23 апреля 1940 г. в войска была направлена директива наркома обороны № 177122, в соответствии с которой требовалось с 1 по 15 июня 1940 г. произвести смену войск, находящихся в Прибалтике с осени 1939 г. Нарком обороны маршал Советского Союза С. Тимошенко 2 мая 1940 г. докладывал в ЦК ВКП(б) и Комитет Обороны при СНК СССР о переносе ротации на период с 1 по 15 июля и называл конкретные готовящиеся на смену части. Предполагалось направить в Эстонию 90-ю стрелковую дивизию, 13-ю танковую бригаду, 77-й отдельный механизированный отряд, 23-й отдельный батальон связи, 38-й корпусной зенитный артдивизион, 11-й дальнебомбардировочный, 10-й среднебомбардировочный и 7-й истребительный авиаполки, 420-й и 470-й автотранспортные батальоны. В Латвию — 48-ю стрелковую дивизию, 1-ю танковую бригаду, 8-й танковый полк, 54-й отдельный батальон связи, 12-й корпусной зенитный артдивизион и 633-й автотранспортный батальон. В Литву — 27-ю стрелковую дивизию, 27-ю танковую бригаду, 30-й отдельный батальон связи, корпусной зенитный артдивизион, 31-й истребительный авиаполк и автотранспортный батальон{113}.

5 мая 1940 г. начальник Политуправления Красной Армии армейский комиссар 1-го ранга Л. Мехлис направил начальникам Политуправлений ЛВО, КалВО и Белорусского особого военного округа (БОВО) «План политзанятий с красноармейцами и младшими командирами в частях, предназначенных для отправки в Прибалтийские страны», к выполнению которого следовало приступить немедленно. В докладе начальника Политуправления ЛВО дивизионного комиссара Горохова от 27 мая сообщалось о ходе подготовки войск, которая в основном должна была завершиться к 1 июня{114}.

24 мая 1940 г. советский полпред в Литве сообщил в Москву, что 24 апреля и 18 мая из советских частей, расположенных в Литве, сбежали два красноармейца: Носов и Шмавгонец, которые разыскивались по линии военного командования. Уже на следующий день Молотов вызвал литовского посланника в Москве Наткявичуса и заявил ему, что «исчезновение этих военнослужащих организуется некоторыми лицами, пользующимися покровительством органов Литовского правительства». Обвинив литовское правительство в провокациях, Молотов потребовал прекратить их, разыскать пропавших солдат и вернуть в части, выразив надежду советского правительства, что Литва «пойдет навстречу его предложениям и не вынудит его к другим мероприятиям». Литовская сторона серьезно отнеслась к демаршу советского руководства и уже 26 мая выразила «готовность немедленно произвести самое подробное расследование», для облегчения которого просила советское правительство сообщить «имеющиеся в его распоряжении данные».

