» в деле выявления и нейтрализации шпионов. Все сотрудники СМЕРШа поголовно — от высшего начальства до секретарш-машинисток — имели офицерские звания.

Представители СМЕРШа находились в вооруженных силах на всех уровнях от высших до низших. Бывший сотрудник этого ведомства А. И. Романов пишет в своей автобиографической книге «Там самые длинные ночи» («Nights Are Longest There», 1972), что даже Маршал Советского Союза Георгий Жуков, которого во многом следует признать самым крупным военачальником Красной Армии того времени, «…как высший командир был со всех сторон окружен генералами-чекистами… Чем выше звание и власть были у человека, тем более плотно его опекали органы госбезопасности». Начальником отдела СМЕРШ у Жукова был генерал-лейтенант А. И. Вадис.

Одной из тысяч жертв, пострадавших от СМЕРШа во время и сразу после окончания войны, был офицер-артиллерист и писатель Александр Солженицын.

В конце войны отряды СМЕРШа вступили на территорию Германии позади наступавших частей Советской Армии. Перед ними поставили задачи по поиску и аресту деятелей нацистской партии и Третьего рейха.

В книге Александра Солженицына «Архипелаг ГУЛАГ» есть, в частности, такие строки, относящиеся к СМЕРШу: «…ты, простой лейтенант, являешься представителем СМЕРШа в армии. Но солидный пожилой полковник, командир воинской части, вскакивает, как только ты входишь в комнату, пытается льстить тебе, заигрывать с тобой. Он же не может пропустить по стаканчику вместе со своим начштаба, не пригласив тебя присоединиться к ним. А то, что у тебя на погоне всего две маленькие звездочки, ничего не значит. Даже забавно. Твои звездочки, внешне не отличимые от звездочек других офицеров, имеют совершенно иной вес и значение. Порой, при выполнении спецзадания, ты даже можешь нацепить знаки различия майора. В твоей власти весь личный состав этой части или военного завода, или военного округа. И власть твоя несоизмеримо выше, чем власть командира, директора или секретаря местной партийной ячейки».

В 1946 году функции СМЕРШа перешли в ведение только что образованного МГБ. СМЕРШ превратился в Третье Главное управление этого министерства (контрразведка).

Главное разведывательное управление Генерального штаба, Советская (российская) служба военной разведки, известная также как 4-е управление Генерального штаба и «ВЧ № 44388». В постсоветское время, когда численный состав и возможности КГБ (и ведомств, пришедших ему на смену) резко сократились, важность и значение ГРУ как службы внешней разведки, несомненно, возросли.

ГРУ было образовано 21 октября 1918 года В. И. Лениным по настоянию комиссара Льва Троцкого и первоначально называлось Регистрационное управление Рабоче-Крестьянской Красной Армии (обозначение «ГРУ» официально было принято только в июне 1942 года, но неформально применялось и раньше). Новая организация создавалась вовсе не для того, чтобы подменить собой уже существовавшие к тому времени разведслужбы фронтов и армий, но чтобы координировать их усилия и готовить для главного штаба Красной Армии общие сводки об обстановке.

Помимо ведения стратегической и оперативной разведки ГРУ с самого начала озаботилось работой по добыванию военно-технической информации, сведений о передовых научных достижениях в военной области.

С самого начала предполагалось, что ГРУ будет заниматься внешней разведкой. В отличие от ЧК и организаций, пришедших ей на смену, которые, помимо разведывательной деятельности, ведали и широкими полицейскими функциями, ГРУ никогда не занималось последними. Единственное исключение относится к концу 30-х годов, когда ГРУ использовали в качестве инструмента массовых репрессий против НКВД, и в 1953 году, когда оно действовало против сотрудников НКВД, отвечавших за внутреннюю безопасность.