Когда спасатели смогли добраться до носовой кабины и взломать ее, то они обнаружили безжизненное тело Мёльдерса. Он был уже мертв – у него был перелом позвоночника и сильный ушиб грудной клетки. Возможно, он остался бы жив, если бы воспользовался привязными ремнями. Пилот «Хейнкеля» обер-лейтенант Колбе, пристегнутый ремнями, был еще жив, когда его вытащили из-под обломков, но по дороге в госпиталь он скончался. Погиб также и бортмеханик обер-фельдфебель Хоббе. Майор Венцель, получив тяжелое сотрясение мозга и несколько переломов рук и ног, остался жив. Пережил аварию и бортрадист Тенц, отделавшийся лишь переломом лодыжки.

После трагической гибели Мёльдерса в Германии объявили национальный траур. В тот же день JG51, которую он ранее возглавлял, получила почетное наименование «Мёльдерс». 25 ноября траурный поезд доставил гроб с его телом из Бреслау в Берлин.

28 ноября 1941 г. в 11.00 началась церемония похорон, имевшая государственный статус. Лафет с гробом сопровождал почетный караул из лучших пилотов Люфтваффе – Адольфа Галланда, Йоахима Мюнхенберга, Вольфганга Фалька, Гюнтера Лютцова, Вальтера Оесау, Йоханна Шалка, Герберта Камински и Карла-Готтфрида Нордманна, а вслед за ним шел Геринг. На протяжении всего пути к кладбищу на тротуарах стояли десятки тысяч людей, отдавая последние почести Мёльдерсу. Он был похоронен на кладбище Инвалидов, на котором уже покоились легендарные немецкие летчики и асы Первой мировой войны Манфред фон Рихтхофен и Эрнст Удет. Батареи 88-мм зенитных орудий, размещавшиеся в парке Тиргартен, дали прощальный салют.

Вернер Мельдерс, несомненно, был одним из самых известных военных в Германии. По популярности с ним тогда могли сравниться, пожалуй, лишь командир подлодки U-47 капитан-лейтенант Гюнтер Прин, прославившийся дерзким проникновением на британскую военно-морскую базу Скапа-Флоу и потоплением линкора «Ройал Оак», и генерал-оберст Эрвин Роммель, отличившийся в ходе боев в Северной Африке. Его смерть вызвала у немцев искреннюю скорбь. Для простых людей было что-то странное в загадочной смерти Удета, ведь официально сообщили, что тот погиб при испытаниях нового самолета, и последовавшей сразу же вслед за ней трагической гибели Мёльдерса.

Как это нередко бывает, уже вскоре по стране поползли самые различные слухи. При этом часть из них имела явно антинацистскую направленность. Так, говорили, что катастрофа была организована службой СС, что Мёльдерс был еще жив, когда его нашли в разбившемся самолете, и что только потом он был убит эсэсовцами.

Также утверждалось, что Мёльдерс якобы вообще не погиб, а попал в концлагерь за свои убеждения. Было общеизвестно, что он отвергал муштру и бездумное повиновение и, будучи убежденным католиком, даже на войне стремился блюсти основные христианские принципы. Это прямо противоречило нацистской идеологии, подразумевавшей слепое повиновение не только вождю – фюреру, но и вообще – власти. Руководство Третьего рейха отвергало христианство, считая его принципы сострадания и любви к ближнему опасными «не германскими» идеями. Гитлер говорил, что христианство – это религия, защищающая слабых и униженных, заставляющая людей «гнуть спину по звуку церковного колокола и ползти к кресту чужого Бога». Он призывал создать новую германскую религию: «Или у нас будет германский бог, или не будет никакого. Мы не можем преклонять колени перед всеобщим богом, который уделяет больше внимания французам, чем нам. Мы, немцы, были оставлены христианским богом на произвол судьбы. Он несправедлив, и потому мы терпели поражения, что верили ему, а не нашему, германскому, богу».

