Миссионерская деятельность началась незамедлительно. Русским сибирякам было приказано сбрить бороды и носить немецкое платье; коренных жителей следовало окрестить и вознаградить русской одеждой (таким образом, ожидалось, что каждая группа поднимется на шаг выше). Специальные миссии были отправлены в Пекин, на Камчатку, в Иркутск, а позже — на Колыму, Алазею и Анадырь, но главным объектом заботы стали обские угры. В 1702 г. новый митрополит Сибирский, Филофей Лещинский, получил дозволение Петра обращать ясачных людей, не освобождая их от дани, и в 1706 г. ему было приказано отправиться вниз по Оби, «кумиры и кумирницы сожигать» и крестить «жителей всех от мала до велика». Впрочем, силу применять не следовало, и первую миссионерскую экспедицию, не поддержанную светскими властями, манси принять отказались. Раздраженный Петр повелел Филофею, «где найдут по юртам остяцким их прелесные мнимые боги шайтаны, тех огнем палить и рубить и капища их разорить, а вместо тех капищ часовни строить и святые иконы поставляти, и их Остяков приводите ко крещению… А естли кто Остяки учинят противность сему нашему великого государя указу, и тем будет казнь смертная». Тем временем Сибирь стала централизованной губернией, и ее первый губернатор, князь М.П. Гагарин, прибыл в Тобольск в 1711 г. с наставлениями помогать миссионерам. Годом позже у митрополита были корабль, солдаты, толмачи и подарки для обращенных, а будущим христианам было велено, «чтобы они Остяки никуды не разъезжались».

В течение следующего десятилетия Филофей Лещинский раз за разом пускался в путь, чтобы «крепкие нечестия столпы… низрынуть, разорите капища, опровергли и сокрушите вся идолы». Достигнув угорского поселения, партия из нескольких монахов и десятка солдат сходила на берег, и «наставник» обращался к собравшимся обитателям деревни с проповедью о превосходстве христианства над язычеством. Толмач переводил его слова, и миссионеры приступали к разорению и сокрушению «идолов и языческих капищ». Покончив с этим, они загоняли жителей деревни в реку для крещения, после чего «новые христиане» получали оловянные крестики, рубахи, штаны, хлеб и другие подарки. Некоторые аборигены пускались в бегство, отказывались покидать свои дома или «затыкающы ушы своя, яко аспиды глухии». Другие пытались выговорить себе право иметь «многих жен» и держать изображения духов «между иконами». Некоторые нападали на миссионеров «убийственной рукой». (Согласно летописцу Филофея, сам «наставник» получил удар «прамо [в] чрево», но остался цел и невредим благодаря божественному вмешательству). В конечном счете, однако, угроза «кары смертью», щедрая раздача подарков и некоторые особые льготы для крещеных — в первую очередь освобождение от уплаты ясака на три года и прощение нетяжких преступлений — обеспечили успех предприятия, и в 1720 г. Петр поздравил Филофея с успешным крещением более чем сорока тысяч язычников.[27]

Другой областью массового обращения была Камчатка. Первый эмиссар Филофея, архимандрит Мартиньян, прибыл туда в 1705 г., но его интересы простирались в иные сферы. В 1711 г. он принял участие в казачьем восстании и заслужил «шубу соболью лапчатую, да Петра Чирикова грабленых дворовых людей камчадальской породы некрещеных робят, иноземским названием Щочка да Чистяк, да Володимера Отласова дворовую ж девку некрещеную Настасью». Вскоре после этого Мартиньян был задушен дворовыми-ительменами, и его дело унаследовал другой мятежник, Игнатий Козыревский, успевший основать монастырь до того, как был арестован властями. Наконец, в 1745 г. на Камчатку прибыла специальная миссия из девятнадцати священников во главе с архимандритом Иоасафом Хотунцевским с задачей крестить местное население, основывать школы и объяснять местной администрации, что сбор ясака не является их единственным делом. Пятью годами позже Иоасаф сообщал правительству, что

К тому времени, однако, в Петербурге это мало кого беспокоило. Ежегодные доходы от торговли пушниной быстро снижались, и в середине XVIII в. наследники Петра не проявляли особого интереса к ясачным людям, будь те язычниками или православными. По-прежнему строились церкви; по-прежнему открывались новые семинарии; по-прежнему крестили многочисленные группы людей (преимущественно в Иркутской епархии); и по-прежнему слышалось беспокойство о качестве подобных обращений, но столичные власти более не желали предоставлять для этих целей значительные суммы денег или «добрых людей», не говоря уже о воинских частях. Сосланные в «снежную пустыню» за разнообразные нарушения церковной дисциплины и по большей части забытые вышестоящими иерархами, священники, поставленные на Север, делали нелегкое дело обслуживания христианских потребностей людей, у которых такие потребности отсутствовали. Большинство новообращенных продолжали общаться со старыми духами и, как правило, не помнили свои христианские имена и не желали следовать предписанным ритуалам. Функция священников заключалась в разоблачении и искоренении языческих обычаев, в особенности брачных. Многоженство и кровосмешение (определяемое в соответствии с русскими принципами родства) были объявлены вне закона и спорадически преследовались, а уплата калыма и браки между несовершеннолетними осуждались, но были повсеместно терпимы как неискоренимые. В остальном судьба христианской веры зависела от местных священников. В 1747 г. священник Пыхов дал следующий отчет о своей деятельности:

Разбитых шайтанчиков заменяли иконами, которые со временем находили место в религиозном пантеоне новообращенных христиан. В 1754 г. Пыхов раскрыл крупный случай иконоборчества: семеро хантов, расстроенные неудачной охотой, «святые образа похватая збросали на пол и топтали ногами». Наиболее упорных отступников, в особенности «колдунов», отправляли в тобольскую тюрьму, где подвергали допросам консистории и снова били. Многие из них умерли или покончили жизнь самоубийством, а один шаман был сожжен на костре.

Впрочем, хорошим туземцем был живой туземец, поскольку плата за совершение христианских обрядов и штрафы за «идолопоклонство» составляли главные источники дохода священнослужителей. Согласно жалобам ясачных людей, Пыхов брал по рублю за каждое христианское погребение и по пять — за молчание о погребении в соответствии с местными традициями. В подобной практике обвиняли и других священников, трудившихся среди новообращенных «иноземцев», и в некоторых регионах «духовным персонам, по толь великим ныне происходящим от них новокрещеных противностям, в волости их въезжать уже никак… невозможно». (Один из предводителей восстания ительменов в 1746 г. признал за собой желание «отца архимандрита Иосафа Хотунцевского… убить и христианскую веру истребить».)