2 апреля 1999 г. был подписан Протокол об изменениях и дополнениях к Соглашению от 15 апреля 1994 г., согласно которому, изъятия из режима свободной торговли могли применяться на основе двухсторонних документов. Тем самым в рамках СНГ создавалась соответствующая правовая база, но в то же время эти документы предусматривали очень много исключений из правил. К тому же, некоторые государства-участники Содружества не ратифицировали ни Соглашение, ни Протокол. Именно по этой причине проблема реализации Соглашения о ЗСТ всегда оставалась в центре внимания участников заседаний Экономического Совета СНГ.

В 2000 г. прошло 4 заседания Экономического Совета СНГ, на которых было рассмотрено свыше 70 вопросов, представляющих взаимный интерес для государств-участников Содружества. Наиболее актуальными оставались сюжеты, связанные с формированием ЗСТ, включая механизмы ее формирования, вступление в силу межгосударственных-межправительственных документов и протоколов об изъятиях из режима свободной торговли тех или иных товаров, предоставление субсидий в рамках Соглашения о ЗСТ и др. Обсуждались вопросы выполнения ранее принятых решений, планы работы Экономического Совета, его бюджета, продолжалось и обсуждение программы действий по развитию СНГ до 2005 г., включая ее финансирование, и др.[121] Обсуждались также и вопросы социально-политического плана: программа реабилитации ветеранов войны, участников локальных конфликтов и жертв терроризма на 2001–2005 гг., о мероприятиях в связи с пятнадцатилетием аварии на Чернобыльской АЭС; о проекте решения Совета глав правительств СНГ о завершении издания Книг Памяти, сборника «Кавалеры ордена славы трех степеней», об изданиях книги о Героях Социалистического труда военных лет (1941–1945)[122].

В 2001 г. на заседаниях Экономического Совета были приняты решения о финансировании (начиная с 2002 г.) Антитеррористического центра государств-участников СНГ; о деятельности Межгосударственного валютного комитета; о взаимодействии государств СНГ в области международного автомобильного транспорта; о межгосударственной программе по созданию и освоению в машиностроении лазерных технологических и контрольно-измерительных комплексов; об организации рабочих встреч членов Экономического Совета; об эпидемической обстановке по ящуру и мерах его профилактики и ликвидации в СНГ; о мероприятиях в связи с десятилетним юбилеем СНГ (организация выставок, издание книг); о создании Совета председателей высших арбитражных судов и Координационного Совета руководителей налоговых органов и т. д.[123]

В 2002 г. был поставлен вопрос, выносившийся на заседание Совета глав государств СНГ, «О правовом статусе членов Экономического Совета СНГ, полномочных представителей государств-участников содружества в комиссии по экономическим вопросам при Экономическом Совете СНГ и должностных лиц Исполнительного комитета СНГ». Кроме того, принимались решения о компенсации затрат на подготовку и проведение в 2000 г. совместного командно-штабного учения с органами военного управления, войска ми и силами Республики Казахстан, Кыргызской республики, Российской Федерации, республики Таджикистан и Республики Узбекистан «Южный щит Содружества – 2000». Обсуждались также: концепция тарифной политики на железнодорожном транспорте; программа совместных научных исследований в области чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера; соглашение о сотрудничестве в области технологий двойного назначения, проект соглашения о Деловом центре СНГ. Наконец, заслушивалась информация о выполнении первого этапа международного проекта «Энергоэффективность и энергетическая безопасность в СНГ[124].

На заседании Экономического Совета 19 декабря 2003 г. были представлены «Обзор торговой политики Азербайджанской республики» и «Обзор торговой политики Республики Армения»[125]. Также была заслушана информация Исполкома Содружества о работе данной организации, о принятых на заседании Совета глав государств СНГ 19 сентября 2003 г. документах по завершению формирования ЗСТ и развитию взаимодействия государств-участников СНГ в экономической сфере[126], о проведении в 2004 г. выставки форума «СНГ: Топливно-энергетические сырьевые ресурсы»[127].

На предыдущих заседаниях 2003 г. обсуждались итоги проведения в Киеве в мае 2003 г. выставки-ярмарки промышленных технологий, средств производства, товаров и услуг стран СНГ. Кроме того, предметом внимания участников заседаний стали Меморандум государств-участников СНГ в области международных транспортных коридоров и Декларация по вопросам обеспечения безопасности на транспорте, о регулировании рекламной деятельности. Дискутировались и вопросы о координации страховой политики, о новой редакции Положения о Комиссии государств-участников СНГ по использованию атомной энергетики в мирных целях, о придании Всероссийскому научно-исследовательскому институту документоведения и архивного дела (ВНИИДАД) статуса базовой организации по переподготовке и повышению квалификации кадров в области документоведения, документационного обеспечения управления и архивоведения[128].

На своем заседании 12 марта 2004 г. Совет обсудил «Обзор торговой политики Республики Беларусь»[129].

25 июня 2004 г. Совет одобрил проект Программы создания и функционирования рынка зерна СНГ (Программа «Рынок зерна»)[130]. Тогда же был заслушан отчет о десятилетней работе Межгосударственного совета по вопросам охраны промышленной собственности[131].

3 сентября того же года Совету был представлен «Обзор Торговой политики Республики Казахстан»[132], а также состоялось обсуждение проекта решения Совета глав правительств СНГ о порядке реализации Программы военно-технического сотрудничества и концепция развития лизинга сельхозтехники, машин и механизмов в СНГ[133].

Наконец, 3 декабря 2004 г. Экономический Совет СНГ рассмотрел «Обзор торговой политики Республики Молдова», а также обсудил работу Координационного совета руководителей налоговых служб в соответствии с Планом, направленным на повышение эффективности экономической деятельности государств-участников СНГ[134]. Кроме того, были рассмотрены сметы расходов на развитие объединенной системы противовоздушной обороны (ПВО) государств-участников СНГ на 2005 г.[135]

11 марта 2005 г. Экономический Совет СНГ принял решение «Об основных направлениях и принципах взаимодействия государств-участников Содружества Независимых Государств в области обеспечения энергоэффективности и энергосбережения»[136] и утвердил основные направления в данной области, разработанные Центром энергетической политики РФ совместно с Исполкомом СНГ при финансовой поддержке Комитета по устойчивой энергетике Европейской экономической комиссии (ЕЭК) ООН и рассмотренные Комиссией по экономическим вопросам. На заседании Совета прозвучал также призыв к правительствам государств-участников Содружества оказать содействие национальным органам управления и операторам энергетического сектора в реализации «Основных направлений».

При подготовке документа были использованы Программы энергосбережения ряда стран СНГ (Республики Беларусь, Украины, Российской Федерации, и др.)[137]. Кроме того, во введении к тексту «Основных направлений» подчеркивалось, что одним из важнейших направлений международного сотрудничества в области энергетики является проект «Энергетическая эффективность-XXI» в осуществлении которого под эгидой ЕЭК ООН принимали участие страны Европейского Союза, СНГ и Европейский банк реконструкции и развития.

В рамках данного проекта на основе совместного заявления секретариата ЕЭК ООН и Межгосударственного Экономического комитета Экономического Союза СНГ от 4 сентября 1997 г. Исполком СНГ и национальные эксперты двенадцати государств-участников Содружества с привлечением министерств и ведомств своих стран, а также научно-исследовательских институтов выполнили проект «Энергоэффективность и энергетическая безопасность в СНГ».

Материалы исследования были опубликованы в качестве официального документа ООН. На их основе было подготовлено Соглашение о сотрудничестве в данной области от 7 октября 2002 г., и именно они легли и в основу «Основных направлений и принципов взаимодействия