В ходе конфликта выявились и некоторые конструктивные недостатки бронетранспортера. Так, в бою 15 марта 1969 года БТР-60ПБ из мотоманевренной группы 57-го погранотряда потеряли связь в основном из-за не слишком удачного расположения антенн. Если на танках они размещались на башнях, то на бронетранспортерах — на корпусе. Стрелки башенных пулеметов в пылу боя отстреливали антенны своих машин, и связь пропадала.

Бронетранспортеры БТР-60ПБ на пограничном посту у р. Псоу. Российско-грузинская граница, 1995 год.

Бронетранспортеры БТР-60ПБ применялись и в ходе конфликта на советско-китайской границе в районе озера Жаланашколь в Казахстане в августе 1969 года.

На момент ввода войск в Афганистан в декабре 1979 года бронетехника мотострелковых дивизий Среднеазиатского военного округа была представлена бронетранспортерами БТР-60ПБ, боевыми машинами пехоты БМП-1 и разведывательно-дозорными машинами БРДМ-2. В дивизиях бронетранспортерами укомплектовывались два мотострелковых полка из трех (третий вооружался БМП-1). Использование здесь на начальном этапе БТР-60ПБ объясняется тем, что относительно новыми на тот период бронетранспортерами БТР-70 в первую очередь оснащались дивизии Группы советских войск в Германии и западных военных округов. В Афганистане проявились недостатки БТР-60ПБ, усугублявшиеся особыми физико-географическими условиями театра военных действий. В жарком высокогорном климате карбюраторные двигатели теряли мощность и перегревались, а ограниченный угол подъема вооружения (всего 30°) делал невозможным огонь по высокорасположенным целям на склонах горных ущелий, недостаточной была и защищенность, в особенности от кумулятивных боеприпасов. В последующем в Афганистане в основном использовались машины управления на базе БТР-60. К середине 1990-х годов в частях Российской Армии БТР-60ПБ практически не осталось, их можно было встретить лишь в пограничных войсках.

Из стран Варшавского договора БТР-60ПБ находились на вооружении только в ГДР, Венгрии и Болгарии, но активно поставлялись в страны Ближнего Востока, Африки и Юго-Восточной Азии и широко применялись в боевых действиях в этих регионах.

В ходе восстановления бронетанковых войск Египта и Сирии, понесших тяжелые потери в войне 1967 года, в Египет было поставлено 750 БТР-50 и БТР-60, приблизительно такое же число — в Сирию. Они активно применялись этими странами в Войне Судного дня в 1973 году и понесли в ней значительные потери. Так, только при штурме Голанских высот 6–9 октября сирийскими войсками было потеряно более 200 бронетранспортеров. Оставшиеся у Сирии БТР-60ПБ использовались позднее и в Ливанской войне 1982 года.

Иран и Ирак также получили сотни БТР-60ПБ, активно использовавшихся ими впоследствии в ирано-иракской войне в 1980–1988 годах. Позднее они также применялись Ираком в ходе вторжения в Кувейт в 1990 году и в войне в Персидском заливе в 1991 году. В немалых количествах СССР поставлял бронетранспортеры этого типа и в Африку. Не менее 20 стран этого континента имели БТР-60ПБ на вооружении своих армий. Так, большое количество БТР-60ПБ было поставлено в Анголу и широко применялось войсками МПЛА в ходе гражданской войны, продолжавшейся с 1974 по 2002 год. Несколько сотен БТР-60ПБ были также переданы Эфиопии и Сомали, которые позднее использовали их друг против друга в войне 1977–1978 годов.

БТР-60ПБ Внутренних войск МВД РФ на блок-посту в Чечне. Весна 2004 года.

В настоящее время основной ареной применения бронетранспортеров семейства БТР-60 (в основном БТР-60ПБ, но иногда и БТР-60ПА) являются Сирия и Украина.

С учетом того, что боевые машины этого типа эксплуатируются еще в нескольких десятках государств, были разработаны несколько вариантов их модернизации.

В 2002 году Арзамасский машиностроительный завод разработал и испытал пакет модернизации для повышения характеристик БТР-60ПБ. Модернизированный БТР-60ПБМ имеет большое количество усовершенствований, включающих в себя силовую установку с бронетранспортера БТР-80 вместе с трансмиссией. Силовая установка состоит из V-образного 8-цилиндрового дизеля КамАЗ-7403 мощностью 260 л.с., который позволяет развивать скорость до 100 км/ч и обеспечивает запас хода в 600 км. Применение дизельного двигателя не только повышает технические характеристики бронетранспортера, но и снижает риск возникновения пожара, а также позволяет снизить номенклатуру используемых в армии горюче-смазочных материалов.

Старая башня была заменена на более совершенную — БПУ-1, устанавливаемую на стандартный БТР-80, которая имеет похожую конструкцию, но обеспечивает более высокий угол возвышения — до 60°. Это позволяет поражать медленно летящие воздушные цели, а также цели, находящиеся на высоких зданиях, при выполнении операций в городе.

Защита бронетранспортеров также была повышена за счет пакета дополнительной пассивной брони, новой системы ППО и коллективной защиты, а также системы жизнеобеспечения.

Существующая радиостанция заменяется на Р-168-25У или Р-173 с навигационным оборудованием «Гамма-2». Модернизированный бронетранспортер стал весить 11 608 кг.

Среди других усовершенствований — новые приборы наблюдения командира и водителя, новые пулестойкие шины, новый водометный движитель и улучшенные сиденья.

В 2006 году был продемонстрирован проект модернизации БТР-60ПБ, разработанный Муромским тепловозным заводом, предусматривающий доведение его боевых возможностей до уровня БТР-80А.

В ходе модернизации в конструкцию БТР вносятся серьезные изменения. Машина получает новую силовую установку — вместо двух 90-сильных бензиновых двигателей ГАЗ на БТР устанавливают один дизель ЯМЗ-236Д мощностью 180 л.с.

Заменяется вооружение БТР — вместо башни со спаренной установкой 14,5-мм пулемета КПВТ и 7,62-мм пулемета ПКТ бронетранспортер получает боевой модуль, на котором монтируется 30-мм пушка 2А72, пулемет ПКТ и 30-мм автоматический гранатомет. Вместо автоматического гранатомета и/или пулемета на боевом модуле могут быть размещены от двух до четырех противотанковых ракет.

Модернизированные бронетранспортеры получают новую форму крыши моторного отсека — она становится прямой. Благодаря этому усовершенствованию уменьшается вероятность залива двигателя при преодолении водных преград вплавь или вброд.

По аналогичному пути пошли и конструкторы 140-го ремонтного завода в Белоруссии, также предложившие несколько вариантов модернизации БТР-60ПБ, как самостоятельно (БТР-60МБ-1, БТР-60ПБМ-А1), так и в содружестве со словацкими фирмами («Кобра-К»). Последняя, кстати, оснащена боевым модулем с 30-мм пушкой 2А42.

Разные варианты модернизации БТР-60ПБ на Украине также свелись в основном к замене силовой установки и использованию ряда узлов от БТР-80.

На Кубе, например, оказались куда как изобретательней. Используя парк устаревших бронетранспортеров, здесь разработали и изготовили серийно ЗСУ со спаренными 23-мм и 37-мм пушками, боевую машину пехоты с башней от БМП-1 и, наконец, боевую машину с тяжелым вооружением со 100-мм пушкой в башне оригинальной конструкции.