Путаница эта умножалась еще и тем, что Управление военных сообщений (УВС),[701]первым начальником которого во время войны был генерал-лейтенант технических войск Н. И. Трубецкой, в июле 1941 года замененный военным инженером 1-го ранга И. В. Ковалевым, тоже отвечало за надзор над сетью железных дорог, используемой для военных целей.

Эта путаница не прекратилась и с началом войны. Например, 1 августа ГКО создал в системе НКО Главное управление тыла Красной Армии с собственным начальником, переименовал УВС в Управление военных сообщений или УП ВОСО[702]и подчинил ВОСО новому главному управлению.[703]И лишь 3 января 1943 года ГКО наконец издал приказ, призванный положить конец этой путанице. Теперь все железнодорожные войска переходили в ведение Народного Комиссариата Путей Сообщения (НКПС).[704]

Накануне войны НКО сводил свои отдельные железнодорожные полки и батальоны в полные железнодорожные бригады — процесс, начатый им в феврале 1941 года. К июню уже было создано 13 новых железнодорожных бригад, каждая из которых состояла из трех железнодорожно-путевых батальонов, мостового батальона и отдельной железнодорожно-эксплуатационной роты.[705]Когда началась немецкая операция «Барбаросса», 10 из этих бригад поддерживали железнодорожное сообщение с западными военными округами и внутри них.[706]

Во время войны железнодорожные бригады отвечали за охрану сосредоточения и развертывания войск первого стратегического эшелона Красной Армии, а после мобилизации — за эвакуацию подвижного состава и наиболее важных военных сооружений, ремонт и реконструкцию железнодорожных путей для поддержки наступательный операций армии, а также возведение препятствий и недопущение использования противником железнодорожных путей. Хотя возложенный на их плечи тяжелый груз работ держал эти бригады в состоянии повышенной боеготовности, все они страдали от острой нехватки грузовиков и другого транспорта. Вдобавок на всех прифронтовых участках пропускная способность железных дорог по советскую сторону границы была намного меньшей, чем на немецкой, финской и румынской сторонах.[707]

Стремительное наступление вермахта в ходе операции «Барбаросса» не только уничтожило множество железнодорожных путей и мостов, но и нанесло тяжелый урон развернутым в первом эшелоне железнодорожным бригадам Красной Армии. Уцелевшие железнодорожные войска были вынуждены сражаться в качестве пехоты, что сильно расстроило их сосредоточение и мобилизацию дополнительных железнодорожных структур.

Чтобы восстановить после этой катастрофы порядок на оставшихся железных дорогах, ГКО в сентябре 1941 года приказал НКПС учредить Военно-восстановительное управление и сформировать новые восстановительные службы, обязанные заниматься ремонтно-восстановительными работами в тылу всех действующих фронтов и армий. Всего было сформировано 19 таких служб, которые ведали всеми восстановительными войсками в пределах их юрисдикции.[708]

3 января 1942 года ГКО сделал еще один шаг к рационализации строительных, восстановительных и ремонтных работ на железных дорогах, возложив на НКПС ответственность за все эти работы — как в зоне боевых действий, так и в тылу действующих фронтов. Он потребовал от НКПС назначить своих представителей во все фронты, где те стали официальными членами фронтовых управлений. Вместе с командующими фронтами эти представители отвечали за надзор над всеми железнодорожными работами в пределах зоны ответственности своего фронта. Кроме того, ГКО потребовал от Главного управления по формированию и комплектованию войск Красной Армии при НКО сформировать пять железнодорожных бригад, 20 железнодорожных батальонов, пять мостовых батальонов, шесть отдельных батальонов механизации работ, 11 отдельных эксплуатационных рот и два отдельных резервных железнодорожных полка, передав их в ведение НКПС.[709]

Еще позже, в начале 1943 года, НКПС реорганизовал все свои железнодорожные войска в бригады, состоящие из штаба, четырех путевых батальонов, в каждый из которых входили особые команды по разведке состояния железных дорог, а также одного мостового батальона, одного батальона механизации и эксплуатационной роты — при полной численности бригады примерно в 2500 человек.

На протяжении всего остального 1943 года НКО усилил каждую бригаду ротой восстановления путей сообщения, позже развернутой до полного батальона, ротой восстановления водоснабжения и, наконец, частями по восстановлению мостов, отдельной плотничной ротой и отдельной подъемно-крановой ротой. Эти изменения увеличили численность каждой бригады до 3000 человек. В конечном итоге НКПС сформировал на протяжении всего периода войны 35 железнодорожных бригад.