В этом документе были определены конкретные задачи органов Смерш:

«а) борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок в частях и учреждениях Красной Армии;

б) борьба с антисоветскими элементами, проникшими в части и учреждения Красной Армии;

в) принятие необходимых агентурно-оперативных и иных (через командование) мер к созданию на фронтах условий, исключающих возможность безнаказанного прохода агентуры противника через линию фронта с тем, чтобы сделать линию фронта непроницаемой для шпионских и антисоветских элементов;

г) борьба с предательством и изменой Родине в частях и учреждениях Красной Армии (переход на сторону противника, укрывательство шпионов и вообще содействие работе последних);

д) борьба с дезертирством и членовредительством на фронтах;

е) проверка военнослужащих и других лиц, бывших в плену и окружении противника;

ж) выполнение специальных заданий Народного Комиссара Обороны.

2. Органы Смерш освобождаются от проведения всякой другой работы, не связанной непосредственно с задачами, перечисленными в настоящем разделе».

Если в июне 1942 г. штатная численность Управления особых отделов НКВД СССР составила 225 человек, то штат Главного Управления Смерш НКО СССР в количестве 646 человек.

С начала войны по 1 декабря 1941 г. особыми отделами НКВД было арестовано 35 738 чел, в том числе шпионов — 2343, диверсантов — 669, изменников — 4647, трусов и паникеров — 3325, дезертиров — 13887, распространителей провокационных слухов — 4295, самострельщиков — 2358, за бандитизм и мародерство — 4214; расстреляно по приговорам — 14 473, из них перед строем — 411.

Только на Западном фронте в 1941 г. особисты во взаимодействии с войсками НКВД по охране тыла задержали и разоблачили свыше 1000 немецких агентов, на Ленинградском и Южном фронтах — около 650, на Северо-Западном — свыше 300.

Контрразведчикам Виктора Абакумова противостоял серьезный, если не сказать, коварный противник. Только на Восточном фронте действовали более 130 разведывательных команд сд и Абвера, функционировало около 60 школ, где готовили агентуру для заброски в тыл Красной Армии.

По свидетельству документов в 1941-1944 гг. Особыми отделами НКВД СССР и ГУКР Смерш НКО СССР от 55 до 65% всех вражеских агентов были выявлены и разоблачены непосредственно в зоне боевых действий. В 1945 г. этот показатель достиг 88%. Причем «если в 1941 г. на прифронтовую зону приходилось около 45% от общего количества разоблаченных органами военной контрразведки агентов фашистских спецслужб, то в 1943 г. эта цифра возросла до 55%.

Только в период подготовки и в ходе Курской битвы контрразведчиками Западного, Брянского, Центрального и Воронежского фронтов было обезврежено более 1500 немецких агентов и диверсантов. Контрразведчики Центрального фронта в июне и июле 1943 г. обезвредили пятнадцать разведывательно-диверсионных групп противника. Некоторые были предназначены для нападения на штаб фронта и совершения террористического акта в отношении командующего фронтом генерала армии К.К. Рокоссовского.

Во время битвы за Днепр чекисты Воронежского (1-го Украинского) фронта выявили и ликвидировали более 240 фашистских агентов и двадцать одну разведывательно-диверсионную группу».

Занимался Смерш и радиоиграми с разведками противника, которые стали абсолютно новейшим направлением в их деятельности. Основными задачами радиоигр были: систематические передачи противостоящему противнику ложной информации, с одной стороны, а с другой — благодаря радиоиграм органы военной контрразведки поддерживали у противника уверенность в том, что заброшенные им разведгруппы работают вполне активно. Это, безусловно, останавливало их от дальнейших действий.

Достаточно сказать, что с весны 1943 г. все радиоигры, кроме игр «Монастырь», «Курьеры» и «Березина», находились в ведении 3-го отдела ГУКРСмерш.

Не менее успешной оказалась работа Смерш по централизации зафронтовой деятельности, которая очень скоро дала положительные результаты. Только за первые десять месяцев с момента образования Главного управления контрразведки в германские разведорганы и школы были внедрены 75 агентов, а 38 из них, успешно выполнив поставленные задачи, возвратились к своим.

По обобщенным данным, зафронтовые агенты представили сведения на 359 официальных сотрудников германской военной разведки и 978 выявленных шпионов и диверсантов, подготовляемых для переброски в распоряжение частей Красной Армии. Впоследствии 176 вражеских разведчиков противника были арестованы органами Смерш. Кроме того, 85 агентов немецких спецслужб явились с повинной, а пятеро завербованных сотрудников германской разведки оставались работать в своих разведподразделениях по заданию советской контрразведки.

С октября 1943 г. по май 1944 г. в тыл противника были переброшены 345 зафронтовых агентов, в том числе 50 перевербованных германских разведчиков. Из них вернулись после выполнения задания — 102. В разведорганы внедрились — 57, из них 31 вернулся, остались выполнять задания Смерш — 26.

В ходе операций были перевербованы 69 германских разведчиков, из них в советские органы госбезопасности явились 29, остальные остались в немецких разведшколах. Всего же за шесть месяцев было выявлено 620 официальных сотрудников и 1130 агентов разведорганов противника. Из этого числа органами Смерш были арестованы 273 агента.

В 1943-1944 гг. стала широко практиковаться заброска в тыл противника агентурных групп (оперативные работники, агенты и радисты) с целью сбора сведений о разведорганах и спецшколах противника, внедрения в них, а также захвата кадровых сотрудников, агентов и нацистских пособников. Только за первые десять месяцев 43-го года в немецкий тыл были направлены семь агентурных групп, подчиненных Главному управлению котрразведки. Из 44 человек группы потеряли только четверых, при этом на вражеской территории они привели к сотрудничеству с советской контрразведкой 68 человек.

На заключительном этапе войны военной контрразведке Смерш удалось не только парализовать подрывную работу германских спецслужб по всем ее направлениям, но и перехватить инициативу в свои руки.

Первичная проверка бывших военнослужащих Красной Армии была одной из тех задач, которую решали третьи отделения вторых отделов управлений КР Смерш фронтов.

На армейских сборно-пересылочных (СПП) и фронтовых проверочно-фильтрационных пунктах (ПФЛ) эта проверка проводилась путем личного досмотра и письменных объяснений об обстоятельствах пребывания в плену. Только затем проводился допрос, в ходе и после которого оперативники контрразведки выявляли противоречия в ответах и организовывала агентурное изучение подозреваемых. На каждого проверяемого заводилось дело (учетное) с протоколами допроса и заключением по результатам фильтрации. На подозреваемого заводилось дело-формуляр с приобщением материалов оперативного характера. Фильтрация завершалась во фронтовом ПФЛ, где соответствующая работа продолжалась в течение двух месяцев (соответственно в СПП и ПФП — пять — десять дней). В ПФЛ работа велась в оперативном и следственном направлениях с учетом проведенной фильтрации на СПП и ПФП. Следует отметить, что по масштабам и размаху, силам и средствам оперативно-розыскная и следственная работа по фильтрации военнопленных вражеских армий, бывших советских военнопленных, а также в государственной проверке репатриантов из числа советских граждан не имела аналогов в истории спецслужб мира.