Председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский отправился в отряд Попова, чтобы арестовать террористов, но сам был там арестован. Из доклада Ф. Э. Дзержинского Совнаркому: «Приехав к отряду Попова, на мой вопрос, где находится Блюмкин, получил в ответ, что его в отряде нет и что он поехал в какой-то госпиталь. Я потребовал, чтобы мне привели дежурных, которые стояли у ворот и которые могли бы удостоверить, что действительно Блюмкин уехал на извозчике. Таковых мне не привели. Заметив колебание Попова, а также шапку скрывшегося Блюмкина на столе, я потребовал открытия всех помещений, приказав отряду, вооруженному с ног до головы, остаться на своих местах; в сопровождении трех товарищей, с которыми я приехал, начал обходить помещения. В это время в сопровождении нескольких десятков вооруженных матросов подошли ко мне члены ЦК левые эсеры Прошьян и Карелин, заявив мне, что я напрасно ищу Блюмкина, заявляя при этом, что Блюмкин убил графа Мирбаха по распоряжению ЦК партии эсеров. В ответ на это заявление я объявил Прошьяна и Карелина арестованными, сказав присутствовавшему при этом начальнику отряда Попову, что если он, как подчиненный мне, не подчинится и не выдаст их, то я моментально пущу ему пулю в лоб, как изменнику. Прошьян и Карелин тут же заявили, что они повинуются моему приказанию, но, вместо того чтобы пойти в мой автомобиль, они вошли в соседнюю комнату, где заседал ЦК, и вызвали Спиридонову, Саблина, Камкова, Черепанова, Александровича, Трутовского и начальника их боевой дружины Фишмана и др. Меня окружили со всех сторон матросы; вышел Саблин и приказал мне сдать оружие. Тогда я обратился к окружающим матросам и сказал: позволят ли они, чтобы какой-то господин разоружил меня, председателя ЧК, в отряде которой они состоят. Матросы заколебались. Тогда Саблин, приведший 50 матросов из соседней комнаты, при помощи Прошьяна (который схватил меня за руки) обезоружил меня. После того, когда отняли у нас оружие, Черепанов и Саблин с триумфом сказали: вы стоите перед совершившимся фактом. Брестский договор сорван, война с Германией неизбежна. Мы власти не хотим, пусть будет и здесь так, как на Украине, мы уйдем в подполье. Вы можете оставаться у власти, но вы должны бросить лакействовать у Мирбаха. Пусть Германия займет Россию до Волги, Муравьев идет к нам в Москву, латыши 1-го стрелкового полка с нами, делегаты уже были; с нами Покровские казармы, с нами весь отряд Венглинского, с нами авиационные части; вот приехали делегаты от прибывших из Воронежа двух тысяч донских казаков, Замоскворечье все за нами. Все рабочие и красноармейцы Москвы идут с нами. Когда я стал указывать, что они выполняют желания и планы английских и французских банкиров, являются предателями и изменниками революции, тогда вышла из другой комнаты Спиридонова и, чтобы поддержать настроение матросов, обратилась к ним с речью, что большевики – изменники революции, так как они лакействуют перед Мирбахом и выполняют его волю. Когда я назвал Попова изменником, он мне сказал: «Я вам подчинялся и выполнял ваши требования до тех пор, пока не получил приказа из ЦК нашей партии, которому должен подчиниться». Надо сказать, что большинство мятежников – это деморализованные черноморские матросы и бывшие разоруженные анархисты. Попов вместе с Александровичем от Комиссии навербовал и принял этих людей в наш отряд, скрыв перед нами численность его. Отряд наш состоял из красноармейцев-финнов. Большинство их ушло на чехословацкий фронт, многих Попов выгнал, и осталось их около 200 человек. Всего же во время мятежа в отряде оказалось около двух тысяч человек. Однако, видя их нерешительность, Спиридонова и другие в комнате рядом устроили митинг; с другой стороны, их каптенармус выдавал им по две пары сапог, консервы, баранки и сахар. Их лживые сообщения вскоре обнаружились; привели к нам пленником Венглинского. Из его отряда он заманил к себе обещанием раздачи консервов 20–40 человек. Здесь их задержали под страхом расстрела. Привели командира из Покровских казарм, который показал, что в Покровских казармах остались верны советской власти. Для того чтобы поднять бодрость духа, давали им водку, и почти все были выпивши. Сам Попов на глазах у всех и в присутствии одного из наших товарищей выпил стакан спирту. Насколько они были выпивши, свидетельствует то, что у них разорвалась бомба и двух смертельно ранило. Вооружение их было: три броневика и три пушки мортирные, роздали три тысячи бомб…»