Несмотря на то что еще 20 июля 1933 г., через полгода после своего прихода к власти, Гитлер заключил с католической церковью договор, гарантировавший неприкосновенность католической веры и сохранявший все права католиков, нацисты затем закрыли церковные школы и конфисковали церковную собственность. Пасторам была ограничена возможность проповедовать, многие из них подвергались преследованиям за свои убеждения, вплоть до обвинения в измене и смертной казни.

Как бы в подтверждение этих слухов, с января 1942 г. по католическим и протестантским костелам Германии стало распространяться письмо, которое Мёльдерс якобы написал незадолго до своей гибели католическому пастору Йосту из Штеттина. Оно содержало явное признание им католической церкви и ее идеалов, и у многих не было никаких сомнений в подлинности этого письма. Оно копировалось и распространялось верующими, его оглашали во время церковных служб.

Дело приняло такой размах, что к определению подлинности письма подключилась тайная политическая полиция – гестапо. В ходе официального расследования мать Мёльдерса заявила, что оно написано не в стиле ее сына, и посему Вернер не может быть его автором. 21 февраля также было объявлено, что никакого пастора Йоста не существует, а священники из Штеттина заявили, что никогда не были лично знакомы с Мёльдерсом и никогда не получали от него писем. Письмо официально объявили фальшивкой.

Гестапо принимало энергичные меры, чтобы не допустить его распространения. Так, например, только в апреле того же 42-го года полиция Нюрнберга выявила 18 священников, читавших это письмо в ходе богослужений, а также 26 верующих, распространявших его.

Однако как раз усердие, с которым власти доказывали, что письмо является подлогом, рождало все новые слухи о причинах гибели Мёльдерса. Стали говорить, что тот отказался участвовать в боях в знак протеста против враждебных действий нацистских властей по отношению к церкви. Утверждалось, что он погиб в результате акции СС, так как активно выступал против преследования епископа Мюнстерского Клеменса Августа графа фон Галена, который был очень критично настроен к правящему режиму. Еще в 1933 г. он обратился к верующим с посланием, осуждающим нацистскую расовую теорию, а потом в 1941 г. публично осудил применявшуюся нацистами эвтаназию (уничтожение смертельно больных заключенных).

В последнем была значительная доля истины. Согласно дневнику Генриха Портманна, капеллана и секретаря фон Галена, Мёльдерс встречался с епископом. На встрече он сказал, что откажется от всех своих наград, если обвинения, высказанные фон Галеном в отношении эвтаназии, подтвердятся. Кроме того, Портманн писал, что после вручения Бриллиантов фюрер спросил Мёльдерса, есть ли у того какие-либо пожелания. На что последний якобы ответил: «Пожалуйста, оставьте епископа Мюнстерского в покое», и что Гитлер уверил его: «Да ничего не случится с епископом Мюнстерским».

Теперь можно с уверенностью утверждать, что большей частью все эти слухи были инспирированы британской разведкой. Англичане, прекрасно осведомленные о том, что Мёльдерс был искренним католиком, не преминули воспользоваться его трагической гибелью как удобным случаем для усиления антинацистских настроений внутри Рейха. В пропагандистских радиопередачах на Германию англичане прямо утверждали, что виновником смерти Мёльдерса был глава СС Генрих Гиммлер.

Вопрос о подлинности упомянутого выше письма окончательно разрешился только после войны. В своих мемуарах Дэнис Сефтон Демлер, который в годы войны работал в департаменте политической разведки министерства иностранных дел Великобритании и занимался организацией подрывной пропагандистской деятельности против Третьего рейха, признал, что «письмо Мёльдерса» было делом рук его ведомства. Кстати, в начале 30-х годов ХХ века Демлер приятельствовал с руководителем нацистских штурмовых отрядов Эрнстом Рёмом и благодаря его помощи в 1932 г. стал первым британским журналистом, взявшим интервью у Гитлера.