Между тем зарайский воевода оказался в трудном положении. Посадские люди города требовали, чтобы он присягнул Лжедмитрию II, его родственники – Ромодановские, Гагарины, Татевы – уходили в Тушино, награждались землями и чинами. Пожарский с гарнизоном укрылся в каменном кремле Зарайска и был непреклонен. Он считал законным того монарха, которому целовала крест Москва.

Когда враждебные Шуйскому феодальные группировки свергли его и предложили трон польскому королевичу Владиславу, Лжедмитрий II стал больше не нужен никому и вскоре погиб.

В июле 1610 года началось правление семи московских бояр во главе с князем Ф. И. Мстиславским. По приглашению этих бояр поляки гетмана С. Жолкевского вошли в Москву. Вскоре гетмана сменил посланец польского короля Гонсевский, который стремился подготовить жителей фактически оккупированной поляками Москвы к вступлению на царство самого Сигизмунда.

Против планов московских бояр и поляков выступили воины первого ополчения, возглавляемого П. Ляпуновым, Д. Трубецким и И. Заруцким. Д. Пожарский решил присоединиться к ляпуновскому ополчению. Между тем семья князя Дмитрия находилась в ставшей опасной Москве. Пожарский неожиданно приехал в столицу, решив вывезти жену и детей в вотчину на Клязьме.

Утром 19 марта 1611 года начались вооруженные стычки москвичей с поляками, переросшие в восстание. Оккупантов было меньше, но они были профессиональными и прекрасно вооруженными солдатами.

У москвичей же по приказу Гонсевского заранее было изъято оружие, им пришлось отступать. Пожарский, увидев, как польские наемники под прикрытием пушек Китай-города преследуют повстанцев, не смог оставаться в стороне. Он собрал москвичей, построил «острожек» (баррикаду) у церкви Введения и послал людей на Пушечный двор, находившийся рядом. Литейщики дали орудия и боеприпасы. Неожиданный залп поверг поляков в смятение, москвичи перешли в атаку. Пожарский «втоптал неприятеля в Китай-город». К вечеру повстанцы контролировали почти весь Белый город. Однако М. Г. Салтыков, член «семибоярщины», посоветовал полякам поджечь дома. Москва запылала.

Весь следующий день люди князя Дмитрия удерживали свои позиции. Когда же оставшиеся в живых защитники покинули острожек, Пожарского, несколько раз раненного и обожженного, в санях отвезли в Троице-Сергиев монастырь. Позднее он уехал в Мугреево.

Через несколько дней к Москве подошли отряды ополчения Ляпунова и начали осаду. Соперничество вождей и классовая вражда в войске привели к расколу. Казаки убили П. Ляпунова, первое ополчение распалось. Над Россией нависла реальная угроза потери национальной независимости. Судьбу Отечества в этой тяжелейшей обстановке снова взял в свои руки народ – посадские люди Нижнего Новгорода.

Земский староста К. Минин призвал сограждан встать на защиту Русской земли. Нижегородцы поддержали Минина, который и стал организатором второго, или Нижегородского, ополчения. На средства, собранные нижегородцами, начали нанимать опытных ратников – служилых людей, стрельцов, казаков. Нужен был командующий.

К Пожарскому, лечившемуся от ран в селе Мугрееве Суздальского уезда, поехала делегация во главе с архимандритом Нижегородско-Печерского монастыря Феодосием и дворянином Болтиным. Согласно тогдашнему этикету, князь долго отказывался, но затем согласился возглавить ополчение.

По некоторым данным, К. Минин ездил к нему ранее и обо всем предварительно договорился. Теперь уже Пожарский потребовал Кузьму на пост хозяйственного руководителя ополчения как условие своего согласия.

В октябре 1611 года князь Дмитрий с семьей и в сопровождении вооруженных холопов, послужильцев прибыл в Нижний Новгород. Перед ним стояла задача – сформировать и возглавить армию, способную разгромить интервентов. Такого опыта Пожарский еще не имел. Однако стараниями его и Минина костяк армии был к началу 1612 года создан.

