Если Горбачев говорил, что партия должна измениться, чтобы остаться в эпоху реформ и демократизации, то Лигачев фактически утверждал, что демократические реформы должны быть ограничены, чтобы обеспечить жизнеспособность партии. Лигачев был самым откровенным консерватором Политбюро, но и другие выступали за восстановление авторитета партийной машины. Многие региональные партийные руководители заняли резко консервативную позицию.

На пленуме ЦК 19-20 сентября, созванном с другой целью, Горбачев вновь провел чистку консервативных членов высшего руководства, более масштабную, чем в сентябре предыдущего года или когда-либо ранее. Три действительных члена Политбюро - Виктор Чебриков, Владимир Щербицкий и Виктор Никонов - и два кандидата в члены (один из них - Юрий Соловьев, покойный ленинградец) были исключены. Лигачев остался, но теперь уже в виртуальной изоляции. Два новых действительных члена (Владимир К      преемник Чебрикова в КГБ и Юрий Масл      ков), два кандидата и четыре секретаря партии. Все они были склонны поддерживать реформы, хотя некоторые из них впоследствии стали новыми жесткими консерваторами, поскольку темпы перестройки становились все более революционными.

На очередном пленуме ЦК 9 декабря в высшее руководство были введены еще два реформатора. Однако консерваторы все еще были сильны, включая нового ленинградского партийного руководителя Бориса Гидаспова, которого Горбачев привел всего пять месяцев назад. Было также создано Российское бюро Коммунистической партии, чтобы удовлетворить одно из требований, выдвинутых консерваторами на сентябрьском пленуме. Горбачев, который отнесся к этой идее с неохотой, решил сам возглавить бюро, чтобы оно не превратилось в конкурирующий консервативный форум.

В ходе серьезной проверки политической силы нового Съезда народных депутатов, открывшего свою вторую сессию в декабре, политические реформаторы предложили обсудить вопрос об исключении статьи 6 Конституции СССР, предусматривающей в основном уставе советского государства, что "ведущая роль" принадлежит коммунистической партии. Хотя Горбачев ранее высказывался против идеи создания более чем одной партии, некоторые из его ближайших советников высказались в пользу этой идеи, и Горбачев показал себя гораздо более открытым в этом вопросе, чем большинство его коллег в руководстве. Он не поддержал предложение о проведении дебатов по такой конституционной поправке, но и не был категорически против такой возможности. Предложение было отклонено 12 декабря скромным большинством голосов (1 138 против 839, при 56 воздержавшихся), что не обнадежило реформаторов на будущее и не обнадежило традиционалистов в том, что битва еще не выиграна.

Между тем, продолжая осуществлять программу политической демократизации и преодолевая сопротивление консервативной партии, Горбачев не проявил такой же ловкости в продвижении экономических преобразований. Год начался с решения Политбюро от 5 января о сохранении централизованного контроля над ценами, отложив запланированную децентрализацию и послабления из-за опасений по поводу социальных последствий. Пленум ЦК по сельскому хозяйству в марте отложил центральный вопрос о собственности на землю. Общественное доверие продолжало падать. В июле этого года сто тысяч добытчиков песка объявили забастовку, выдвигая требования по заработной плате и условиям труда и дальнейших политических реформ. По первому пункту были быстро сделаны уступки. Когда эти обещания были плохо выполнены, в октябре вспыхнули новые забастовки. Менее драматичным, но более распространенным было замедление экономического роста, более значительное, чем годом ранее. Большой дефицит государственного бюджета, впервые признанный в октябре 1988 года, в 1989 году вырос до огромных размеров. К ноябрю проект закона о собственности был вынесен на общественное обсуждение, но законодательные действия были отложены. Только 16 декабря премьер-министр Николай Рыжков предложил пакет экологических реформ, который был подвергнут резкой критике со стороны реформаторов как неадекватный.

Горбачев хорошо понимал необходимость проведения далеко идущих экономических реформ, хотя и не осознавал в достаточной мере растущую срочность и весь масштаб необходимых преобразований. Он был готов предпринять серьезные шаги, но считал необходимым сначала создать и функционировать демократическую политическую структуру, чтобы обеспечить общественную поддержку лишений, которые повлечет за собой экономическая реформа. Возможно, это была серьезная, даже фатальная ошибка per estroika, но не ошибка, основанная на доктринальных слепках или на неприятии глубоких экономических изменений, как иногда описывают его позицию. Он серьезно недооценил последствия промедления и дальнейшего бездействия, включая растущий дефицит, падение производительности и снижение общественного доверия.

Четвертой тенденцией внутреннего развития, стимулируемой и влияющей на благоприятные политические и неблагоприятные экономические тенденции, был рост региональных и национальных настроений, прежде всего сепаратистских настроений в западных республиках, в частности в трех балтийских странах, Молдавии и трех закавказских государствах, а также этнических трений там и в других местах.

Горбачев и руководство страны в целом сильно недооценивали революционный потенциал национального вопроса, но в той мере, в какой они признавали существование того, что считали растущей проблемой, консерваторы хотели подавить проявления, а Горбачев хотел пойти им навстречу и, по его мнению, тем самым предотвратить более серьезный вызов. Однако в некоторых вопросах Горбачев был непреклонен. Во время своего визита в пострадавшую от землетрясения Армению в декабре 1988 года он был взбешен демонстрациями за контроль Армении над Нагомо-Карабахом. Возможно, он сам принял решение об аресте карабахского комитета. 14 января в Москве был назначен специальный комитет для управления спорной территорией в Азербайджане (и делал это до ноября, когда она вернулась под управление Азербайджана).

9 апреля демонстрации в Тбилиси, столице Грузии, были подавлены с чрезмерным насилием полицией и солдатами с применением омоновского газа и заточенных траншейных лопат, что привело к двадцати смертям и мощному всплеску настроений за независимость Грузии. В мае беспорядки вспыхнули в Туркменистане, а в начале июня - в Узбекистане, что привело к гибели людей. Конфликт в Узбекистане возник на почве этнических противоречий между коренными узбеками и турками-месхетинцами, переселенными туда за много лет до этого. Всего несколько дней спустя в Западном Казахстане вспыхнули беспорядки между казахами и представителями нескольких национальностей из Кавказа, которые ранее были привезены туда в качестве дополнительной рабочей силы. В июле в Грузии произошли серьезные беспорядки и погибло по меньшей мере двадцать два человека в результате столкновений между абхазами и грузинами.

Но гораздо более серьезными были ненасильственные, но политические шаги, предпринятые странами Балтии. В 1989 году в балтийских республиках - Литве, Латвии и Эстонии - начали быстро нарастать более ранние волнения за независимость. Литовский народный фронт "Саюдис" начал призывать к большей (если еще не полной) независимости. В результате выборов в марте некоммунистические "народные фронты", выступающие за независимость, получили большинство в законодательных органах всех трех балтийских республик. Выступление Горбачева в ООН в декабре 1988 года с призывом к свободному выбору, призванному открыть перспективы реальной независимости в Восточной Европе, было процитировано в Литве. 18 мая Литва и Эстония, а 29 июля