Когда он появился в Москве, его отправили в Соловецкий монастырь как опасного еретика. Отсюда и взял его Никон к себе и сделал главным помощником в церковных делах. Это вызвало ропот среди русского народа. Но возражать Никону опасались, так как царь предоставил ему неограниченные права в делах церкви. Опираясь на дружбу и власть царскую, Никон приступил к церковной реформе решительно и смело.

Начал он с укрепления собственной власти. Никон имел характер жестокий и упрямый, держал себя гордо и недоступно, называя себя, по примеру римского папы, «крайним святителем», титуловался «великим государем» и был одним из самых богатых людей России. К архиереям он относился надменно, не хотел их называть своими братьями, страшно унижал и преследовал остальное духовенство. Все страшились и трепетали перед Никоном. Историк Ключевский назвал Никона церковным диктатором.

Реформа началась порчей книг. В старину не было типографий, книги переписывались в монастырях и при епископских дворах особыми мастерами. Это мастерство, как и иконописание, почиталось священным и выполнялось старательно и с благоговением. Русский народ любил книгу и умел ее беречь как святыню.

Малейшая опись в книге, недосмотр или ошибка считались большим грехом. Вот почему сохранившиеся до нас многочисленные рукописи старого времени отличаются чистотою и красотою письма, правильностью и точностью текста. В древних рукописях трудно встретить помарки или зачеркивания. В них было меньше описок, чем в современных книгах опечаток. Замеченные в прежних книгах существенные погрешности были устранены еще до Никона, когда в Москве начал действовать Печатный Двор. Исправление книг велось с большой осторожностью и осмотрительностью.

Иначе стало при патриархе Никоне. На соборе в 1654 г. было решено исправлять богослужебные книги по древним греческим и древним славянским, на самом же деле исправление производилось по новым греческим книгам, напечатанным в иезуитских типографиях Венеции и Парижа. Об этих книгах даже сами греки отзывались как об искаженных и погрешительных.

За изменением книг последовали и другие церковные нововведения. Наиболее заметными нововведениями были следующие:

вместо двоеперстного крестного знамения, которое было принято на Руси от греческой православной церкви вместе с христианством и которое является частью святоапостольского предания, было введено троеперстие.

в старых книгах, в согласии с духом славянского языка, всегда писалось и выговаривалось имя Спасителя «Исус», в новых книгах это имя было переделано на грецизированное 'Иисус».

в старых книгах установлено во время крещения, венчания и освящения храма делать обхождение по солнцу в знак того, что мы идем за Солнцем-Христом. В новых книгах введено обхождение против солнца.

в старых книгах, в Символе Веры (8 член), читается: «И в Духа Святаго Господа Истиннаго и Животворящаго», после же исправлений слово «Истиннаго» было исключено.

вместо сугубой, т. е. двойной аллилуйи, которую творила русская церковь с древних времен, была введена трегубая (то есть тройная) аллилуйя.

божественную литургию в Византии, а потом и в Древней Руси совершали на семи просфорах; новые «справщики» ввели пятипросфорие, т. е. две просфоры исключили.

Никон и его помощники дерзко посягнули на изменение церковных установлений, обычаев и даже апостольских преданий русской православной Церкви, принятых при Крещении Руси.

Эти изменения церковных узаконений, преданий и обрядов не могли не вызвать резкий отпор со стороны русских людей, свято хранивших древние святые книги и предания. Кроме самой порчи книг и обычаев церковных, резкое сопротивление в народе вызвали те насильственные меры, с помощью которых Никон и поддерживающий его царь насаждали эти нововведения. Жестоким гонениям и казням подвергались русские люди, совесть которых не могла согласиться с церковными нововведениями и искажениями. Многие предпочитали умереть, чем предать веру своих отцов и дедов.

Пример того, как делалась церковная реформа.

Поскольку самым известным примером реформ Никона является перемена перстосложения, остановимся немного на этом вопросе. Вся русская Церковь творила тогда крестное знамение двоеперстием: три пальца (большой и два последних) складывали во имя Святой Троицы, а два (указательный и великосрединий) во имя двух естеств во Христе – божеского и человеческого. Так складывать пальцы для выражения главных истин православной веры учила и древняя греческая Церковь. Двоеперстие идет с апостольских времен. Его изображение содержится на мозаиках 4 века. Святые отцы свидетельствуют, что и Сам Христос благословлял учеников именно таким знамением. Никон же отменил его.

Он сделал это самовольно, без соборного решения, без согласия Церкви и даже без совета с каким-либо епископом. Взамен он приказал знаменоваться троеперстием: складывать первые три перста во имя св. Троицы, а два последние «иметь праздными», то есть ими ничего не изображать. Христиане говорили: новый патриарх упразднил Христа.

Троеперстие было явным новшеством. Оно незадолго до Никона появилось у греков, они же привезли его и в Россию. Ни один святой отец и ни один древний собор не свидетельствуют о троеперстии. Поэтому русские люди не хотели его принимать.

Мало того, что троеперстие как символ было гораздо менее выразительным и точным изображением того, во что мы верим, в нем содержалась очевидная неточность исповедания, ибо когда мы накладываем на себя крестное знамение, то выходит, будто это св. Троица была распята на кресте, а не Одно из лиц Ее – Исус Христос по своему человечеству.

Но Никон ни с какими доводами не думал считаться. Он начал свои реформы не с благословения Божьего, а с проклятий и анафем. Воспользовавшись прибытием в Москву антиохийского патриарха Макария и других иерархов с Востока, Никон предложил им высказаться в пользу нового перстосложения. Они написали следующее:

«Предание прияхом с начала веры от святых апостол и святых отец, и святых седьми соборов творити знамение честнаго креста тремя первыми перстами десныя руки. И кто от христиан православных не творит крест тако, по преданию восточныя церкви, еже держа с начала веры даже до днесь, есть еретик и подражатель арменов. И сего ради имамы его отлучена от Отца и Сына и Св. Духа, и проклята».

Подобное страшное осуждение сначала было провозглашено в присутствии множества народа, затем изложено письменно и напечатано в изданной Никоном книге «Скрижаль». Как громом поразили русский народ эти безрассудные проклятия и отлучения. Русский благочестивый народ, вся русская церковь не могли согласиться с таким крайне несправедливым осуждением, провозглашенным Никоном и его единомышленниками – греческими архиереями, тем более что они говорили явную неправду, будто бы и апостолы, и св. Отцы установили троеперстие. Но Никон не остановился и на этом. Ему потребовалось не только уничтожить, но и оплевать древности православия.

В книге «Скрижаль» к только что приведенным он добавил новые осуждения. Он дошел до того, что стал хулить двоеперстие как якобы заключающее в себе страшные «ереси и нечестие» древних еретиков, осужденных вселенскими соборами (ариан и несториан). В «Скрижали» преданы проклятию и анафеме православные христиане и за то, что исповедуют в символе веры Духа Святого Истинным. В сущности, Никон и его помощники прокляли русскую Церковь за совершенно православное исповедание веры и за древние церковные предания.