Высланные Пожарским отряды навели порядок на севере и северо-востоке. Многие крупные землевладельцы увидели во втором, Нижегородском, ополчении многообещающую силу и перешли на его сторону. К февралю 1612 года в ополчении было уже много знати, которая вместе с представителями городов составила правительство – «Совет Всей Земли», обосновавшееся в Ярославле. Численность ополчения к этому времени составила уже 10 тысяч человек. Вошли в него и татарские отряды из Касимова, Темникова, Алатыря и Кадома.

В начале июля были получены сведения о движении к Москве войска гетмана Ходкевича. Дмитрий Михайлович направил передовые отряды к столице, двинулись вслед за ними и основные силы. В ночь на 20 августа ополчение стояло у Москвы и блокировало Кремль. Ходкевич опоздал на полтора дня.

Казаки и дворяне князя Д. Трубецкого тоже стояли под стенами столицы, но необходимого доверия между ними и ратниками Пожарского не было. Нижегородцы принялись возводить укрепленный лагерь на другом берегу Яузы. Уже 22 августа лагерь атаковали венгерские и запорожские конники, затем началась рукопашная схватка. Ходкевич потеснил Пожарского, с другой стороны ударили по ополченцам поляки из Кремля. Князь Д. Трубецкой, получивший накануне от князя Дмитрия пять сотен всадников, отнюдь не спешил идти на помощь.

Командиры сотен, поддержанные частью казаков, не выдержав бездействия, ударили по полякам с фланга. Враг был отброшен с большими потерями. Так провалилась первая попытка гетмана Ходкевича пробить блокаду кремлевского гарнизона. 24 августа укрепившийся у Донского монастыря гетман попытался взять реванш. Поляки атаковали одновременно отряды Пожарского и Трубецкого. Опорный пункт казаков – церковь Климента на Пятницкой – переходил из рук в руки, ожесточенный бой с ополченцами шел у Крымского брода. Победу русским воинам принес К. Минин, ударивший с четырьмя сотнями отборной конницы и опрокинувший у брода польские роты. Снова Ходкевич потерпел большой урон в людях и потерял 400 возов с провиантом. Поняв безнадежность своих попыток, гетман бросил на произвол судьбы кремлевский гарнизон и ушел к Вязьме. Через два месяца, 22 октября, ополченцы Пожарского освободили Китай-город. 27 октября 1612 года капитулировал польский гарнизон в Кремле.

Между тем польский король Сигизмунд с армией в шесть тысяч человек шел на Москву. Он не знал о взятии Кремля. Пожарский, Трубецкой и Минин серьезно обеспокоились. К этому времени большая часть дворян уже разъехалась по домам. Теперь вся надежда была на казаков. Пожарский смог договориться с ними. Атаманам дали поместья, казакам – жалованье и право строить дома в Москве. Королевские войска были изгнаны на запад от Волоколамска. Вскоре съехались в столицу участники Земского собора для избрания царя. После долгих обсуждений они избрали нового государя: шестнадцатилетнего Михаила Романова, сына тушинского патриарха Филарета, двоюродного брата царя Федора (по женской линии).

Так 21 февраля 1613 года закончилось правление Пожарского, Трубецкого и Минина. Тогда же князь стал боярином, а Минин – думным дворянином. Новые власти не очень желали видеть рядом тех, кому они были обязаны троном, при всяком столкновении с родственниками нового царя Пожарскому постоянно указывали на его «худородность», а в конце 1613 года при очередном местническом споре его выдали головой боярину Б. М. Салтыкову. Однако вскоре с Пожарским пришлось говорить иначе. Знаменитый польский атаман Лисовский тревожил своими набегами юго-запад страны. Князя Дмитрия послали против его старого врага. Весной 1615 года под Орлом произошла битва. Не выдержав удара шляхетской конницы, бежал второй воевода Ислентьев с частью войска. Пожарский приказал оставшимся – их было в три раза меньше, чем «лисовчиков», – укрыться за возами. Атаки противника были отбиты, русские воины захватили пленных. Затем вернулись и беглецы Ислентьева, и Лисовский бежал. Позднее он погиб в Комарицкой волости.