По возвращению в СССР Я. Серебрянского и его товарищей ждало не повышение по службе, а камера во внутренней тюрьме на Лубянке и абсурдные обвинения в предательстве и сотрудничестве чуть ли ни со всеми разведками стран, где действовала «группа Яши», а затем — приговор к расстрелу с отсрочкой исполнения.

В последний момент что-то остановило руку Л. Берия — в то время уже полновластного хозяина Лубянки — над расстрельным списком. Вряд ли всесильный нарком руководствовался человеческими чувствами. Будучи профессионалом, дальновидным и практичным человеком, он отдавал должное таланту разведчика Я. Серебрянского и, предчувствуя грядущую войну, отсрочил его смерть. И, как бы это кощунственно ни звучало, от расстрела Я. Серебрянского спасла война и заступничество товарищей по службе.

5 июля 1941 г. легенда отечественных спецслужб П. Судоплатов был назначен руководителем Особой группы при наркоме НКВД СССР. Первый вопрос, который ему пришлось решать, стал кадровый. Задачи, поставленные перед новым подразделением, под силу были только профессионалам высочайшего класса. В связи с этим он обратился к Л. Берии с просьбой об освобождении из тюрем и лагерей оставшихся в живых бывших сотрудников, в частности, Я. Серебрянского. Нарком тогда задал П. Судоплатову всего один вопрос: «Вы уверены, что он нам нужен?» Ответ Павла Анатольевича был утвердительным. Но это было в трагическом для страны июне 1941 г.

А до этого партийные вожди занимались перетряхиванием органов госбезопасности. Параллельно с их «очищением» от «троцкистов и неблагонадежного элемента», ими была затеяна реформаторская чехарда. 3 февраля 1941 г. на заседании Президиума ЦК ВКП(б) было принято решение о разделении НКВД на два наркомата. В частности, принятым постановлением предписывалось:

«…Разделить Народный комиссариат внутренних дел СССР на два наркомата:

а) Народный комиссариат внутренних дел СССР (НКВД);

б) Народный комиссариат государственной безопасности СССР (НКГБ).»

Из единого ведомства были выделены все разведывательные, контрразведывательные и оперативно-технические службы Главного управления государственной безопасности и сведены в НКГБ СССР. В целом, то было оправданное, но крайне запоздалое решение. К тому времени монстр НКВД, распустивший гигантские щупальцы ГУЛАГа от Бреста до Владивостока, превратился в громоздкую и неповоротливую махину, которая работала больше на внутренние, политические нужды советских вождей, чем на обеспечение внешней безопасности государства. Организационная перестройка затянулась на несколько месяцев. На Лубянке между наркоматами развернулась «кабинетная война»: делились этажи, кабинеты и «враги народа», никто не хотел остаться безработным. Вновь назначенные начальники тянули к себе «своих» и «топили чужих».

Следующий шаг по реорганизации органов госбезопасности еще больше ослабил их боеспособность в таком важном звене, как военная контрразведка. Постановлением Правительства Союза ССР от 8 февраля 1941 г. Особый отдел ГУГБ НКВД СССР, на который возлагались задачи по «. борьбе со шпионажем, диверсией, вредительством и всякого рода антисоветскими проявлениями в Красной Армии, а также информирование высших инстанций о состоянии войск», был выведен из состава НКВД, преобразован в 3-е управление и переподчинен наркому обороны и наркому Военно-морского флота. В результате военная контрразведка превратилась в «карманную» при командирах и во многом зависела от их воли.

Теперь все назначения, даже оперативного состава, начиная с оперуполномоченного полка, утверждались приказами по военным ведомствам. Кроме того, вывод Особых отделов из единой системы обеспечения государственной безопасности тут же резко сказался на результативности их работы по таким основным направлениям, как агентурное проникновение в спецслужбы противника и борьба со шпионажем.

Под нажимом войсковых командиров, не представлявших содержания оперативной деятельности, произошло резкое смещение акцентов в работе особистов от контрразведки в сторону хозяйственно-бытовых проблем. Теперь им больше приходилось заниматься проверкой продовольственных складов и расследованием банального воровства, что вело к их профессиональной деградации. К этому дополнительно примешивался и личностный момент: те из командиров, кто пережил массовые репрессии 1937–1938 гг., теперь стремились сполна отыграться на особистах за свои прежние страхи и зачастую ставили их в строй или гоняли как «сидоровых коз» на учебных полигонах.

Ошибочность этого решения для партийных вождей стала очевидна уже через несколько месяцев. В результате такой реорганизации они потеряли один из важнейших каналов контроля за стержневым государственным институтом — армией и флотом — и одновременно лишились объективного источника информации об истинном положении в войсках. В тот период в высшие партийные инстанции от командования, в основном, поступали бравурные доклады: «…Броня крепка, а танки наши быстры».

Так долго продолжаться не могло. Война стучалась в ворота СССР. Оперативная обстановка, особенно на западных границах, стремительно осложнялась и требовала пересмотра принятого решения в отношении военной контрразведки и внесения корректив в ее работу. Спустя два месяца после февральского постановления правительства, 19 апреля 1941 г. было принято новое совместное Постановление ЦК ВКП(б) и СНК СССР о 3-х управлениях НКО и НКВМФ — военной контрразведке.

В нем констатировалось следующее: «…Практика применения постановления ЦК ВКП (б) от 8 февраля 1941 г. «О передаче особого отдела НКВД СССР в ведение Наркомата обороны и Наркомата Военно-морского флота СССР» показала, что в этом постановлении не учтена необходимость взаимной информации органов госбезопасности и 3-го управления НКО и НК ВМФ и целесообразность единства действий этих органов против антисоветских элементов, подвизающихся одновременно как внутри системы Армии и Военно-морского флота, так и вне ее».

И опять-таки это решение было половинчатым и не способствовало боеготовности военной контрразведки. Она по— прежнему находилась в составе армии и флота и подчинялась командирам. Ввод в штат Третьих управлений в Центре и на местах: округах, флотах и флотилиях, армиях и корпусах, дивизиях, укрепленных районах и гарнизонах — должностей заместителей начальников 3-х управлений, отделов и отделений с непосредственным их подчинением соответствующим НКГБ и УНКГБ по территориальности, разве что добавил трений между двумя ведомствами — армией и госбезопасностью и существенно не повлиял результативность работы военной контрразведки. Она по-прежнему действовала вне общей системы государственной безопасности. Окончательно все на свои места поставила начавшаяся вскоре война.

17 июля 1941 г. Верховный Главнокомандующий И. Сталин подписал постановление ГКО СССР «О преобразовании органов 3-го управления НКО СССР в Особые отделы НКВД СССР». Военная контрразведка вновь была возвращена в общую систему государственной безопасности. Их главными задачами стали «борьба со шпионажем и предательством в частях Красной Армии, ликвидация дезертирства в прифронтовой полосе». Начальником Управления особых отделов был назначен 34-летний комиссар госбезопасности 3 ранга В. Абакумов. Впоследствии, 19 апреля 1943 г., он возглавил военную контрразведку Смерш.