В начале войны работа ВЧК также являлась малоэффективной, т.к. местные ЧК только создавались, по-разному понимали свои задачи, имели разные названия и различную организационную структуру, использовали разные методы работы, кроме агентурных.

В первые месяцы своего существования ВЧК намеревалась обойтись без секретных сотрудников, приняв 18 марта 1918 года постановление «О недопустимости пользования провокацией в работе ВЧК». Однако очень скоро она столкнулась с необходимостью создания агентуры, и уже 28 апреля комиссия приняла решение об организации агентурно-оперативной работы на наиболее важных железнодорожных узлах. На состоявшейся в июне 1-й Всероссийской конференции чрезвычайных комиссий делегаты приняли инструкции, регламентировавших деятельность органов ЧК по созданию и использованию агентурного аппарата. Чекистам понадобилось некоторое время для создания агентурного аппарата, овладения навыками работы с агентурой. Поэтому первые антибольшевистские заговоры ВЧК удалось раскрыть в основном благодаря помощи населения, неопытности в вопросах конспирации членов контрреволюционных организаций и случайного стечения обстоятельств. «В 1918 г., по неполным данным, ЧК раскрыли 160 антибольшевистских организаций (25 — кадетских, 26 — эсеровских, 5 — левоэсеровских, 15 — меньшевистских, 68 — “черносотенных” и т.д.), — пишет историк С.В. Леонов. — Чекисты начали приобретать “вкус” к раскрытию конспиративных организаций. Но им удалось ликвидировать лишь меньшую часть таких организаций, действовавших тогда в Советской России». Только в 1919 году чекисты смогли разгромить такие крупные подпольные организации, как «Национальный центр», «Правый центр», «Тактический центр» и другие. Здесь надо принять во внимание и полученный руководителями и оперативными сотрудниками опыт работы, и развернутый большевиками террор, с помощью которого властям удалось подавить сопротивление не согласных с их политикой подпольных организаций и центров.

Привлечение к работе специалистов царского режима, увеличение финансирования со временем позволили органам ВЧК действовать более результативно, что признавали даже противники советской власти.

Советская Россия не только защищала свой тыл от проникновения агентуры противника, но и сама организовывала на территориях, занятых белыми армиями, восстания, мятежи, забастовки, диверсии, операции разведывательного и контрразведывательного характера. Специальными методами ведения войны в РСФСР занимались три структуры: партийные органы, ВЧК и разведка Красной армии.

Серьезную опасность для белогвардейских режимов представляло руководимое из Москвы большевистское подполье. С осени 1918 года подпольной работой на Дону и Кубани руководило Донское бюро РКП(б). В декабре того же года было организовано Сибирское бюро РКП(б). Весной 1919 года ЦК РКП(б) руководство подпольной работой и партизанским движением на Северном Кавказе, Тереке и Дагестане поручил Кавказскому краевому комитету, Северо-Кавказскому областному комитету и РВС 11-й армии. Летом 1919 года стало действовать Зафронтовое бюро ЦК КП(б)У. Весной 1920 года для разложений войск Русской армии генерала П.Н. Врангеля был создан Закордонный отдел ЦК КП(б)У. На Севере и Северо-Западе в 1918—1919 гг. подпольную работу вели Центральная федерация иностранных групп (ЦФИГ) при ЦК РКП(б), Северный областной комитет РКП(б), Петроградский комитет партии, Архангельский, Волгоградский, Северо-Двинский губернские комитеты и военные политические органы. Обладавшие значительными денежными средствами партийные эмиссары создали в тылу белых подпольные организации, которые, используя недовольство населения политикой властей, организовали вооруженные восстания, руководили партизанским движением, осуществляли диверсии и саботаж. Умело проводимая агитация среди насильно мобилизованных в армию крестьян способствовала массовому дезертирству или переходу солдат на сторону красных и тем самым сильно подрывала боеспособность белых армий. Например, после успешной работы агитаторов 31 января 1919 года в районе станицы Алексеевской к противнику перешли 23-й, 24-й, 26-й, 27-й и 39-й казачьи полки. Подобные факты случались не единожды как на Юге России, так и в других регионах. Иногда переходы носили массовый характер, серьезно подрывая боеспособность войск. Большевики знали, что от надежности армии, ее лояльности к власти напрямую зависела судьба белогвардейской государственности.

Некоторые разведывательно-подрывные акции партийно-политические структуры проводили совместно со спецслужбами — военной разведкой РККА и ВЧК. Например, только за 1919 год чекисты Украины совместно с партийными органами направили для подпольной работы в тылу деникинских войск около 800 коммунистов.

Но сама чекистская разведка «…была слаба, разрозненна и малоуспешна, — пишет С.В. Леонов. — Дело объясняется не только тем, что в начале 1919 г. агентурная разведка была передана регистрационному управлению РВСР, а Особый отдел ВЧК фактически свернул внешнюю контрразведку и лишь с конца 1919 г. по инициативе с мест начались попытки ее воссоздания. Разведке просто не уделялось серьезного внимания. Сказывался и острый дефицит квалифицированных кадров, и явное противоречие “тонкого” механизма разведки и “грубых” методов, преобладавших в работе чекистов. Хотя и в Красной армии разведка тоже не являлась сильной стороной, но все же, используя имеющиеся традиции, военные смогли довольно быстро создать относительно развитой аппарат, отражавший не только текущие потребности армии, но в какой-то мере и стратегические интересы республики на Евразийском континенте…»

Судя по другим исследованиям, а также документам, военная разведка красных лишь во второй половине Гражданской войны смогла регулярно обеспечивать командование секретными сведениями военного характера о противнике. Наглядным свидетельством тому являются еженедельные агентурные сводки.

Активную наступательную позицию занимала Советская Россия на международной арене, обращая существующие в антибольшевистском лагере противоречия в свою пользу. Через Коминтерн ей удалось оказать давление на правительства ряда зарубежных стран, в том числе и «революционными средствами», для прекращения интервенции в России. Правящие круги западных стран смогли подавить революционные выступления и тем самым сорвать глобальные планы Москвы в отношении мировой революции. Однако они были не в состоянии помешать косвенной поддержке большевизма, выражавшейся в массовых выступлениях трудящихся под лозунгом «Руки прочь от Советской России!».

Таким образом, международная поддержка большевиков стала важным фактором, подорвавшим единство действий стран Антанты, ослабившим силу военного натиска на Советскую Россию.

Стратегическая белогвардейская разведка внимательно наблюдала за активной международной деятельностью большевиков, обеспечивая высшее военно-политическое руководство соответствующей информацией, однако активного противодействия противнику она оказать не смогла.

В результате наступательной позиции Советской России на международной арене, активно использовавшей в свою пользу существовавшие в антантовском блоке противоречия, антисоветским силам не удалось организовать против нее общего наступления. С признанием странами Антанты и другими государствами РСФСР белогвардейские режимы лишались серьезной политической и военной поддержки, что предопределило их поражение.