В мае 1918 года в России вспыхнул мятеж белочехов, активно поддержанный Антантой. Захватив 25 мая Транссибирскую магистраль от Казани до Владивостока, бывшие чешские военнопленные, которым советское правительство разрешило возвратиться на Родину через Дальний Восток, выступили с оружием в руках против своих вчерашних союзников. В Поволжье и на Урале они свергли советское правительство, арестовали и расстреляли коммунистов из местных органов власти. В Омске адмирал Колчак сверг власть Советов, объявил себя Верховным правителем России и назначил временное Сибирское правительство.

8 июня 1918 года в Самару, захваченную чехословацким мятежным корпусом, на броневике мятежников и под их охраной въехали пять членов бывшего Учредительного собрания, разогнанного большевиками: В. Вольский, П. Климушкин, И. Брушвит, Б. Фортунатов и И. Нестеров, которые при поддержке интервентов возглавили эсеро-меньшевистское правительство. Они провозгласили себя «Комитетом Учредительного собрания» («Комуч») и начали властвовать. В тот же день они издали прокламацию, в которой объявили о свержении власти Советов и лицемерно заверили граждан, что «каждый человек будет дорог и неоценим для демократического режима». Но на самом деле на улицах Самары уже чинилась оргия арестов и расправ над коммунистами, комиссарами и сочувствующими им рабочими. Только с 8 по 18 июня 1918 года «демократы» бросили за решетку 1827 инакомыслящих. На 7 октября 1918 года, когда Самара была взята Красной Армией, в тюрьмах правительства «Комуча» содержалось 2500 заключенных, а несколько тысяч человек было расстреляно.

Небезынтересна дальнейшая судьба «Комуча». Бежав под ударами Красной Армии на Восток, это самозванное «правительство» нашло убежище под крылышком у Верховного правителя в Омске. Некоторое время оно пыталось претендовать на власть в стране, даже осуждало «эксцессы» Колчака. В конечном итоге адмиралу надоела игра в демократию и он приказал расстрелять остатки Учредительного собрания России. Так что по сравнению с действиями «омского правителя» разгон «учредиловки» большевиками выглядит просто гуманным актом.

Однако вернемся к событиям лета 1918 года. Вслед за мятежом белых чехов французы заявили, что чехословацкий корпус является частью французской армии и потребовали от советского правительства эвакуировать его через Архангельск и Мурманск. В июне 1918 года они вместе с англичанами высадились в этих русских портах и оккупировали Север России. На Дальнем Востоке и в Приморье высадились японские и американские интервенты. В результате Россия оказалась окруженной фронтами Гражданской войны.

В связи с созданием Восточного фронта в Поволжье летом 1918 года Могилевский назначается членом комиссии ВЦИК по восстановлению советской власти в Саратове. Одновременно он работает в Саратовской ЧК по ликвидации белогвардейского мятежа. К тому времени Гражданская война охватила всю территорию России. В августе 1918 года Красная Армия перешла в контрнаступление на Восточном фронте и к концу ноября изгнала интервентов из Поволжья. Могилевский отзывается из Саратова и направляется на Украину, где работает в органах наркомата юстиции Республики. Одновременно он является заместителем председателя революционного трибунала 12-й армии.

В 1919 году решением Оргбюро ЦК РКП(б) Соломон Могилевский направляется в распоряжение Ф.Э. Дзержинского. В октябре того же года он назначается заведующим следственной частью ВЧК и одновременно — заместителем начальника Особого отдела Московской ЧК.

Создание Особых отделов при ВЧК было вызвано тем, что в годы Гражданской войны и иностранной интервенции главный удар спецслужб Антанты и белогвардейцев был направлен против Красной Армии. Это потребовало от ВЧК усилить борьбу с деятельностью контрреволюционных организаций и иностранных разведок внутри Красной Армии. С этой целью по решению ЦК РКП(б) еще 19 декабря 1918 года в ВЧК был создан Особый отдел. Сформирован он был на базе армейских чрезвычайных комиссий и органов военного контроля. В задачи Особого отдела ВЧК входила активизация борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте.

6 января 1919 года под руководством Дзержинского было разработано «Положение об Особых отделах ВЧК». Наряду с задачами по борьбе против контрреволюции и шпионажа в армии и на флоте на Особые отделы возлагалась организация агентурной работы за границей и в оккупированных иностранными державами или занятых белогвардейцами областях молодой Республики и руководство ею.

22 декабря 1919 года в Москве состоялось Всероссийское совещание начальников особых отделов фронтов, армий и флотов, которое приняло резолюцию о необходимости создания агентурной сети не только на оккупированной территории России, но и «в некоторых городах Западной Европы», где разместились белогвардейские центры.

Работая в Особом отделе Московской Чрезвычайной комиссии, Могилевский в 1919 году принимал активное участие в ликвидации подпольной контрреволюционной организации «Национальный центр».

…В начале июля 1919 года под городом Луга Петроградской губернии красноармейцы застрелили офицера А. Никитенко, лазутчика, пробиравшегося в армию Юденича. Среди найденных у него документов они обнаружили листок, из которого следовало, что убитый офицер являлся членом подпольной антисоветской организации, действовавшей в Петрограде и пытавшейся установить связь с белым командованием. Заговорщики создали так называемый «Национальный центр» Петрограда, в который входили барон Штромберг, князья Андронников и Оболенский, а также другие лица, вскоре арестованные чекистами и давшие показания. “

Во время допросов выяснилось, в частности, что в Москве также действует законспирированная контрреволюционная организация «Национального центра», которая готовит вооруженное восстание в «красной столице». Сигналом к нему должно было послужить взятие Тулы генералом Деникиным. Генерал планировал въехать в Первопрестольную до зимы и уже заготовил «Приказ № 1» и «Воззвание к населению Москвы».

Операцией по ликвидации «Национального центра» непосредственно руководил Ф.Э. Дзержинский. В ней участвовали также такие выдающиеся чекисты, как В. Менжинский и А. Артузов. В ходе операции был арестован руководитель «Национального центра» Н.Н. Щепкин, в прошлом крупный деятель партии кадетов, член Государственной думы. На деятельность своей подпольной организации он получил от адмирала Колчака миллион рублей. В ходе обыска чекисты обнаружили на квартире Щепкина постановление Реввоенсовета Республики о сосредоточении фронтовых резервов в районе Тулы, а также изложение плана боевых действий Красной Армии. Этими сведениями «Национальный центр» снабжал руководитель оперативного отдела Всероссийского Главного штаба бывший царский генерал С.А. Кузнецов.

В ходе допросов арестованных заговорщиков, в которых принимал непосредственное участие и Соломон Могилевский, выяснилось также, что они были тесно связаны с резидентом британской разведки в Петрограде Полом Дюксом, через которого информация уходила в Лондон и Париж. Выступление контрреволюционеров намечалось в ночь с 21 на 22 сентября 1919 года. Поэтому начало операции по разгрому контрреволюционного подполья было назначено на 18 сентября. В ходе этой операции, продолжавшейся до 20 сентября, ВЧК арестовала всех основных таварей заговора. 23 сентября 1919 года в «Известиях»» было опубликовано обращение ВЧК ко всем гражданам России в связи с разгромом «Национального центра» и преданы огласке имена 67 главных заговорщиков. Всего в ходе проведенной чекистами операции было арестовано около 700 человек.