27 мая стало ясно, что военнослужащие уже вернулись в части, но предложение литовской стороны о совместном допросе для ускорения расследования было отклонено советской стороной под предлогом истощения обоих военнослужащих{115}. Любопытно, что при обсуждении этой проблемы все время назывались новые фамилии красноармейцев. Не исключено, что советская сторона не имела четкого учета военнослужащих. Интересно отметить, что красноармейцы действительно пропадали из расположенных в Литве частей. 30 мая 1940 г. в газете «Известия» было опубликовано «Сообщение НКИД о провокационных действиях литовских властей», в котором перечислялись случаи исчезновения красноармейцев из расположенных в Литве частей и вся ответственность за это возлагалась на литовскую сторону. 1 июня литовский посланник в Москве вновь пытался склонить советскую сторону к тщательному расследованию этих обвинений, но Молотов опять не поддержал эту идею. Советское полпредство в Литве 2—3 июня обращало внимание Москвы на стремление литовского правительства «предаться в руки Германии», активизацию «деятельности пятой германской колонны и вооружение членов союза стрелков», подготовку к мобилизации. Все это разоблачает «подлинные намерения литовских правящих кругов», которые в случае урегулирования конфликта лишь усилят «свою линию против договора, перейдя к «деловому» сговору с Германией, выжидая только удобный момент для прямого удара по советским гарнизонам»{116}. По мере развития дипломатического конфликта начались и прямые советские военные приготовления. К лету 1940 г. в Прибалтике размещались следующие советские войска. В Эстонии находились управление 65-го особого стрелкового корпуса, 123-й отдельный батальон связи, 11-й корпусной зенитный артдивизион, 16-я стрелковая дивизия, 18-я легкая танковая бригада, 5-й мотомеханизированный отряд, 414-й, 415-й автотранспортные батальоны. Особая группа ВВС в составе 35-го, 52-го среднебомбардировочных, 7-го, 53-го дальнебомбардировочных, 15-го, 38-го истребительных авиаполков и другие части. В Латвии были развернуты управление 2-го отдельного стрелкового корпуса, 10-й отдельный батальон связи, 86-й корпусной зенитный артдивизион, 67-я стрелковая дивизия, 6-я легкая танковая бригада, 10-й танковый полк, 18-я авиабригада в составе 31-го среднебомбардировочного, 21-го и 148-го истребительных авиаполков, 640-й автотранспортный батальон и другие части. В Литве располагались управление 16-го отдельного стрелкового корпуса, 46-я отдельная рота связи, 19-й корпусной зенитный артдивизион, 5-я стрелковая дивизия, 2-я легкая танковая бригада, 54-й среднебомбардировочный и 10-й истребительный отдельные авиаполки, 641-й автотранспортный батальон и другие части. Всего войска насчитывали 66 946 человек, 1630 орудий и минометов, 1065 танков, 150 бронемашин, 5579 автомашин и 526 самолетов{117}.

Согласно приказу наркома обороны № 0028 от 3 июня 1940 г., войска, размещенные на территории Прибалтики, с 5 июня исключались из состава ПВО, КалВО и БОВО и переходили в непосредственное подчинение наркома обороны через его заместителя командарма 2-го ранга А. Локтионова. В тот же день был издан Указ Президиума Верховного Совета СССР, согласно которому «в связи со сложной международной обстановкой» предписывалось «задержать в рядах Красной Армии красноармейцев 3-го года службы до 1 января 1941 г». и «до особого распоряжения призванный… командный и начальствующий состав запаса». 4—7 июня 1940 г. войска ПВО, КалВО и БОВО были подняты по тревоге и начали под видом учений сосредоточение к границам прибалтийских государств, одновременно в состояние боевой готовности были приведены советские гарнизоны в Прибалтике. 8 июня Локтионов получил приказ подготовить дислоцированные там советские авиачасти к возможным боевым действиям, усилить охрану аэродромов и подготовить их к обороне и приему посадочных десантов. Авиаполки должны были быть готовы к действиям по аэродромам и войскам противника и к перегруппировке на более защищенные советскими войсками аэродромы{118}.

Вечером 8 июня в городе Лида состоялось секретное совещание командного состава поднятых по тревоге войск БОВО, на котором заместитель командующего войсками округа генерал-лейтенант Ф. Кузнецов (он же командующий 11-й армией) информировал собравшихся о «возможных действиях против Литвы». Там же 11 июня с 13 до 16 часов проходило новое совещание с участием накануне вступившего в командование войсками БОВО генерал-полковника Д. Павлова, изложившего план боевых действий и задачи войск, которые должны были нанести стремительное поражение литовской армии, не допустить ее отхода в Восточную Пруссию и за 3—4 дня занять Литву. Согласно боевому приказу № 002/оп от 12 июня войска 11-й армии совместно с частями особого 16-го стрелкового корпуса должны были окружить и уничтожить противника в районе Каунаса. Расквартированному в Литве особому 16-му стрелковому корпусу ставилась задача удержать районы своей дислокации, захватить основные мосты на реках Неман и Нярис и обеспечить высадку 214-й воздушно-десантной бригады в 5 км южнее железнодорожной станции Гайжуны, где предполагалось десантировать 935 человек. Совместно с частями 16-го стрелкового корпуса десантники должны были захватить основные объекты Каунаса, на аэродром которого было бы переброшено еще 475 десантников. Подготовку операции предполагалось завершить к утру 15 июня. 13 июня войсками была получена директива Политуправления РККА, которая должна была обеспечить политическое обоснование планируемых действий.