В 1899 году секретарь Общества поощрения художеств Николай Петрович Собко, историк русского искусства и библиограф, предложил руководству Общества назначить Н.К. Рериха своим помощником и тем самым оградить молодого сотрудника от непрерывных нападок М.П. Боткина.

Как и ранее, Николай Константинович работал сразу по нескольким направлениям одновременно. Кроме службы в Музее Общества поощрения художеств он продолжал принимать заметное участие во многих начинаниях Русского археологического общества. Испытывая интерес к Востоку, он посещал заседания славянского отделения и восточного отдела. Этот отдел возглавлял с 1885 года Виктор Романович Розен — известный русский востоковед-арабист, академик Петербургской Академии наук, почетный член Императорского Православного Палестинского общества.

На заседаниях востоковедов состоялось знакомство Н.К. Рериха с известным египтологом Б. А. Тураевым, о котором сохранились самые теплые воспоминания: "Как и многим ученым, Тураеву жилось нелегко, но эти трудности тонули в океане научного энтузиазма. Именно энтузиазм познавания удержал Тураева на высокой бесспорной стезе исследователя".

Николай Константинович в летние месяцы проводил археологические изыскания. Многолетние наблюдения, накопленные за время археологических работ, легли в основу курса лекций "Художественная техника в применении к археологии", прочитанных им в качестве внештатного преподавателя в Археологическом институте. В самой первой лекции Н.К. Рерихом были затронуты вопросы об отношении искусства к археологии. Им приводились примеры из творчества Леонардо да Винчи, Микеланджело, мнения Л.Н. Толстого и Джона Рескина, подкрепляющие его заключения об органической связи науки и искусства. Среди основных выводов он указывал на ответственность художника перед обществом: "При современном реальном направлении искусства значение археологии для исторического изображения растет с каждой минутой. Для того чтобы историческая картина производила впечатление, необходимо, чтобы она переносила зрителя в минувшую эпоху; для этого же художнику нельзя выдумывать и фантазировать, надеясь на неподготовленность зрителей, а в самом деле надо изучать древнюю жизнь, как только возможно проникаться ею, пропитываться насквозь".

Летом 1899 года Николай Константинович в качестве преподавателя Императорского археологического института получил в Императорской археологической комиссии разрешение на проведение раскопок в Новгородской, Псковской и Тверской губерниях. Так он оказался в имении князя Павла Арсеньевича Путятина в городе Бологое Новгородской губернии. Князь Путятин, русский антрополог и этнограф, состоявший в браке с Е.В. Голенищевой-Кутузовой, в первом браке Митусовой, общественный деятель, коллекционер и археолог, автор более сорока трудов по антропологии, археологии, астрономии, востоковедению, искусству, неизменно содействовал проведению археологических раскопок на территории своих имений. Николай Константинович, командированный к Путятину, появился в его имении, когда князя не было в Бологом. Родственники Павла Арсеньевича, уже наслышанные об успехах молодого художника, пригласили Н.К. Рериха задержаться до возвращения хозяина. Трехдневная задержка в Бологом подарила Николаю Константиновичу неожиданную встречу с Еленой Ивановной Шапошниковой. Сохранились воспоминания Елены Ивановны о той памятной встрече с Н. Рерихом, изменившей судьбу их обоих, связав впоследствии узами счастливого брака:

"Сначала через окно прямо на балкон шагнула пыльная нога, или, вернее, пыльный сапог. Я подошла к окну, а Николай Константинович спрашивает:

— Здесь живет князь Путятин?

Я пошла в комнату своей тетки и говорю:

— Тетя, не то курьер, не то арендатор к тебе приехал.

Она велела мне обратиться к лакею, чтобы он провел его к ее мужу. Вечером за чаем выяснилось, что это археолог какой-то и его еще никто не видел. Узнав об этом, тетя сказала:

— Археолог, какое-то старье, положить его спать у князя в кабинет.

На другой день за завтраком гостя увидели, он оказался молоденьким, хорошеньким, и решили ему дать комнату для приезжих".

Имеется и эмоциональное дополнение к этим записям, воспоминания подруги Елены Ивановны той поры — Н.В. Шишкиной:

"Лето ее мать и она всегда проводили в имении князя Павла Арсеньевича Путятина, у ее тетки, станция Бологое Новгородской губернии, на берегу прекрасного озера двадцати двух километров в окружности. Сам князь П.А. Путятин был археолог, член "Общества археологов" в Петербурге. Новгородская губерния богата раскопками очень древних наслоений ископаемых. К нему часто наезжали другие археологи. Однажды вся семья Путятиных отправилась в свою деревенскую баньку, построенную тут же на краю парка, на берегу озера. Елена Ивановна первая вернулась и, проходя через переднюю, увидела в углу сидящего человека; она машинально взглянула на него и прошла мимо, приняв его за охотника или за одного из служащих князя Путятина. Сам П.А. Путятин был в это время в отъезде, тоже по делам раскопок, уехал на несколько дней. Она не очень большое внимание уделила сидящему ожидающему человеку, но этот скромно сидящий человек с огромным удивлением перед ее красотой поглядел на нее. Она шла с распущенными после мытья волосами, которые, как длинная пелерина, окутывали сверху донизу ее стан. Вернувшись из бани, вся семья села за стол в столовой ужинать, и тут только Елена Ивановна вспомнила о том, что в передней "сидит какой-то человек, приехавший, должно быть, по делу к дяде". Спохватились, пошли к нему, пригласили его к столу. Это был невзрачно одетый, в охотничьих высоких сапогах, куртке и фуражке, человек, очень скромно назвавший свою фамилию — Рерих. Из разговора выяснилось, что он и есть знаменитый уже в то время художник Рерих, чьи картины уже были в Третьяковской галерее в Москве и на выставках картин в Петербурге, и что приехал он к ним к старому князю-археологу по делам археологических раскопок, производимых в этой местности. Старик-князь задержался в пути, и несколько дней прогостил Рерих в их усадьбе в ожидании приезда князя.

И вот за эти несколько дней решилась вся судьба Елены Ивановны. Вот тот человек, которого так долго ожидала ее душа! Вот оно то вдохновение, которое она так давно искала! Любовь взаимная решила все!"

Николай Константинович, пока жил у Путятиных в Бологом, подробно поведал хозяевам о своем роде, историю которого он хорошо знал. В свою очередь ему была рассказана родословная Путятиных и Шапошниковых. И оказалось, фамилии Рерихов и Шапошниковых имеют много общего, будучи оба скандинавских корней.

Так, Елена Ивановна рассказывала о своих предках по линии отца — Шапошниковых: "Прадед отца моего приехал в Россию при Петре Великом. Во время посещения Петром Прибалтийского края прадед состоял бургомистром города Риги и преподнес Петру великолепную шапку Мономаха, шитую драгоценными камнями и отороченную бобром. Император остался доволен оказанным ему приемом и пригласил прадеда приехать в Россию и принять русское подданство с новым именем Шапошникова, намек на полученный дар. И тогда же император подарил прадеду свой походный кубок, вернее, серебряную стопу с привинченной ко дну походной чернильницей. При стоне была и жалованная грамота".