Последним аргументом Бингхэма в пользу того, что Мачу-Пикчу — это Вилькабамба, были размеры развалин. Насчитывая около сотни домов, найденные руины являлись самыми значительными в этом краю; и Каланча ранее описывал Вилькабамбу как самый крупный город в этой провинции. Казалось логичным, что, когда Инка Манко искал убежища от испанских всадников, он выбрал бы этот город, в котором легко было бы обороняться. Мачу-Пикчу явно был важным городом в империи инков и имел достаточное количество превосходных каменных зданий, чтобы стать достойной королевской столицей. Войска Манко, занимавшие Виткос, вероятно, знали о Мачу-Пикчу и о других поселениях инков в его окрестностях, даже если они и были покинуты ко времени начала испанского завоевания.

Аргументы Бингхэма подкреплялись его репутацией серьезного исследователя. Мачу-Пикчу был признан затерянным городом Вилькабамбой. В течение свыше пятидесяти лет мнения большинства специалистов совпадали в том, что Мачу-Пикчу было последним прибежищем Инки Манко и его сыновей.

В 1915 году экспедиция Бингхэма исследовала горы вдоль западного берега Урубамбы. Члены экспедиции обнаружили и расчистили ряд других поселений инков, расположенных в нескольких милях от Мачу-Пикчу. Развалины, расчищенные этими йельскими экспедициями, оказались заброшенными и опять покрылись растительностью в последующие годы, пока в 1934 году д-р Луис Э. Валькарсель снова не взялся за расчистку самого Мачу-Пикчу. Эта работа была частью мероприятий, посвященных празднованию 400-й годовщины завоевания. И с тех пор земля знаменитых руин всегда прекрасно утоптана ногами тысяч туристов.

В 1940-м и 1941 годах в эти края проникла еще одна крупная американская экспедиция, которая провела работу в ряде городов инков, разбросанных по склонам гор между Ольянтайтамбо и Мачу-Пикчу. Это была научная экспедиция Веннера Грена в Латинскую Америку. Используя труд 900 рабочих, экспедиция расчистила, нанесла на карту и сделала фотографии руин, которые первым увидел Бингхэм. Затем были обнаружены города Уиньяй-Уайна и Инти-Пата, в каждом из которых была впечатляющая система террас даже больших размеров, чем террасы Мачу-Пикчу. Пол Фехос, руководитель этой замечательной экспедиции, не делал поспешных предположений относительно местонахождения Вилькабамбы. Но он сделал кое-какие наблюдения, которые имели отношение к установлению того, что же такое Мачу-Пикчу. Он пришел к выводу, что ни один из городов в этом районе — включая Мачу-Пикчу — не был построен достаточно хорошо с оборонительной целью: ни в одном из них не было таких стен или укреплений, которые найдены в других частях империи инков, а расположение Мачу-Пикчу на узком гребне горы не имело никакого особого оборонительного значения. Ни в одном из городов этого региона не нашлось следов испанской оккупации или грабежей (это сделало их бесценными источниками археологических находок, относящихся к культуре инков). Существование стольких поселений и террас делало эту сторону Кордильеры Вилькабамбы одним из самых густонаселенных регионов Перу инков. Мачу-Пикчу был последним в ряду городов, который включал в себя Писак, Юкай, Марас, Ольянтайтамбо и Инти-Пата. Все они отличались превосходными сельскохозяйственными террасами, которые, возможно, были предназначены для того, чтобы поставлять специальные культуры и тропические изыски королевскому двору в Куско.

