Рядом с этими биографическими чертами правительственные акты того времени показывают, что в заботах о материальном благосостоянии своей обители знаменитый архимандрит не отставал от других настоятелей, которые выхлопатывали разные льготы их монастырям, наиболее прославившимся в Смутную эпоху, каковы Кирилло-Белозерский, Ипатьевский, Соловецкий и пр. Так, вместе с известным келарем Авраамием Палицыным, Дионисий бил челом государю об изъятии всяких монастырских грамот от платежа пошлин, о возобновлении в Москве на Конской площади пошлины, взимаемой с продажных лошадей в пользу Троицкого Сергиева монастыря, о дозволении отыскивать и возвращать в вотчины этого монастыря крестьян, бежавших в течение прошлого десятилетия, т. е. почти за все Смутное время; о том, чтобы Троицкий монастырь во всех делах ведался в одном Приказе Большого Дворца (где тогда начальствовал временщик Борис Мих. Салтыков), и т. д. И все эти просьбы обыкновенно удовлетворялись.

В московское разоренье, когда поляки выжгли столицу, сгорел и Московский печатный двор. В первые же годы Михайлова царствования решено было возобновить печатание богослужебных книг. Но вместе с тем поднят был вопрос об их исправлении или об очищении их от разных искажений и примесей, вносимых в течение веков небрежными и невежественными переписчиками, т. е. возобновили труд, начатый еще Максимом Греком. Для сего труда, между прочим, вызвали в Москву троицкого канонарха старца Арсения Глухого, знакомого с греческим языком, и клементьевского священника Ивана Наседку. А эти два лица, в свою очередь, били челом, что особенно испорчена от неразумных писцов по всей Русской земле настольная книга Потребник и что им одним с этой книгой не справиться. Тогда по царскому указу (1616 г. 8 ноября) исправление Потребника поручено было преимущественно троицкому архимандриту Дионисию; а он, кроме названных лиц, в помощь себе должен был выбрать тех из монастырских старцев, «которые подлинно и достохвально извычны книжному учению и граматику, и риторию умеют». Дионисий с обычным рвением и добросовестностию принялся за порученный им труд и довольно скоро его окончил. При исправлении Потребника он и его товарищи, между прочим, уничтожили прибавочные слова «и огнем» в молитве при освящении богоявленской воды («и освяти воду сию Духом Твоим Святым и огнем»). Эта невежественная прибавка из неисправных рукописей успела уже перейти в Потребники, напечатанные при царе Федоре Ивановиче и патриархе Иове. Но уничтожение ее возбудило ропот.

В числе наиболее негодующих оказался помянутый выше головщик Логин, который при царе Василии Шуйском и патриархе Гермогене сам участвовал в печатании церковных уставов и самовольно вносил в них разные искажения. Он вместе с уставщиком Филаретом и ризничим Маркеллом написал в Москву донос на мнимую ересь Дионисия и его сотрудников. Местоблюститель патриаршего престола митрополит крутицкий Иона, человек недалекий и малосведущий, дал ход доносу; вызвал Дионисия с товарищами и подверг их строгому розыску. Пристрастные судьи потребовали с Дионисия 500 рублей и, не получив их, велели заключить его в оковы, водить его к митрополиту в праздничные дни по улицам и площадям; чем выставляли его на поругание простому народу, в который была пущена молва, что это такие еретики, которые хотят вывести из мира огонь. Великую старицу Марфу не преминули вмешать в это дело, представляя ей исправителей еретиками.

Дионисий с терпением и кротостию переносил посланное ему тяжкое испытание, а печаловался только о своих товарищах. Из них Арсений Глухой не выдержали подал челобитную боярину Бор. Мих. Салтыкову, начальнику Приказа Большого Дворца, который, как мы видели, по просьбе самой братии, ведал Троицкий монастырь. Арсений, хотя и оправдывал поправки, но жаловался на Дионисия (и Ивана Наседку) в том, что он такое важное дело совершал не в Москве на глазах у митрополита, а у себя в монастыре. Обвиняемые были осуждены духовным собором. Дионисий приговорен к ссылке в Кириллов Белозерский монастырь (1618). Но так как в это время случилось нашествие на Москву королевича Владислава и пути не были свободны от неприятельских отрядов, то архимандрита заключили пока в Новоспасском монастыре, причем не только наложили на него епитимию в 1000 поклонов, но подвергали побоям и другим мукам.[5]