В 12.30 2 сентября советский полпред в Таллине К.Н. Никитин был приглашен к эстонскому министру иностранных дел К. Сельтеру, который заявил, что «правительство Эстонии хотело бы переключить свой торговый рынок на СССР, так как Балтийское море, вероятно, будет закрыто». Уже на следующий день советская сторона сообщила о своем согласии «серьезно увеличить размеры товарооборота между СССР и Эстонией» и о готовности приступить к переговорам об этом в Таллине или Москве по выбору эстонской стороны[123]. 6 сентября Эстония выразила удовлетворение по поводу советского ответа и предложила вести переговоры в Москве конфиденциально[124]. 12 сентября эстонская сторона передала советскому полпреду памятную записку, в которой сообщалось о желании Эстонии выяснить возможность замены эстонско-советского торгового протокола от 9 января 1939 г. новым соглашением. Таллин был готов предоставить Москве годичные контингенты на ввоз в Эстонию товаров на сумму 18 млн эстонских крон, при экспорте в СССР товаров на сумму 14 млн эстонских крон. Кроме того, эстонская сторона была заинтересована в транзите через территорию СССР[125]. Советско-эстонские экономические переговоры начались в Москве 14 сентября, а уже 19 сентября выработанный торговый договор был парафирован и его подписание было назначено на 22 сентября[126].

Тем временем советское руководство тщательно готовилось к решению политических проблем в связи с предстоящей операцией против Польши. Еще 15 сентября нарком Военно-морского флота направил Военному совету КБФ шифротелеграммы №№ 2984 и 2988 с приказанием с 16 сентября линкоры, крейсера, минные заградители и подводные лодки до особого указания не выводить западнее большого Кронштадтского рейда, а находящиеся в море вернуть в базы, где следовало установить боны и брандвахту. Флоту было приказано к рассвету 17 сентября подготовиться к противолодочной операции, которая должна была занять ориентировочно 3 суток. Поднять систему охраны водного района по военному времени, иметь в готовности торпедные катера, тральщики и миноносцы с глубинными бомбами. Организовать систематический поиск подводных лодок самолетами в районе восточный Гогландский плес, выходы из шхер, островной район, Капорский залив, Сескарский плес, Красногорский рейд. «Все подлодки, обнаруженные [в] территориальных водах [в] погруженном состоянии, – уничтожать всеми средствами. Обнаруженные в нейтральных водах, заставлять всплыть, применяя оружие». 1 сторожевой корабль и 1 миноносец следовало иметь в готовности для высылки в район обнаружения подводных лодок. Кораблям предписывалось осуществлять в плавании противолодочные маневры. Флоту следовало быть готовым к угрозе атак торпедных катеров и скрытой постановки мин противником. Кроме того, следовало начать подготовку расчетов минной постановки в районе Шепелев – Стирсуден, приказание о чем последует днем 16 сентября[127].

Соответственно 16 сентября Военный совет КБФ издал приказ № 1/оп: «Возможно ожидать появление подводных лодок иностранных государств с провокационными целями в восточной части Финского залива и в тер[риториальных] водах СССР. Для обнаружения и уничтожения подводных лодок в тер[риториальных] водах СССР с 6.00 17.09 начать систематический поиск подводных лодок в районе от Кронштадта до меридиана 27°, обеспечив особенно надежно Сескарский плес и Красногорский рейд. Все подводные лодки, обнаруженные в тер[риториальных] водах СССР, подлежат немедленному уничтожению, всеми боевыми средствами»[128].

Также Военный совет КБФ получил от наркома ВМФ шифротелеграмму № 3072: «Для обнаружения морских и воздушных сил иностранных государств и предупреждения флота о появлении их для обеспечения своевременного развертывания – ПРИКАЗЫВАЮ:» установить дальний дозор подводных лодок на меридиане Ханко, при выходе из Моонзунда, в районе Таллин – Хельсинки и дальний дозор самолетами до меридиана Таллин – Хельсинки. Ближний дозор подлодок следовало установить на опушке шхер, к востоку от меридиана Гогланд и при входе в Нарвский залив с запада и просматривать эти же районы авиаразведкой не более 2 раз в сутки. «Категорически запрещается нарушение территориальных вод кораблями и самолетами дозора. Оружие применять только в случае непосредственной угрозы нападения»[129]. 17 сентября КБФ (так же как Северный и Черноморский флоты) был приведен в боевую готовность № 1[130]. В составе КБФ имелось 2 линкора, 1 крейсер, 2 лидера, 9 больших эсминцев, 38 подводных лодок, 1 надводный минный заградитель, 16 сторожевых кораблей и тральщиков, 29 сторожевых и 62 торпедных катера. Кроме того, 2 больших миноносца, 8 подводных лодок, 4 тральщика и 1 канонерская лодка заканчивали приемные испытания перед включением в состав флота[131]. В сентябре 1939 г. в результате скрытой мобилизации корабельный состав КБФ пополнился 27 тральщиками и 56 буксирами и другими судами, а численность личного состава к 15 октября возросла до 61 105 человек[132].

Тем временем 14 сентября в Таллин зашла польская подводная лодка «Ожел», которая 15 сентября была интернирована эстонскими властями: у экипажа было отобрано личное оружие, изъяты морские карты, сняты замки орудий и выгружены 14 из 20 торпед. Однако в ночь на 18 сентября польские моряки, оставленные временно на судне под стражей, вероятно, по совету военно-морского атташе Англии, разоружили 2 эстонских часовых и в 3.30 утра самовольно вывели лодку в море. Эстонские береговые батареи обстреляли ее, а сторожевые суда пытались преследовать, но, погрузившись под воду, лодка ушла. С рассветом эстонские ВМС приступили к поиску польской подлодки[133]. В 9.15 18 сентября об этом инциденте было доложено в Москву, которая опасалась действий польских подводников против советского судоходства[134]. Вероятно, поступившая информация обсуждалась в 0.30–0.45 19 сентября в кабинете И.В. Сталина, где присутствовали члены Политбюро ЦК ВКП(б) председатель СНК СССР В.М. Молотов, секретарь ЦК и Ленинградского обкома и горкома ВКП(б) А.А. Жданов, а также нарком Военно-морского флота флагман флота 2-го ранга Н.Г. Кузнецов и его заместитель флагман флота 2-го ранга И.С. Исаков[135]. Уже в 3.24 19 сентября командующий КБФ получил от наркома Военно-морского флота шифротелеграмму № 3091/ш/сс: