При наступлении ночи бой не закончился, однако это не продвинуло Корнилова ближе к намеченной цели, а из Новороссийска на помощь к красным пришло еще несколько поездов с «революционными» матросами. 29 марта к Екатеринодару подтянулся арьергард Маркова, вступив с ходу в бой и заняв сильно укрепленные большевиками Артиллерийские казармы: «Скоро показался и Марков. Идет широким шагом, размахивая нагайкой, и издали еще на ходу ругается: — Черт знает что! Раздергали мой Кубанский полк, а меня вместо инвалидной команды к обозу пришили. Пускали бы сразу со всей бригадой — я бы уже давно в Екатеринодаре был. — Не горюй, Сережа, — отвечает Романовский, — Екатеринодар от тебя не ушел…»[31] За ним двинулся Корниловский полк, который лично повел в бой подполковник Неженцев, вскоре раненный пулей в голову: «…Он чувствовал, что наступил предел человеческому дерзанию и что пришла пора пустить в дело „последний резерв“. Сошел с холма, перебежал в овраг и поднял цепи. „Корниловцы, вперед!“ Голос застрял в горле. Ударила в голову пуля, он упал; потом поднялся, сделал несколько шагов и повалился опять, убитый наповал второй пулей»[32]. На смену ему полк повел полковник Индейкин и вскоре был ранен и отнесен в тыл. Командира партизанского батальона капитана Курочкина сразила шальная пуля… Корниловский полк, оставшись без командиров и существенно поредевший, приостановил продвижение, и его атака захлебнулась.

На помощь корниловцам спешил раненый Казанович, вставший во главе Резервного полка. Полк прорвал оборону красных и вошел в город, однако вскоре Казанович увидел, что его успех не поддержан другими полками, продолжил продвижение всего с 250 людьми к центру города, по пути захватывая повозки с фуражом и хлебом. На командном пункте добровольцев оставалось всего трое живых командиров. Принявший командование над остававшимися еще в живых корниловцами А. П. Кутепов не мог собрать остатки полка и быстро направить его за уже далеко ушедшим Резервным полком Казановича, до Маркова не дошло донесение, отправленное Казановичем из центра Екатеринодара. Под утро 30 марта 1918 года, не дождавшись помощи, Казанович приказал полку двигаться назад, из города. Построившись в колонну, Резервный полк возвращался к своим. Встречаемые по пути красными разъездами, добровольцы рекомендовались «красным кавказским полком» и одно время шли в рядах красных, возвращающихся на покинутые позиции. Солдаты двух сторон перемешались друг с другом и шли, мирно беседуя, куря и обсуждая недавний бой. Так дошли они до линии фронта, и здесь красные с удивлением обнаружили, что колонна «красного кавказского полка» с захваченными обозами не остановилась на линии обороны, а продолжила движение дальше, за линию фронта. Погодя немного, красные открыли огонь, однако полк Казановича был уже далеко.

В течение 30 марта бои продолжились, однако их интенсивность объективно спала: обе стороны были измотаны и нуждались в отдыхе. Сил на стремительные атаки не оставалось. Боеприпасы окончились, потери Добровольческой армии в живой силе становились катастрофическими: численность убитых и раненых превысила полторы тысячи человек. Младших командиров и штаб-офицеров не осталось. Окрестные казаки, видя складывающееся положение дел и явный перевес в силах у красных, начали покидать Добровольческую армию, бросая фронт, как всегда. На состоявшемся военном совете Корнилов заявил, что иного пути, как взятие Екатеринодара, у Добровольческой армии нет: отойти не дадут красные, начав преследование, осада города станет медленной агонией армии, чьи силы станут таять еще больше. Выход виделся командующему лишь в однодневном отдыхе и переформировании уцелевших полков, а затем, в окончательном штурме кубанской столицы. Командующий сообщил собравшимся генералам, что лично поведет армию на штурм города. Уставшие люди молча согласились с ним. Марков дремал, опустив голову на плечо генералу Романовскому, остальные были слишком измучены, чтобы что-то возразить на этот гибельный и бесперспективный план командующего армией. Штурм города был назначен на 1 апреля. 31 марта, в восьмом часу утра, шальной снаряд, выпущенный красными, пробил стену одиноко стоящей фермы и взорвался под столом, за которым сидел командующий. Взрывная волна бросила Корнилова в сторону и ударила о печь. Вбежавшие офицеры застали его еще дышащим. Командующего осторожно вынесли на воздух, возле него столпились адъютант поручик Виктор Иванович Долинский, Хаджиев, генералы Деникин, Романовский и несколько случайно оказавшихся рядом офицеров. В течение нескольких минут Корнилов еще оставался в живых, стоная, а затем, не проронив ни слова, затих. Деникин и Романовский приказали скрыть от армии хотя бы до вечера смерть командующего, однако эти попытки оказались тщетными. Гуль так описывает неожиданно свалившуюся на добровольцев трагическую весть: «Знакомый текинец понес из церкви аналой… Выходит бледный, взволнованный капитан Ростомов. „Ты ничего не знаешь?“ — „Нет. Что?“ — „Корнилов убит“, — глухо говорит он, — но ради Бога, никому не говори, просят скрывать. Куда-то оборвалось, покатилось сердце, отлила кровь от головы. Нельзя поверить!»[33]

Тело Корнилова было перевезено в Елизаветинскую в сопровождении верных текинцев. Там тело омыли и уложили в сосновый гроб, в который были положены первые весенние цветы. Священник Елизаветинской отслужил панихиду. Гуль трогательно описывает свой разговор со священником: «„Батюшка, вы отпевали Корнилова?“ Он замялся, и лицо у него жалкое. „Я… я… не говорите вы только никому об этом… скрывайте… Узнают войска, ведь не дай Бог, что может быть. Ах, горе, горе, человек-то был какой необыкновенный… Он жил у меня несколько дней, удивительный прямо. Много вы потеряли, много. Теперь уйдете, что с нами будет… Господи… Придут завтра же, разорят станицу…“»

2 апреля Корнилова тайно похоронили, в присутствии лишь нескольких ближайших к командующему лиц. Рядом был похоронен его боевой товарищ и бесконечно уважаемый им человек — полковник Неженцев, убитый при штурме Екатеринодара. Чтобы не привлекать внимания, могилы сравняли с землей и даже старшие командиры прощались с командующим, проходя стороной во избежание того, чтобы разведчики красных не могли определить места захоронения. По материалам следственной комиссии при командующем ВСЮР, составленным мировым судьей Мейнградом в 1919 году, станет известна картина глумления большевиков над прахом Корнилова: вскоре пришедшие красные раскопали несколько свежих могил. Были привлечены местные жители, и даже пленные. Женщина, служившая медсестрой у белых и после отхода добровольцев попавшая в плен к войскам Сорокина, была привезена в Особый отдел фронта для опознания останков. К чести ее, она отрицала, что останки принадлежали Корнилову, однако нашлись люди, подтвердившие обратное. Тело Корнилова было отправлено в Екатеринодар. Сорокин и Золотарев приказали сделать несколько фотографических снимков погибшего генерала, после того распорядились сорвать с тела китель и принялись с помощью ординарцев вешать тело на дереве. Повесив, они начали наносить ему шашечные удары; искромсав тело до неузнаваемости, пьяные командиры приказали отвезти то, что недавно было телом Корнилова, на городскую бойню, где красноармейцы обложили его дровами и соломой и принялись жечь. Посмотреть на сожжение приехали все высшие командиры и комиссары, бывшие в городе. Сжигающие, для придания храбрости, пили спирт, и в сатанинском неистовстве растаптывали медленно тлеющие останки. Спустя несколько дней в Екатеринодаре большевистские власти устроили шутовскую процессию «похорон Корнилова». Городские обыватели были обложены по этому случаю «контрибуцией на помин души».