После этой победы правительственные солдаты, расквартированные в близлежащих районах, «стали разбегаться куда глаза глядят». Путь на юг для победителей был открыт. 8 июня 1400 года, почти не встречая сопротивления, они подошли к крепости Цзинань (в провинции Шаньдун) и осадили ее. Но гарнизон и жители города, возглавляемые местным сановником Те Сюанем, не сдавались. Осада затянулась.

Императорский двор после поражения при Байгоухэ снова попытался договориться с Чжу Ди дипломатическим путем, обещая «прощение его вины». Понятно, что это не имело успеха. Однако среди северян появились сторонники примирения, предлагая Чжу Ди пойти на раздел страны, ограничившись претензиями лишь на ее северную часть.

Осенью 1400 года положение северян осложнилось. Цзинань по-прежнему сковывала силы Чжу Ди, а правительство подтянуло резервы. Создавалась угроза, что осаждавшие будут отрезаны от своего тыла, от Пекина. В сентябре Чжу Ди предпочел не рисковать, снял осаду и отвел армию к северной столице. Дав армии передохнуть, в ноябре того же года он начал новый поход на юг. Наступавшие вышли к Великому каналу, и здесь, около города Дунчана (приблизительно в 120 километрах западнее Цзинани), 9 января 1401 года они столкнулись с правительственной армией во главе с новым главнокомандующим Шэн Юном. Северяне были встречены залпами из дальнобойных самострелов и пушек, что охладило порыв наступающих. Тогда Чжу Ди лично повел их в атаку. Однако, врезавшись во вражеские ряды, он оказался в окружении. Спас его вовремя подоспевший полководец Чжан Юй, который сам погиб в этой схватке. Исход боя решила пришедшая на помощь южанам армия Пин Аня, которая обратила северян в бегство. На следующий день, 10 января, правительственные войска догнали отступавших и довершили разгром. Потери северян оцениваются по-разному: от десяти до нескольких десятков тысяч человек. Однако отрезать отступавшим путь на Пекин южанам не удалось, они остановились примерно в 150 километрах от города.

Чжу Ди довольно быстро оправился от поражения и уже 18 февраля 1401 года выступил в новый поход на юг. Его расчет строился на том, чтобы разгромить поодиночке рассредоточенные и возглавляемые различными командующими армии противника. И в целом этот расчет оправдался. В бою при Сяхэ 5–6 апреля потерпела поражение армия Шэн Юна. Сражение было упорным. Южане снова применили пушки и арбалеты, а также некие «огненные повозки», но северяне уже были готовы к этому и тоже использовали техническую новинку — длинные пики с крюками. Удача склонялась то на одну, то на другую сторону. Противники расходились и снова сходились. К концу второго дня налетел сильный ветер, поднявший тучи пыли. Воспользовавшись этим, северяне бросились на врага с криками, барабанным боем. Южане отступили, потеряв около 100 тысяч бойцов.

Затем войска Чжу Ди разгромили еще одну крупную правительственную армию под командованием У Цзе. Это произошло 22–23 апреля под Гаочэном близ Чжэньдина. Придерживаясь оборонительной тактики, южане построились в форме квадрата. Войскам Чжу Ди удалось смять один из углов этого построения и обратить противника в бегство. Южане оставили на поле боя более 60 тысяч человек, но и северяне понесли большие потери. В начале мая 1401 года, дойдя до города Дамин (на юге провинции Хэбэй), Чжу Ди остановил наступление и начал дипломатические переговоры с правительством. Императорский двор сообщил об отставке прежних советников. Чжу Ди, не без основания заподозрив, что отставка эта фиктивна, потребовал отвести с севера страны все правительственные войска. Двор, в свою очередь, настаивал на приезде Чжу Ди в Нанкин для примирения. Все эти хитрости не могли обмануть ни одну из сторон, и переговоры не дали результатов.

В июне военные действия возобновились. Они вылились в столкновения отдельных отрядов, приносившие успех то одной, то другой стороне. Генеральных сражений не происходило. Кампания закончилась в ноябре 1401 года отводом мятежных войск на север. Чжу Ди сделал вывод, что для решающего успеха надо выбрать главное направление удара и не распылять силы. Этот план и был задействован.

5 января 1402 года армия северян выступила из Пекина и стала продвигаться на юг, не отвлекаясь на осаду отдельных городов и на стычки с мелкими отрядами противника. К маю она вышла к междуречью Хуанхэ и Янцзы. Потерпев поражение у города Дадянь и на реке Сяохэ, северяне быстро оправились и в битве при Линби (в провинции Аньхуэй) 28–29 мая разгромили крупную группировку правительственных войск. В этом сражении, где обе стороны применили пушки, сторонники Чжу Ди захватили в плен сразу несколько военачальников противника и среди них наиболее прославившегося в этой войне Пин Аня. Затем северяне беспрепятственно форсировали Хуанхэ и в двадцатых числах июня появились на северном берегу Янцзы, совсем недалеко от имперской столицы Нанкина.

Положение императорского двора было отчаянным. Резервы, вызванные из южных провинций страны, запаздывали. В окружении императора царило упадническое настроение. Выслав из столицы сановников, наказания которых потребовал Чжу Ди, двор тщетно пытался помириться с ним на любых условиях. Чжу Ди, предчувствуя близость окончательной победы, не поддавался никаким уговорам. Последней попыткой двора спасти положение был призыв к «чиновникам и народу» добровольно вступать в «армию верности государю». Но это было нереально и к тому же поздно.

3 июля 1402 года корабли мятежников с поднятыми флагами, под звуки флейт и бой барабанов форсировали Янцзы. Встретившая их на противоположном берегу армия Шэн Юна не устояла. Последний бой в 30 километрах от Нанкина дали северянам войска под командованием полководца Сюй Ху-эйцзу. Это несколько задержало движение Чжу Ди к столице. 9 июля к мятежному властителю прибыли посланцы двора Ли Цзинлун и начальник Военного ведомства, чтобы уговорить его поделить страну с императором. Когда же 13 июля северяне подошли к стенам Нанкина, Ли Цзинлун и один из удельных властителей открыли им крепостные ворота. Уличные бои были непродолжительны, но в ходе их загорелся императорский дворец. Император исчез. По одной версии, он сгорел во время пожара, по другой — бежал за море, по третьей — укрылся в одном из буддийских монастырей, не претендуя более на престол. Есть даже хроника его жизни в монашеской рясе, закончившейся, по мнению составителей, лишь в 1440 году — много лет спустя после смерти Чжу Ди. Так или иначе, престол оказался свободным. И хотя у исчезнувшего императора был законный малолетний наследник, Чжу Ди пренебрег этим и, «сокрушаясь» о неразумности пропавшего государя, после положенных трехдневных уговоров «согласился» занять трон.

В течение трех дней шла «зачистка двора»: казнили большую часть дворцовых служащих, не пожалев ни женщин, ни евнухов. Обвиненных во всем случившемся ближайших советников Чжу Юньвэня четвертовали вместе с родичами (с одним из них уничтожили 873 человека). Однако впоследствии Чжу Ди не был склонен к патологической жестокости. Но во время его царствования продолжала сохранять свою силу служба сыска и расправы, учрежденная еще отцом-основателем. В 1420 году она пополнилась еще одним «специальным» органом, названным Дунгуан, где трудились особо преданные евнухи. В целом же перемена на престоле не породила конфликтов в измученной трехлетней междоусобицей стране, и Чжу Ди смог приступить к решению насущных задач управления страной.