В ответ на арест Дзержинского вечером того же дня в полном составе была арестована фракция левых эсеров, в том числе и их лидер М. Спиридонова, а также и представители всех других партий, кроме большевиков. На место арестованного Дзержинского был назначен Л. М. Лацис. Однако он почти сразу был арестован поповцами, несущими караул в резиденции ВЧК. Кроме того, матросы Попова провели ряд арестов членов большевистской партии по Москве.

Тем временем В. Д. Бонч-Бруевичу удалось вывести Ленина из состояния прострации и заставить заниматься делом. Вот что он сам писал об этом: «Я тот же час попросил Ленина дать мне письменное распоряжение об отмене прежних автомобильных пропусков. Все автомобили со старыми пропусками задерживаются и направляются в правительственные гаражи. Допуск в Кремль по обыкновенным пропускам прекращается. Я перечислил Ленину другие дополнительные меры, и он с ними согласился».

Попов дал приказ своему отряду занять фронт от Чистых прудов до Яузского бульвара. Больше никаких активных действий отряд Д. И. Попова не предпринимал, так и не сдвинувшись с места до самого разгрома. Более того, оборона занятых позиций свелась лишь к пассивному нахождению в двух зданиях Трехсвятительского переулка.

Исследователь В. Е. Шамбаров, обратив внимание на поразительную пассивность военных частей, перешедших на сторону мятежников, писал: «Полк ВЧК под командованием Попова восстал довольно странно. К нему присоединилась часть полка им. Первого Марта, силы составляли 1800 штыков, 80 сабель, 4 броневика и 8 орудий. У большевиков в Москве было 720 штыков, 4 броневика и 12 орудий. Но, вместо того чтобы атаковать и одержать победу, пользуясь внезапностью и почти троекратным перевесом, полк пассивно бунтовал в казармах».

Впоследствии, в 1921 году на допросе в ВЧК Д. И. Попов утверждал, что: «Никакого участия в подготовке якобы восстания против Соввласти не принимал, вооруженное столкновение в Трехсвятительском переулке было актом самообороны».

Из воспоминаний очевидца: «Попов был выпивши, и кроме него еще несколько человек, которых я не знал, были тоже заметно выпивши. Попов и другие руководители старались громко при своих солдатах говорить, что много новых частей примкнули к ним, что телеграф занят, и по всей России отправлены уже инструкции. Какой-то отряд был приведен в штаб Попова под угрозой расстрела, если они не примкнут к поповцам».

Из показаний слесаря С. И. Каурова, работавшего при штабе Попова: «Я заметил пьянство среди членов штаба, я слышал речь Попова. Он утверждал, что Ленин и Троцкий распродали Россию и теперь отправляют в Германию мануфактуру, хлеб. Большевики продали Черноморский флот и т. д. Меня отправили в подвал. Охрана в моем присутствии распивала водку».

Из показаний арестованного матросами председателя полкового комитета латышского полка В. И. Швехгемера: «Мы не против советской власти, но такой, как теперь, не хотим, – говорил Попов. – Теперешняя власть – соглашательская шайка во главе с Троцким и Лениным, которые довели народ до гибели и почти ежедневно производят расстрелы и аресты рабочих. Если теперешняя власть не способна, то мы сделаем, что можно будет выступить против германца». Далее указывает Попов, что все воинские части на стороне эсеров. Только латыши не сдаются. «В крайнем случае, – говорил Попов, – мы сметем артиллерийским огнем Кремль с лица земли».