В конечном итоге было сформировано девять саперных армий, получивших номера с 1-й по 9-ю.[637]Эти армии состояли из 30 саперных бригад и имели в общей сложности 570 саперных батальонов, получивших номера с 1200-го по 1465-й и со 1543-го по 1771-й. Общая численность саперных армий на 1 ноября 1941 года составила 299 730 человек. Однако острая нехватка инженерных и строительных войск ограничивали численность и возможности этих армий и бригад.[638]

Каждая из первых девяти саперных армий состояла из штаба и двух-четырех отдельных саперных бригад. В саперную бригаду входили штаб, 19 отдельных саперных батальонов, разделенных натри роты с четырьмя взводами в каждой и общей численностью батальона в 497 человек, механизированный отряд с одним дорожным и одним мостовым взводом, взвод лесорубов, взвод строительства позиций и автомобильно-тракторный взвод с четырьмя отделениями.[639]Хотя численность каждой саперной бригады должна была составлять 9979 бойца, большинство бригад оставались не полностью укомплектованными.[640]В итоге личный состав саперных батальонов, которому полагалось 12 часов в день заниматься строительными работами и еще два часа — военной подготовкой, был вынужден трудиться над возведением оборонительных сооружений по 12-14 часов в день и вообще не проходил никакой военной подготовки. Десятая по счету саперная армия, получившая номер 1, завершившая свое развертывание в полосе Западного фронта в январе 1942 года, состояла из десяти саперных бригад с восемью саперными батальонами в каждой — всего 80 саперных батальонов и 45 160 бойцов.[641]

Первоначально саперные армии подчинялись ГУОБР при НКВД, но работали под прямым руководством Главного военно-инженерного управления НКО. Однако такая организация командования оказалась не вполне эффективной, и 28 ноября Ставка подчинила эти армии начальнику инженерных войск Красной Армии. В декабре 1942 года начальник инженерных войск придал девять саперных армий и 29 саперных бригад военным округам и действующим фронтам (две Западному фронту и одну-Карельскому фронту). К середине января 1942 года структура инженерных войск Красной Армии расширилась, теперь в них насчитывалось десять саперных армий, 40 саперных бригад, три инженерных полка и 82 инженерно-саперных, 78 саперных и 46 понтонно-мостовых батальона.

Эти саперные армии и бригады отвечали в первую очередь за возведение стратегических оборонительных рубежей в глубоком тылу Красной Армии. Первые из этих рубежей, расположенные в Московском, Сталинградском, Северо-Кавказском и Волжском военных округах, носили постоянный характер и состояли из сложной системы укрепленных батальонных оборонительных районов и ротных опорных пунктов, размещенных на вероятных направлениях немецкого наступления и вокруг крупных городов. Однако 27 декабря 1941 года, после победы Красной Армии под Москвой, ГКО приказал прекратить оборонительные работы вокруг Москвы, чтобы можно было выделить больше ресурсов для транспортировки беженцев, зерна и хлеба для нуждающегося населения, и ограничил строительные работы на других оборонительных, рубежах.[642]

Помимо выполнения своих обязанностей по строительству, саперные армии служили еще и базой подготовки инженерных войск Красной Армии в целом. Например, в ноябре-декабре 1941 года НКО присвоил двум, а потом трем батальонам в каждой бригаде обозначение учебных и в конечном итоге передал свыше 90 таких батальонов действующим фронтам. Прошедшие подготовку как обычные инженерные, понтонно-мостовые или дорожно-мостовые батальоны и укомплектованные наиболее опытным личным составом, предназначенные для перевода на фронт части сразу же прекращали всякие оборонительные работы и занимались интенсивной полевой подготовкой. После убытия их на фронт саперные бригады формировали взамен ушедших новые батальоны и роты. Однако хаос, вызванный постоянным перетеканием личного состава между саперными армиями и действующими фронтами, отрицательно сказывался на эффективности действий первых.

Десять саперных армий доказали свою ценность во время зимнего наступления Красной Армии 1941-1942 годов, помогая поддерживать безопасность в тылу, повышая инженерные и саперные возможности фронтов. Однако они оказались неповоротливыми, неэффективными и трудно управляемыми, особенно в поминутно меняющейся боевой обстановке. Поэтому в феврале 1942 года ГКО приказал НКО расформировать половину саперных армий и бригад, придать остальные действующим фронтам, а личный состав расформированных войск использовать для содействия формированию новых стрелковых дивизий и бригад.

В феврале-марте НКО расформировал 2-ю, 4-ю, 5-ю, 9-ю и 10-ю саперные армии и шесть саперных бригад, увеличив численность 7-й и 8-й саперных армий Юго-Западного фронта соответственно до пяти и десяти бригад. Кроме того, он придал действующим армиям и Московской зоне обороны четыре саперные армии, три отдельные саперные бригады и много вновь образованных специальных инженерных частей.[643]