Направление МиГ-23 в ВВС 40-й армии организовывалось по сложившейся в истребительной авиации схеме: чтобы не оголять полностью аэродром базирования, принимавший эстафету полк на год командировал две сборные эскадрильи, которые комплектовались наиболее опытными летчиками, обычно не ниже 1-го и 2-го классов (правда, и здесь бывало по-всякому — организация иной раз происходила с чисто военной внезапностью и на войну случалось отправляться даже только что выпущенным из училища первогодкам). Одна эскадрилья оставалась дома и числившиеся в ней молодые летчики продолжали заниматься боевой учебой, набираясь опыта. По очевидным причинам на это время полк с боевого дежурства снимался. Находившийся в Афганистане полк, однако же, доводился до штатной трехэскадрильной структуры. Дополнявшая полк до штатного состава третья эскадрилья, также на МиГ-23, привлекалась из другой части, находившейся подчас за много километров и в составе другого объединения. Она прикомандировывалась к основному составу, причем по истечении годичного срока ее сменяла эскадрилья оттуда же. Такая организация преследовала отнюдь не обеспечение принятой полковой структуры, но определялись условиями базирования: в Афганистане имелись всего три аэродрома, пригодных к базирования боевых самолетов — Баграм, Шинданд и Кандагар (и без того занятый международный аэропорт Кабула использовался лишь периодически), и на каждом из них размещалось по одной эскадрилье истребителей.

МиГ-23МЛД из состава 979-го иап взлетает на удар. Аэродром Канадагар, лето 1987 года

Дислокация истребительной авиации на авиабазах обеспечивала не только равномерное распределение сил для контроля за окружающей территорией на востоке, западе и юге страны, но и прикрытие ДРА с угрожаемых направлений: истребители Баграма обеспечивали ПВО со стороны Пакистана, Кандагара — с юга страны, и Шинданда — вдоль иранской границы. С этой целью в соответствии с Приказом Минобороны от 1982 года № 00140 и совместным Приказом Главкомов ПВО и ВВС от 1983 года № 08/01 на афганских аэродромах было организовано боевое дежурство. На каждом из трех аэродромов выделялось звено истребителей, в котором один летчик находился во 2-й готовности, оставаясь рядом с самолетом в пятиминутной готовности к вылету, второй — в 3-й готовности, и еще двое — в тридцатиминутной. Обычно два самолета из дежурного звена несли вооружение для перехвата воздушных целей, а два других — для атаки наземных объектов на случай экстренного вылета по вызову на поддержку своих войск.

При необходимости осуществлялся маневр силами между аэродромами, и в нужном месте при проведении операции сосредотачивалось необходимое количество машин. Основной базой истребительной авиации служила хорошо оборудованная и обустроенная Баграмская авиабаза, наиболее близкая к штабу ВВС и руководству 40-й армии в Кабуле, откуда осуществлялось руководство и координация. В Баграме находились управление полка и ТЭЧ, куда для выполнения регламентных работ и ремонтов пригонялись истребители из Шинданда и Кандагара. Организация работы требовала слаженности не только разведывательного и оперативного отделов штаба; не менее хлопотным становилось обеспечение боеготовности ИАС даже в отношении планирования, ведь необходимые по регламенту и достаточно объемные 100- и 200-часовые работы на полусотне истребителей, требовавшиеся для обеспечения их надежной эксплуатации, при крайне высокой интенсивности работы требовалось производить уже через пару месяцев службы на новом месте!

В середине июля 1984 года в Афганистан были переброшены МиГ-23МЛД 905-го иап ВВС САВО из Талды-Кургана, которым командовал полковник Е. Передера. Полк, первым в южных округах получивший в 1979–1980 гг. машины этой модификации, располагал истребителями 19, 20 и 21 серий и имел достаточный опыт их эксплуатации. Две его эскадрильи разместили в Баграме и Шинданде. Третью, кандагарскую эскадрилью, составили 14 МиГ-23МЛ и МЛД, а также 2 МиГ-23УБ, привлеченные из 982-го иап ВВС ЗакВО из грузинского Вазиани.

Установка блоков БП-50–60 с тепловыми ловушками на центроплане МиГ-23МЛД

МиГ-23МЛД 190-го иап из Канатово — самолет, отличавшийся «пустынной» окраской в песочно-коричневых тонах

Перед посылкой в ДРА МиГ-23 (в том числе и «спарки») в обязательном порядке проходили оборудование блоками выброса помех БП-50–60 для защиты от зенитных ракет — по четыре кассеты с патронами ИК-ловушек ЛО-43 или ЛО-51 на центроплане. Такой патрон калибром 50 мм почти килограммового веса был много эффективнее прежних небольших ловушек ППИ-26, использовавшихся на Су-17 и МиГ-21. Каждая килограммовая ловушка с термитным составом давала в течение 5–9 секунд яркий огненный шар с температурой до 2200 °C, на который перенацеливались тепловые самонаводящиеся головки ракет. Патроны отстреливались сериями с заданным интервалом с нажатием на боевую кнопку при атаке, а также при взлете и посадке, когда самолет был ограничен в скорости и маневре, и пролете опасных районов, особенно на малых высотах. Помимо центропланных кассет на 60 патронов (отсюда и название — 60 «помех» с автоматом постановки АПП-50), ловушки размещались в доработанном пилоне подфюзеляжного бака ПТБ-800. В его переднем и заднем удлиненных обтекателях содержалось еще 16 патронов, направляющие которых монтировались с раствором в стороны от вертикали.

Проводилась также доработка системы запуска двигателя, повышавшая надежность работы в жару, и регулировка ограничений температуры газов за турбиной для увеличения тяги.

МиГ-23МЛ щучинского 979-го иап в дежурном звене Баграма. Рядом наготове стоит АПА-5Д для запуска двигателей самолетов

МиГ-23 пришлось вступить в бой в самый тяжелый период войны. Масштабы и число операций в 1984 году достигли максимума, под стать им были объемы и напряжение работы авиации. Только на летний период планировалось 22 армейских операции — почти вдвое больше, чем в предыдущем году, однако ситуация потребовала проведения 40-й армией еще 19 прежде не предусматривавшихся крупных оперативных мероприятий. Наиболее масштабными из них стали очередная Панджшерская и внеплановая Гератская операции, проводившиеся с привлечением беспрецедентных сил и средств. Год стал пиковым по числу погибших солдат и офицеров, в полтора раза подскочило и количество боевых потерь в ВВС, составив 10 боевых самолетов и 45 вертолетов (по данным штаба ВВС ТуркВО; по данным ГШ ВС и с учетом прочих потерь небоевого характера — 17 самолетов и 49 вертолетов). Среди них, однако, не было ни одного МиГ-23, несмотря на их участие в крупных и сложных операциях.