Став иноком, Филипп ещё усерднее исполнял свои обязанности, памятуя совет Екклесиаста: «Всё, что может рука твоя делать, по силам делай, потому что в могиле, куда ты пойдёшь, нет ни работы, ни занятий, ни мудрости».

Добродетели, терпение и мудрость инока Филиппа покорили игумена Алексия, и, уходя на покой, он велел монахам избрать настоятелем Филиппа. Избрание было единодушным.

Началась новая страница в судьбе будущего московского митрополита. Он подавал братии пример трудолюбия, послушания и благочестия. Бедная обитель при нём процветала. Он привёл в порядок её многообразное хозяйство, улучшил земледелие, завёл новые промыслы, выстроил мельницы, выкопал пруд. Им было изобретено несколько орудий для облегчения тяжёлого труда иноков.

Царь во всём поддерживал начинания соловецкого игумена. С его помощью был сооружён каменный храм Успения Божией Матери, построены больница, каменные кельи, скит на одном из островов, пристань. Обновив Соловецкую обитель, Филипп соорудил и второй храм — в честь Преображения Господня.

Но, как говорит Екклесиаст, «всему своё время, и время всякой вещи под небом». Царь призвал Филиппа в Москву, чтобы тот занял опустевшее место митрополита. На душе у Филиппа было грустно и тревожно. Грустно было расставаться с Соловецкой обителью, которая стала ему родной. Тревожно, потому что он чувствовал, что едет в Москву на трудный подвиг. Он знал, что многое изменилось с тех пор, как он покинул Москву. От бывшего духовника царя, попа Сильвестра, сосланного в Соловецкий монастырь, он знал о том, как изменился за последние годы нрав царя, и мог предвидеть, какая участь ожидает того, кто осмелится сказать ему правду.

Приехав в Москву, Филипп убедился в правдивости слов опального попа Сильвестра. Его ужаснул сам вид Грозного. Он помнил его красивым, благообразным. Теперь же перед ним был старик с измождённым лицом, опустошённым взглядом и выражением жестокости в сухих чертах лица. Думая о том, что царь и сам страдает от своего неукротимого нрава, Филипп стал убеждать его уничтожить опричнину, говоря ему о том зле, которое она причиняет народу. Он просил царя облегчить положение бояр-земцев и земледельцев, снизить непосильное налоговое бремя.

Ему показалось, что царь слушает его благосклонно. Тогда Филипп мягко и убедительно произнёс решительные слова:

— О, государь! Я знал тебя благочестивым поборником истины и искусным правителем своей державы. Поверь, и ныне никто не замышляет против неё; оставь же небогоугодное начало и держись прежнего своего благочестия. Сам Господь сказал: «Аще царство разделится на ся, запустеет». Общий владыка наш Христос повелел нам любить ближнего: в любви к Богу и ближнему заключается весь закон.

Царь и эти слова выслушал благосклонно, но потребовал от Филиппа, чтобы он не вступался в дела двора и опричнины. Поколебавшись немного, Филипп принял это условие. Он надеялся, что отечеству может пригодиться его правдивое слово.

Митрополит Филипп не ошибся в своих расчётах. Вначале царь прислушивался к его слову. Казни стали реже, присмирели и опричники. Но только на время. Они нашли повод вызвать недоверие царя к митрополиту: один из Колычевых участвовал в переговорах с польским королём. И вновь царя пугали словом «измена»: митрополит-де заодно с твоими врагами.

Мрачная душа Иоанна легко поддавалась подозрениям. Снова начались пытки и казни, наводившие ужас на людей.

«Молчанием предаётся Бог». Эти слова из Писания стали заповедью Филиппа. Уединённая монашеская жизнь научила его тщательно обдумывать свои речи. Он явился к царю во всеоружии Божьего слова.

— Государь, — сказал он ему, — почти Господа, давшего тебе царское достоинство! Соблюдай данную тебе от Господа заповедь, управляй в мире законно. Земные блага преходящи, сохраняется лишь одно небесное сокровище — правда. Хотя ты и высок саном, но естеством ты подобен всякому человеку: ты почтён образом Божием, ты и причастен земному праху. Тот поистине может назваться властелином, кто владеет самим собою, не рабствует страстям и побеждает любовью.

Помолчав немного, Филипп проверил впечатление от сказанных им слов. Царь казался спокойным. Филипп продолжал:

— Слышно ли когда-нибудь, чтобы благочестивые цари сами возмущали свою державу?

Царь рассердился, услышав эти слова.

— Что тебе, чернецу, до наших мирских дел?! — воскликнул он. Но, сдержав свой гнев и поискав весомый довод, сказал: — Или не знаешь, что мои же подданные хотят меня погубить?

— Не обманывай себя напрасным страхом, — отвечал Филипп. — Мы все заодно с тобой для попечения о благе народа.

— Молчи, честной отец! — вновь воскликнул Иоанн. — И дай нам своё благословение.

— Наше молчание налагает грех на твою душу и всем приносит вред, — отвечал святитель. — Если на корабле один из служителей впадает в искушение, то кораблю от этого небольшая опасность; но если это случается с самим кормчим, то весь корабль может погибнуть. Мы должны говорить тебе правду, даже если бы пришлось положить за это жизнь.

И снова царь обратился к доводам, которые казались ему убедительными:

— Владыко святой, друзья и близкие мои восстают на меня и хотят меня погубить.

— Государь! — сказал святитель. — Есть люди, которые обманывают тебя. Прими совет: не разделяй державы своей. Ты поставлен Богом, чтобы судить в правде людей Божиих, а не образ мучителя воспринять на себя. Всё проходит: и слава, и величие; бессмертно одно житие в Боге. Отсоедини от себя клеветников и устрой воедино народ свой, ибо благословение Божие пребывает там, где единодушие и нелицемерная любовь.

— Филипп! Не прекословь державе нашей, ежели не хочешь лишиться сана, — грозно возразил Иоанн.

— Я не искал этого сана, — ответил митрополит, — а во время подвига не должен ослабевать.

Царь удалился в гневе и с той поры начал избегать встреч с Филиппом.

В Александровской слободе не дозволено было произносить имя Филиппа. Священник церкви Покрова попал в опалу только за то, что на праздник навестил свою московскую родню. Его обвинили в том, что он якобы прельстился, принял еретическое учение.

Это было время, когда оправданий не слушали. Всё было, как в той поговорке: «Пьян ты или не пьян, но ежели говорят, что пьян, то ложись спать». И многие в те дни засыпали навеки. Люди затаились на своих подворьях. Не только соседи, но даже родственники перестали общаться между собой.

Присмирела Александровская слобода, как и матушка-Москва. Снова казни и злобные набеги опричников на подворья. Обездоленные стали обездоленными ещё больше. Одни лишь пленные ливонцы чувствовали себя привольно. Царь одаривал их имениями и деньгами, Эти чужие люди наполняли свои руки чужим богатством и со снисходительным недоумением поглядывали на «туземцев».

Как удержаться москвитянам от гнева? Стихийно возникали стычки и потасовки. Опричники принимали сторону ливонцев, а над москвитянами чинили расправу.