Падение Стамболова ознаменовало поворотный момент в конституционной истории Болгарии и стало началом эпохи единоличного правления князя, особенно в области международных отношений. Главой коалиционного правительства стал лидер Консервативной партии господин Стоилов, но князь сразу же дал понять, что намерен сам ведать министерством иностранных дел. Одним из его первых шагов стали поиски пути сближения с Россией. В ноябре 1894 года он обменялся телеграммами с императором Николаем II по случаю смерти Александра III и в июле того же года послал в Санкт-Петербург делегацию во главе с архиепископом Климентием, чтобы возложить венок на его могилу. Прием, оказанный делегации, был подчеркнуто холодным, и единственным результатом миссии стал полученный намек, что, если бы наследник, княжич Борис, принял православие, это соответствовало бы чаянием императора, и тогда просьба о посылке российского посланника в Софию была бы рассмотрена с благосклонностью. Но пока князь старался восстановить добрые отношения с Россией, его обхождение со Стамболовым привело к тому, что Болгария лишилась симпатии, которую ранее испытывали к ней Вена и Лондон. Хотя правительство князя неоднократно получало предупреждения об опасности, которой подвергается жизнь этого государственного деятеля, оно не только не предприняло никаких мер для его защиты, но и отказало ему в разрешении выехать в Карлсбад. Циничное равнодушие, которое оно проявило, когда в июле 1895 года тот был убит, ставит вопрос о моральной, если не непосредственной, ответственности правительства за его гибель.

Другой причиной разногласий между западными державами и Болгарией было терпимое и даже поощрительное отношение правительства последней к болгарским повстанцам в Македонии. В отличие от отрядов, состоящих из греков и сербов, это было движение природных македонцев. Это был протест против географических ограничений, которые Берлинский трактат налагал на национальные надежды, разбуженные не только Сан-Стефанским миром, но и решениями конференции в Константинополе, прошедшей накануне русско-турецкой войны. В «Projet du Règlement pour la Bulgarie»[35] Европа признала претензии болгарской нации на три северные казы[36] Адрианопольского вилайета; княжество, учрежденное впоследствии Берлинским трактатом; санджаки[37] Ускюб и Монастир (за исключением двух его южных каз); три северные казы Сереса; а также казы Струмница и Кастория. Сразу же после публикации положений Берлинского трактата последовали два восстания в долине реки Струмы, закончившиеся неудачей, а в 1880 году был раскрыт более обширный заговор в Охриде. Затем, в течение десяти с лишним лет, никаких попыток восстания не было, хотя разбойничьи банды, всегда существовавшие в Македонии, то и дело давали о себе знать. Стремление к окончательному освобождению, однако, сохранилось, и мысль о нем, пусть и в некой перспективе, поддерживалась постоянным потоком эмигрантов, двинувшихся в свободное княжество. Более того, национальные чувства усиливало расширение влияния экзарха. До 1870 года верховным авторитетом в церковных и богословских вопросах был патриарх Константинопольский, в политическом плане являвшийся мощным орудием эллинизации. После уничтожения епархии в Охриде в 1767 году исчезли последние остатки болгарской церкви, и все православные христиане считались паствой патриаха, причем принадлежность к православной религии стала превратно трактоваться как принадлежность к греческой нации. Фирман[38] 1870 года наделил вновь учрежденного болгарского экзарха правом назначать епископов в некоторые особо оговоренные епархии на юге до Флорины, а также в те, где три четверти населения признавали его юрисдикцию. Это право с самого начала яростно оспаривалось патриархатом, и развившийся в дальнейшем конфликт носил скорее национально-политический, чем церковно-религиозный характер. Экзарх, поддержанный Стамболовым, намеревался обеспечить преобладание болгар при назначении епископов, священников и учителей, но в 1893 году группа молодых болгар-македонцев, посчитавших такие средства слишком постепенными, основала «Внутреннюю организацию».[39] В Македонии эта организация могла существовать только подпольно, но она сформировала постоянно действующие политические структуры среди македонцев, проживающих в Болгарии. Пока Стамболов оставался у власти, эта деятельность сдерживалась правительством, но вскоре после его падения активность организации резко возросла, и в 1895 году в Софии был основан Македонский центральный комитет.

В то же время общественное мнение склонялось в пользу восстановления дружественных отношений с Россией, и открыто обсуждался вопрос религиозной принадлежности наследника. Позволив превратить вопрос об обращении княжича Бориса в пункт политической программы, князь Фердинанд недооценил как твердость религиозных принципов родных своей жены, так и силу политического давления, которое в конце концов заставило его пойти на этот шаг. Поскольку он взял бразды правления в свои руки, все атаки оппозиции теперь были направлены против него лично, и он стал считаться препятствием на пути осуществления желаний нации. Было раскрыто несколько заговоров с целью его убийства, и для обеспечения его безопасности приходилось принимать исключительные меры. Возникла угроза правительственного кризиса, и собрание высказало пожелание, чтобы княжич Борис принял православие. Перед тем, как принять окончательное решение, князь Фердинанд совершил паломничество в Рим в надежде убедить папу освободить его от обязательств, взятых им при заключении этого брака. Однако его святейшество был неумолим. По возвращении в Софию князь Фердинанд после притворной попытки отречения официально объявил, что княжич Борис перейдет в православие.[40] Император Николай согласился стать крестным отцом, и был назначен российский дипломатический представитель в Софию – Чарыков. Одновременно с этим султан признал его высочество князем Болгарии и генерал-губернатором Восточной Румелии; остальные державы выразили свое согласие, и положение князя Фердинанда было формально урегулировано. Однако признание держав было куплено ценой моральной жертвы, которая хотя и диктовалась ему соображениями высокой политики, но и в не меньшей степени подстегивалась его собственным честолюбием. Нарушив торжественное обещание, без которого его брак был бы невозможен (сам он представлял это как жертву, принесенную ради благополучия Болгарии), он ослабил узы, связывающие его с его семьей и западными державами. «Запад, – заявил князь Фердинанд собранию, – объявил мне анафему. Заря с Востока озаряет своими лучами мою династию и наше будущее».