Как и в Хакодате, власти Нагасаки на первых порах стремились отделить русских от местного населения. Их вполне устраивал принцип голландской Десимы, в основе которого лежала не только изолированность чужеземцев, но и полный контроль над их жизнедеятельностью. Русским морякам предложили остановиться на западном побережье бухты в буддистском храме Госиндзи (Goshinji Temple). Он находился на горе Инаса (Inasa) в местечке Уракамифути (Urakamifuchi). Размещение моряков в храме полностью соответствовало идее контроля за иностранцами: японские монахи могли ежедневно докладывать о внутренних порядках чужестранцев и всех их перемещениях. В этот период вокруг храма располагалась деревня семейства Сига (Shiga), глава которой в течение нескольких поколений был старостой местности. Ему же принадлежал и причал.

Вскоре японские чиновники приехали на борт «Паллады», поблагодарили за подарки и, показав план Инасы, предложили русским осмотреть участок. Туда в сопровождении японцев отправились К. Н. Посьет, В. А. Римский-Корсаков, И. В. Фурутельм и К. И. Лосев. После тщательного осмотра они согласились разбить лагерь в Инасе и запросили у японских властей разрешение поставить «Палладу» поближе к этому месту, но японцы, как обычно, от ответа воздержались: его надо было согласовать с начальством. Когда официальное разрешение наконец пришло, то моряки раздумали занимать предложенное место: далеко…

Конечно, адмирал Путятин не знал историю этого храма, возникшего как противодействие христианству. Деятельность первых христианских миссионеров-европейцев, которых японцы называли nanbanjin (южные варвары), началась в Нагасаки в последней четверти XVI века (1570–1592). Последователи нового религиозного течения были настроены агрессивно по отношению к традиционным верованиям японцев: началось разрушение храмов и культовых зданий, нередко случались нападения на священников-синтоистов или буддистов. Узнав об этом, в 1596 г. в Нагасаки из Чикуго (совр. префектура Фукуока) пришел настоятель храма Дзен-доджи (Zendoji) Генко-Ошо (Genko-Osho, 1552–1626). Священник-аскет хотел положить конец произволу и восстановить буддистские ценности. Поднявшись по буддистской традиции на гору Инаса, он решил основать на ней храм. В это же время в Нагасаки прибыли буддисты из Китая, которые стали верными последователями Генко-Ошо: Оёкау (Oyokau) из района Шошу (Shoshu), Чокитсусен (Chokitsusen) и Госоген (Gosogen) из Нанкина. Совместными усилиями при помощи старосты деревни Ямазато (Yamazato) Итсутоку (Itsutoku) они построили в 1598 г. храм Госиндзи, что означает «Храм доброго разумения». Его первыми прихожанами стали китайцы. По этой причине сначала у храма появилось китайское кладбище, затем к нему добавились португальские и голландские могилы.

Русские вновь посетили Нагасаки в апреле 1855 г., но и на этот раз не воспользовались территорией храма Госиндзи. Тем не менее они согласились устроить там со временем свою базу. Удаленность от города, которую раньше моряки считали недостатком, теперь показалась им достоинством: можно было обустроить свою жизнь так, как им хотелось, подальше от чужих глаз. Да и дисциплину среди членов экипажа было легче поддерживать в отдалении от городских соблазнов. Важным было и то, что имелась возможность уйти от конфликтов с японцами, резко настроенными против иностранцев, — таких наблюдалось еще немало. Русские моряки привыкли к тому, что на Яве и в Сингапуре уже за несколько миль до гавани их встречали на лодках местные жители, предлагая фрукты, раковины, обезьян, попугаев или перевоз на берег. В Нагасаки же, особенно в первые годы русских визитов, ожидать подобного было нельзя: европейцев боялись как огня. Лишь со временем положение стало меняться в лучшую сторону, настороженность и подозрительность японцев по отношению к русским начали постепенно уступать место дружелюбию.

Обживать Инасу русские моряки начали лишь в 1858 г., с приходом в Нагасаки фрегата «Аскольд», посланного в распоряжение Путятина. Командовал им бывший капитан «Паллады» Иван Семенович Унковский. За время перехода с берегов Балтики в Японию на корабле умерли несколько человек, а к моменту захода в порт ситуация и вовсе стала критической. Половина экипажа страдала от малярии, болотной лихорадки или дизентерии. Проводить корабельные работы, в которых очень нуждался фрегат, в таких условиях почти не было возможности.

Нагасаки показался морякам землей обетованной. Уже на подходе штормовая погода с частыми дождями и туманами, как по заказу, сменилась тихими и солнечными днями, а вид спокойной бухты, окруженной красивым лесом, обещал отличный отдых. При виде города, раскинувшегося на гористых берегах, сердце каждого моряка радовалось. «Этот вид, конечно, один из самых величественных и поражающих, какие могут только представиться у живописных берегов Средиземного моря или там, где искусство и потребности человека еще не успели взять вверх над красотами природы. Несмотря на то, что мы уже не в первый раз входили в эту бухту и любовались видом ее, она на нас сделала, по крайней мере, одинаковое, если еще не большее впечатление, чем в первый раз».

Эти строки написал 21-летний граф Константин Федорович Литке, сын известного мореплавателя Ф. П. Литке. Несмотря на молодость, он уже немало поплавал на Дальнем Востоке, отправившись осенью 1853 г. на фрегате «Аврора» из Кронштадта на Камчатку. Вскоре после прибытия туда в 1854 г. молодому моряку довелось участвовать в обороне Петропавловска, получив за отличие чин мичмана. После нескольких лет, проведенных на Балтике, Литке-младший на фрегате «Аскольд» в 1858 г. вновь пришел на Дальний Восток и до августа 1860 г. плавал в Японском и Китайском морях.

Когда «Аскольд» пришел в Нагасаки, трактат в Симоде уже был заключен. В это время американцы подписали новое соглашение с японцами. Русские не хотели отставать от заокеанских союзников, и Путятин решил, что ему нужно возобновить переговоры. Зная, что посланники Англии и Франции уже спешат в Японию с этой же целью, Путятин не стал медлить. Он разрешил взять уголь в Нагасаки и сразу снялся в Эдо, оставив около храма Госиндзи офицера с 25 больными моряками с «Аскольда». Им согласился помогать голландский врач из Десимы Помпе Ван Мердервурт (Pompe van Meerdervoort). Он был среди первых европейских врачей, прибывших для службы в Голландской фактории, и оказывал много услуг, как японцам, так и другим иностранцам в Нагасаки. Один из русских офицеров, командир «Посадника», писал о нем: «Медик этот, при своей любезности и любви к русским, обладает славою отличного врача и уже 12 лет находится в здешних морях; девять лет он служил на разных судах в Индии и Китае, и я полагаю, что он нам может быть очень полезен; он в настоящее время читает японским докторам лекции медицины в особенно устроенной академии и строит огромный госпиталь на европейский манер для японского правительства».

Побывав во всех портах Японии, открытых для европейской торговли трактатами 1855 и 1858 гг., и в Шанхае, фрегат вернулся в Нагасаки, где можно было дешево провести судовой ремонт. Местом у храма Госиндзи большинство моряков остались довольны. Хотя и отдаленное от города, оно было изолировано от лишнего внимания, а расположение храма на южном склоне идеально отвечало требованиям укрепления здоровья. Вдали от городского шума и вредных испарений воздух здесь был очень чистым, а туманы, неизбежные спутники приморских поселений, доползали лишь до середины горы. Небо почти никогда не затягивалось облаками, и больные могли целый день находиться под живительными лучами солнца.