Один из первых его указов предписывал заключить с ними союз, назначить пособия и жалованья, а также поставлять продовольствие и амуницию в Сент-Эндрюс.

В этот момент во Франции отцовский трон унаследовал дофин, будущий король Генрих II. В числе его главных советников была семья Гизов, и в результате Генрих сразу же объявил себя «защитником» Шотландии. Он решил не экономить на сохранении «старинного союза» и гарантировать, что Мария не выйдет замуж ни за кого, кроме его сына, дофина Франциска. В ответ на идею Сомерсета об «Англо-Британском» союзе он выдвинул свой план создания «Франко-Британской» империи. Более того, он искренне поддерживал Шотландию — в отличие от отца, главной целью которого было доставить неприятности своему сопернику, Генриху VIII.

Генрих II обратился к Леону Строцци, приору Капуи и блестящему флотоводцу, получившему образование в Италии, с предложением возглавить экспедицию против «кастильцев». Строцци вошел в залив Сент-Эндрюс 16 июля, и 24 июля осадил замок. Начался массированный обстрел. 30 июля его вели с крыши древнего аббатства на востоке и с башни университетской часовни на западе. Штурм начался на рассвете и завершился к трем часам пополудни. Прежде чем Арран успел пересечь Форт и преодолеть около 50 миль от Норт-Куинсферри до Сент-Эндрюса, замок был захвачен, а заговорщики брошены в тюрьму. В наказание всех «кастильцев» отправили в качестве рабов на французские галеры.

Когда «кастильцев» вывели из замка в кандалах, среди них был молодой протестант, сторонник реформации по имени Джон Нокс, который после встречи с Уишартом, сожженным кардиналом Битоном, пожертвовал своей карьерой и стал проповедовать в своем родном графстве Ист-Лотиан. Нокс не участвовал в убийстве кардинала, но поддерживал его. Он приехал в Сент-Эндрюс, где читал проповеди в часовне замка и в городе. Он называл папу «антихристом», а мессу — «гнусным идолопоклонством», и его убедительные речи привлекли к нему множество сторонников.

Нокс провел восемнадцать месяцев на французских галерах. Затем Сомерсет договорился о его освобождении и безопасной переправке в Лондон. Это решение стало судьбоносным — в значительной степени потому, что секретарем и докладчиком прошений у Сомерсета был молодой выпускник Кембриджа и восходящая звезда политики по имени Уильям Сесил. Именно он впоследствии станет заклятым врагом Марии, а сейчас он впервые встретился с Ноксом. Благодаря протекции Сесила Нокс получил работу в Англии и был назначен одним из капелланов Эдуарда VI.

В ответ на захват замка Сент-Эндрюс Сомерсет приказал начать последний раунд «грубых ухаживаний». В конце августа армия численностью пятнадцать тысяч человек прибыла в Ньюкасл. Сомерсет во главе войска дошел до Берика, а затем повернул в Ист-Лотиан. Изменив тактику, он намеревался оставить в Шотландии постоянные гарнизоны. Он хотел оккупировать страну полностью, силой принудив к покорности. Армию сопровождал английский флот, который поддерживал военные передвижения с севера и был готов открыть огонь, если войско попадет в засаду, устроенную шотландцами.

На этот раз Арран подготовился. Когда 10 сентября английская пехота поднялась на холм в окрестностях Инвереска, неподалеку от Масселборо, к востоку от Эдинбурга, они столкнулись с самой многочисленной шотландской армией в истории. Двенадцать тысяч человек занимали выгодные позиции за оборонительными рвами на восточном берегу реки Эск. Они перекрывали дорогу на Эдинбург, и, поскольку с одной стороны армию прикрывало море, а с другой — непроходимое болото, Сомерсету оставалось либо бросаться в лобовую атаку, либо развернуть войска обратно.

Когда Сомерсет отвернул в поисках более удобной позиции, Арран перешел в наступление. Армии сошлись на холмах над деревушкой Пинки. В какой-то момент могло показаться, что шотландские пикинеры могут победить. Но потом англичане пустили в ход кавалерию и тяжелые пушки. Шотландцам пришлось отступить, а Арран бежал с поля боя. Лишившись командования, войско запаниковало. В результате обстрела и последовавшей резни погибли все десять тысяч шотландцев. Это был второй Флодден: дорога на Эдинбург и Стирлинг была открыта. Марию, которой в то время было три года и девять месяцев, поспешно посадили в карету и под покровом ночи доставили в монастырь Инчмахом, расположенный на острове озера Ментит, в 85 милях от места сражения.

Сомерсет не стал снова захватывать Эдинбург. Вместо этого он начал строить сеть небольших крепостей по всему побережью, пытаясь таким образом подчинить страну своей воле. Но его расчеты не оправдались. Сильный отпор шотландцев настолько захватил внимание, что Сомерсет совершил необъяснимую ошибку: пропустил переезд королевы Шотландии во Францию.

Не желая соглашаться на унию с Англией в ситуации военного вторжения, Арран договорился с Генрихом II — в обмен на предложение стать герцогом Шательро в Пуату он дал обещание на брак Марии и наследника французского престола. Сделка была заключена в январе 1548 г., и через месяц уже начались переговоры об обручении Марии с дофином.

Генрих II ясно выразил свои намерения. Французский король пообещал освободить Шотландию от гарнизонов Сомерсета. По своему обыкновению, он поручил это дело Гизам. Общее руководство операцией доверили старшему сыну Клода, герцога де Гиза, Франциску, который уже имел репутацию выдающегося стратега своего времени. Он должен был разработать план кампании совместно с Шарлем, кардиналом Лотарингским, самым одаренным из придворных Генриха II. И это естественно, поскольку оба брата де Гиз приходились дядями юной королеве Шотландии.

Марию перевезли в замок Дамбартон, конфискованный у Леннокса и захваченный профранцузской фракцией, откуда она могла в любой момент отправиться во Францию. И хотя Сомерсет сталкивался с некоторыми трудностями в снабжении своих гарнизонов, но для Марии самой большой опасностью стала корь. Слухи о ее смерти от болезни быстро распространились по трем государствам, но так же быстро были опровергнуты. За безопасность девочки можно было не волноваться, поскольку для ее защиты был сформирован передовой отряд французов, денег и боеприпасов у которого хватило бы на год осады.

Армада из 130 судов доставила 5500 пехотинцев и 1000 кавалеристов, нагнав страху на гарнизоны крепостей Сомерсета, высадилась в Лите 17 июня. Многие французские солдаты были ветеранами, служившими в Италии, а командиры — профессиональными военными, и по большей части вассалами де Гизов. Это были хорошо организованные войска, лояльные своим полководцам и преданные своей стране, в отличие от многих солдат Сомерсета, среди которых преобладала доля иностранных наемников.

В начале июня французское войско осадило Хаддингтон, главную крепость Сомерсета в восточной части Шотландской низменности. Неделю спустя в соседнем аббатстве собрался парламент, и после чрезвычайно короткой дискуссии был заключен договор между Шотландией и Францией. Французский лейтенант-генерал Андре де Монталамбер, сеньор д’Эссе, объяснил, что Генрих II «всем сердцем и душой стремится защитить это королевство» и хочет обручить Марию со своим сыном.

Парламент быстро посчитал этот довод «очень разумным». Потенциальным камнем преткновения могла стать только национальная автономия, но, поскольку Генрих II пообещал защищать шотландские законы и вольности «как при всех королях былых времен», условия договора не встретили возражений.