Некоторые оптимисты продолжали надеяться, что леса Вилькабамбы могут скрывать еще какие-нибудь развалины. Не все довольствовались тем, что «затерянный город» Вилькабамба был найден в Мачу-Пикчу. В августе 1963 года американская экспедиция высадилась на парашютах в глубине неисследованной Кордильеры Вилькабамбы приблизительно в 30 милях к северу от Эспириту-Пампы. Ей удалось пройти по диким труднодоступным горам между реками Апуримак и Урубамба, но она не нашла следов «сказочной горной крепости последних Инков». В июле 1964 года другой американский исследователь Джин Савой решил вернуться к Эспириту-Пампе, к тому самому месту, которое Хайрам Бингхэм исследовал за пару дней в августе 1911 года. В ходе трех экспедиций 1964-го и 1965 годов Савой и его Клуб исследователей Анд обнаружили, что за пределами того расчищенного участка леса, которого достиг Бингхэм, лежат, скрытые в джунглях, обширные развалины. Когда члены экспедиции Савоя прорубались сквозь чрезвычайно густой подлесок, они нашли останки 50 или 60 построек и почти трех сотен жилых домов, которые густо заросли мхом, лишайником, ползучими растениями и влажной растительностью. Тропический лес завладел этим местом, и огромные деревья возвышались над обвалившимися руинами на сто и более футов. Первая экспедиция Савоя в июле 1964 года установила, что в этих джунглях погребен город. Его вторая экспедиция, в октябре-ноябре 1964 года, исследовала речки, которые образуют наносную равнину Эспириту-Пампа. Она обнаружила остатки дорог инков, которые шли через вершины горной цепи Маркакоча-Пикчакоча. Горная цепь отделяет Консевидайок (Пампаконас) от Апуримака и лежащего за ним Перу, оккупированного испанцами. Третья экспедиция провела шесть недель с ноября 1964 года до середины января 1965 года, исследуя реку Сан-Мигель и нанося на карту руины Эспириту-Пампы. Более точные геодезические измерения было сделать невозможно из-за стены тропического леса, и требовалось его сильно вырубать и расчищать место просто для того, чтобы измерить стены каждого здания.

Открытия Савоя убедили его в том, что Эспириту-Пампа являлся важным городом и мог бы быть Вилькабамбой. Он обнаружил, что главные развалины располагаются приблизительно в 700 ярдах к северо-востоку от найденных Бингхэмом построек Эромбони-Пампы. Здесь был храм длиной 230 футов, имеющий 24 дверных проема, и «затонувший дворец» длиной почти 300 футов. Большая часть жилых домов была построена на платформах, очевидно, для защиты от затоплений. «Дворец из террас» имел в длину 144 фута, а «Дом с нишами» — 99 футов. Савоя поразило использование примитивной изогнутой кровельной черепицы: некоторые постройки, имитируя испанскую архитектуру, были покрыты ею вместо традиционного для инков тростника. Здания были сложены из булыжника, скрепленного глиной. У Инки Манко и его сыновей не было ни рабочей силы, ни каменоломен, необходимых для возведения прекрасных каменных домов, однако многие здания были облицованы керамическими плитками высокого качества, следы которых сохранились у основания обрушившихся стен.

Джин Савой заново открыл Эспириту-Пампу благодаря тем же источникам, которые использовал Хайрам Бингхэм пятьюдесятью тремя годами раньше: «Короника моралисада» Каланчи, «Воспоминания» Титу Куси и сообщения Диего Родригеса и Бальтасара де Окампо. Эти источники заставили Бингхэма размышлять над тем, могла ли Эспириту-Пампа быть Вилькабамбой, и они же привели Савоя к уверенности, что так оно и было. Но обоим этим исследователям не удалось извлечь все возможные подсказки из тех источников, которые они использовали. Бингхэму также мешало то, что ему не были известны три важных, детальных и авторитетных источника, которые были обнаружены после 1911 года. Ими были: первая часть «Общей истории Перу» Мартина де Муруа, вновь найденная герцогом Веллингтонским в 1945 году и опубликованная д-ром Мануэлем Бальестерос-Гайбройсом в 1962 году; вторая депеша от генерала Мартина Уртадо де Арбьето вице-королю Толедо из самой Вилькабамбы, написанная 27 июня 1572 года и впервые опубликованная Роберто Левильером в 1935 году; и хроника казначея Толедо Антонио Баутиста де Саласара.