Согласно указанию рейхскомиссара Остланда Г. Лозе от 15 мая 1942 г., работа всех самоуправлений уездов, городов и волостей, в их числе и национальной литовской полиции, должна быть согласована с действующим немецким правом и «с целями господствующей немецкой администрации». Этим же указанием, «надзор за местными учреждениями самоуправления было поручено господствующей немецкой администрации в границах положения».

Как указано выше, полномочия генеральных советников по отношению к местному населению заметно выросли. На основании указания генерального комиссара Литвы от 8 сентября 1942 г. в границах их компетенции, они могли даже «издавать распоряжения и исполнительные законоположения, имеющие силу закона». Но, с другой стороны, они были подчинены соответствующим отделам генералкомиссариата, так что без их согласия не могли уволить находящихся в их подчинении служащих и делать другие персональные перестановки. Каждое их указание мог отменить или изменить немецкий руководитель соответствующего отдела генералкомиссариата.

Из местных должностных лиц власти главная роль принадлежала начальникам уездов и руководителям полиции. Они считались наместниками немецких областных комиссаров в уездах. Им подчинялись старосты волостей, городские бургомистры (кроме бургомистров городов Вильнюс и Каунас, которые были в непосредственном подчинении генерального советника внутренних дел) и участковые начальники полиции. Они должны были обеспечивать порядок и спокойствие на местах. Но не всегда сотрудничество между органами литовского самоуправления и учреждениями литовской полиции было идеальным. На это не раз обращал внимание областной комиссар Шяуляя Г. Гевеке и другие высокие немецкие руководители. Так, 25 января 1943 г. директор Департамента литовской полиции Витаутас Рейвитис (Vytautas Revytis) подписал циркуляр, предназначенный всем уездным начальникам полиции, в котором ещё раз настоятельно напомнил, что полиция обязана беспрекословно исполнять все служебные указания начальников уездов.

Руководитель СС и полиции в Генеральном округе Литвы бригадефюрер СС и генерал-майор полиции Л. Высоцки на основании распоряжения имперского комиссара Остланда от 30 января 1943 г. об местных органах полиции постановил, что «органом полиции уезда является начальник уезда. Выполнение задач уездной полиции принадлежит начальнику полиции (Kreispolizeiführer), который, согласно этому положению, является постоянным заместителем начальника уезда в его учреждении». В не принадлежащих к уездам городах [высшим. — Примеч. редактора] органом полиции является бургомистр, а задачи уездной полиции выполняет начальник городской полиции (Stadtpolizeiführer), который является постоянным заместителем бургомистра в его учреждении. Высшим органом полиции на местах является староста волости. В городах, принадлежащих к уездам [высшим], местным органом полиции является бургомистр.

Право наказания жителей имели не только немецкие и литовские суды, генеральный комиссар и областные комиссары, но и вспомогательные органы литовского самоуправления. Генеральные советники, начальники уездов, органы местной полиции могли наказывать штрафом в размере до 500 рейхсмарок и арестом до четырех недель. Кроме того, литовской полиции было предоставлено право на своё усмотрение поместить местного жителя в трудовой лагерь. Но одновременно, литовской полиции было категорически запрещено предпринимать какие то меры против немецких военных.

Комиссар Шяуляйского округа Генерального округа Литвы Г. Гевеке (Н. Gewecke)

Кроме изданных органами немецкой гражданской администрации и литовского самоуправления указаний, постановлений, приказов и т.д. правовую основу деятельности составляли и некоторые законоположения уголовного и гражданского права Третьего рейха, применяемые по отношению не только к поселившимся на территории Литвы немцам, но и к местным жителям. Это «Распоряжение о создании и упорядочении немецких судов в занятых Восточных областях» и «Распоряжение о применении немецкого уголовного права в занятых Восточных областях» (оба распоряжения от 19 декабря 1941 г.). 27 апреля 1942 г. А. Розенберг подписал указ «О применении немецкого права по отношению к гражданам Германии в Восточных областях», в котором утверждается, что на основании указа фюрера от 17 июля 1941 г. об администрировании занятых Восточных областей личные, семейные и наследственные правовые дела граждан Германии, постоянно или временно проживающих в этих областях, решаются на основании немецкого права.

Имперский комиссариат «Остланд» как административная единица вскоре показал свою полную несостоятельность, причем это поняли и сами высшие немецкие руководители. В 1942–1943 гг. была задумана реорганизация Имперского министерства по делам занятых Восточных областей (с новым штатом не более 290 сотрудников и еще 60 технических работников), а также и самого Имперского комиссариата «Остланд». Понимая, что откровенно жесткая оккупационная политика в отношении местного населения вынудит местное население уклоняться от службы под немецкими знаменами, руководство рейхскомиссариата несколько ослабило оккупационный режим. В начале февраля 1943 г. рейхсминистр по делам занятых Восточных областей Розенберг сообщил свою идею, которую уже поддержали руководство вермахта и политические деятели разного ранга в Берлине, Адольфу Гитлеру. Розенберг предложил упразднить Имперский комиссариат «Остланд» и создать в Литве, Латвии и Эстонии собственные правительства и органы управления (упоминаний об этой инициативе Розенберга в российской историографии нет. — Примеч. Редактора). Белоруссия осталась бы в непосредственном подчинении Министерства по делам занятых Восточных областей. Гитлер не отклонил предложений рейхсминистра, а поручил конкретизировать проект. Также весной 1943 г. А. Гитлер согласился более-менее изменить восточную политику. Так, Гитлер согласился в Литве и на Украине сформировать национальные части СС, а в Латвии и Эстонии — их значительно увеличить. Однако летом и осенью 1943 г. позиция А. Гитлера по этому вопросу снова стала бескомпромиссной. Из телеграммы руководства рейхскомиссариата «Остланд» в адрес министра иностранных дел Германии Иоахима фон Риббентропа (Joachim von Ribbentrop) от 17 февраля 1944 г. явствует, что А. Гитлер категорически запретил Розенбергу вести какие-либо разговоры о возможности административных реформ в странах Балтии, расширяющих права местной гражданской администрации. 10 ноября 1944 г. Имперский комиссариат «Остланд» был окончательно упразднен.

Весной 1941 г. в Вильнюсе и Каунасе были организованы два подпольных штаба ФЛА, однако вскоре Вильнюсский штаб был ликвидирован органами НКВД. Тогда на базе каунасского штаба был создан один главный штаб. Задачи всем организациям ФЛА, называвшимся «Гвардия защиты Литвы», «Батальон смерти», «Отряд освобождения Литвы» и т.д., были объявлены в программе 19 марта 1941 г.: «После начала похода с запада вы в ту же минуту будете проинформированы по радио или другим способом. В тот момент в сёлах, городах порабощенной Литвы должны произойти восстания, или, говоря по правде, захват власти в свои руки». 30 марта 1941 г. ФЛА создал Охрану национального труда (ОНТ) (Tautinio darbo apsaugą — TDА). Эта организация должна была стать зародышем вооруженных отрядов ФЛА. Во временном положении ОНТ было констатировано, что цель организации — «бороться за жизненные интересы литовской нации, с другой стороны — гарантировать полную безопасность ФЛА в его политической деятельности».