Выше сказано, что 26 января 1589 года Константинопольский патриарх Иеремия возвел на патриарший престол митрополита Иова, кандидатуру которого предложил царю Федору Борис Годунов. Путь к установлению Московского патриаршества начался с приезда в Москву в 1586 году Антиохского патриарха Иоакима. Впервые церковный деятель такого ранга приехал в Московию, чтобы получить гигантский по тем временам долг в 8 тысяч золотых антиохской кафедре. Борис Годунов и митрополит Дионисий решили использовать приезд восточного гостя в своих целях. Видимо, там был очень продуманный план. Неприятности для Иоакима начались со встречи с митрополитом Дионисием в Успенском соборе. Когда Патриарх Иоаким вошел в Успенский собор, он был встречен здесь митрополитом Дионисием. Но Иоаким не успел и глазом моргнуть, как вдруг его, Патриарха Антиохийского, благословил митрополит Московский Дионисий. Патриарх был шокирован и возмущен, но слушать его никто не стал, его даже не пригласили служить литургию, иначе ее пришлось бы возглавлять не Дионисию, а Иоакиму. Ему даже не предложили пройти в алтарь. Обиженный и оскорбленный, Иоаким простоял у заднего столпа Успенского собора всю службу. Дальнейшее обсуждение проблемы патриаршества с греками взял на себя Годунов, который и вел тайные переговоры с Иоакимом. Иоаким не был готов к столь неожиданному для него предложению об учреждении в Москве Патриаршего престола. Решить этот вопрос самостоятельно он, конечно, не мог, но обещал посоветоваться об этом с другими восточными патриархами.

В июне 1588 года в Москву прибыл очередной Константинопольский патриарх Иеремия. Ввиду перемен на Константинопольской кафедре пришлось все переговоры о Московском патриархате начинать сначала. Но изменения произошли не только в Стамбуле, но и в Москве. К этому времени конфликт между Годуновым и митрополитом Дионисием закончился в 1587 году низложением последнего. Дионисий вместе с противниками Годунова выступил перед царем Феодором с предложением развестись с Ириной Годуновой из-за ее бесплодия. На место Дионисия был возведен архиепископ Ростовский Иов, которому и суждено будет стать первым Московским патриархом. Патриарх Иеремия привез в Москву множество мощей, в том числе шуйцу апостола Иакова, перст Иоанна Златоуста, часть мощей св. царя Константина и прочие. Иеремию одарили ответно кубками, деньгами, соболями и бархатом. Но прежде этого, Иеремию просто оставили на его Рязанском подворье на довольно длительное время. Патриарх в итоге вынужден был пробыть в Москве почти целый год. Иеремия жил на царском содержании, в полном достатке и наверняка в гораздо лучших условиях, чем у себя в Стамбуле. Но никому из москвичей или иностранцев видеться с патриархом по-прежнему не дозволялось. Поначалу Иеремия, которому через посыльных от царя и Годунова настойчиво предлагали идею Московского патриаршества, наотрез отказывался, говоря, что без соборного обсуждения сам он такого важного вопроса решить не может.

23 января в Успенский собор прибыли Иеремия и члены Освященного Собора. Здесь в Похвальском приделе – традиционном месте избрания кандидатов в митрополиты, было совершено избрание на патриаршество. Затем все участвовавшие в выборах архиереи во главе с патриархом Константинопольским прибыли во дворец. Здесь патриарх Иеремия доложил царю о кандидатах, и Феодор из троих выбрал на Московское патриаршество Иова. Только после этого избранного патриарха Московского призвали во дворец, и он впервые в жизни встретился с Иеремией. Наречение Иова в патриархи было произведено в царских палатах, а не в Успенском соборе, как ранее планировал Иеремия. Это было сделано умышленно. Если бы наречение совершалось в соборе, то царь и Иов должны были бы благодарить Иеремию всенародно за оказанную им честь. Но чтобы избежать этого и не поднимать авторитет Константинопольского патриарха слишком высоко, наречение было произведено в царских палатах, а само поставление совершено в Успенском соборе Московского Кремля 26 января 1589 года.

В Успенском соборе посередине храма были поставлены сидения для царя (в центре) и патриархов (по бокам). Первым прибыл и облачился Иов, затем – Иеремия, после этого в храм торжественно вошел царь Феодор. Иеремия благословил его, после этого государь сел на свое место и пригласил Иеремию также сесть рядом, справа от себя. На скамьях восседало духовенство. Затем ввели Иова, который, как при архиерейской хиротонии, прочел исповедание веры и присягу. После этого Иеремия объявил его Патриархом Московским и всея Руси и благословил. Затем Иов также благословил Иеремию, они облобызались, и Иов обошел с целованием других архиереев. Потом Иеремия вновь его благословил, и Иов удалился в Похвальский придел. Началась литургия, которую возглавлял патриарх Иеремия. Центральным моментом поставления было следующее действие: Иеремия после Малого входа стоял у престола, а Иов по окончании Трисвятого был введен в алтарь через Царские врата. Иеремия совершил над ним вместе со всеми присутствовавшими архиереями полное епископское рукоположение вплоть до произнесения молитвы «Божественная благодать…». Далее литургию возглавляли уже два патриарха. После совершения литургии Иова вывели из алтаря на середину храма и произвели собственно настолование. Его трижды сажали на патриаршее место с пением. После этого Иеремия и царь вручили разоблачившемуся Иову по панагии. Иеремия также передал ему роскошный клобук, украшенный золотом, жемчугом и каменьями и не менее драгоценную и изукрашенную бархатную мантию. Всё это богатство должно было еще раз наглядно показать Иеремии, где теперь воистину пребывают Рим и империя. После взаимных приветствий все трое – царь и два патриарха – воссели на своих тронах. Затем царь, встав, произнес речь по случаю настолования и вручил Иову посох святого Петра, митрополита Московского. Иов отвечал царю речью. На следующий день Иеремия был впервые зван в палаты к Иову. Здесь произошел трогательный казус: Иеремия не хотел благословить Иова первым, ожидая благословения от нового патриарха. Иов настаивал на том, что Иеремия, как отец, должен его благословить первым. Наконец, Иеремию удалось уговорить, и он благословил Иова, а затем сам принял благословение от него. В этот же день обоих патриархов приняла у себя царица Ирина Годунова.

С началом Великого поста Иеремия начал проситься назад, в Стамбул. Годунов отговаривал его, ссылаясь на весеннюю распутицу и необходимость оформить документ об учреждении патриаршества в Москве. В итоге была приготовлена так называемая «Уложенная грамота». Характерным моментом этой грамоты, составленной в царской канцелярии, является упоминание о согласии всех восточных патриархов на учреждение в Москве патриаршества, что вообще-то не соответствовало действительности. Лишь после подписания грамоты обласканный и щедро одаренный царем Иеремия уехал домой.

В мае 1590 года в Стамбуле был собран Собор. На нем предстояло задним числом утвердить патриаршее достоинство Московского первосвятителя. На этом Соборе в Константинополе было только три восточных патриарха: Иеремия Константинопольский, Иоаким Антиохийский и Софроний Иерусалимский.